LXL04_015867 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015867

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 93453094-93459948 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5304 bp · LXL04_015867|LXL04_015867|OH1004|cDNA

ATGCCCAGTGATCAATTCGCTACTGGGTACCGGAACAGAGCCTCTCATATGCCGAACAACTATCAGTACCACCACCACCGGAGGCGAGATCGAGACTTTCCGCCGCCGTCCTCAACCACCCACCGCCGTCCCAATTTTGTAATAGAACTATGTTCTCAGTACAGCGATCACAACAGCTACAATCGTCATGAAATCGTAACTCTTATGGGGAAATTCACGTGCGACCCTGACGATTTTTTTATTTACGAAAAGGGTGTAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

5304 bp · LXL04_015867|LXL04_015867|OH1004|CDS

ATGCCCAGTGATCAATTCGCTACTGGGTACCGGAACAGAGCCTCTCATATGCCGAACAACTATCAGTACCACCACCACCGGAGGCGAGATCGAGACTTTCCGCCGCCGTCCTCAACCACCCACCGCCGTCCCAATTTTGTAATAGAACTATGTTCTCAGTACAGCGATCACAACAGCTACAATCGTCATGAAATCGTAACTCTTATGGGGAAATTCACGTGCGACCCTGACGATTTTTTTATTTACGAAAAGGGTGTAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1767 aa · LXL04_015867|LXL04_015867|OH1004|PROTEIN

MPSDQFATGYRNRASHMPNNYQYHHHRRRDRDFPPPSSTTHRRPNFVIELCSQYSDHNSYNRHEIVTLMGKFTCDPDDFFIYEKGVVAGRFFYQQWPNALETIVYLWEALLDGGLSFMPRLRQNLIVPSDTEELNSRLRVLFSQRIKGFKEGGLVKKWEKRLEQVSNEIAKIDVLLRKPRKYAEHMELSKKKQGFAREKLLIGKRIGEFKSGMECILDYVNGKVFDSSDVKVLKLKGNIVWSKIHWLIKRECRRLDDGLP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015867`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015867

位置 Chr03:93453094-93459948 (-)

描述 Similar to At5g10370: ATP-dependent RNA helicase DEAH12, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g10370`	叶绿体ATP依赖性RNA解旋酶DEAH12。	暂无已核实直接文献
`At4g01020`	ATP依赖的RNA解旋酶 DEAH11，叶绿体型。	暂无已核实直接文献
`At3g26560`	可能参与前mRNA剪接。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015867 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006605 protein targeting 生物过程

GO:0007281 germ cell development 生物过程

GO:0010172 embryonic body morphogenesis 生物过程

GO:0048589 developmental growth 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0071013 catalytic step 2 spliceosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G26560

ath:AT4G01020

ath:AT5G10370

cel:CELE_EEED8.5

ddi:DDB_G0291183

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.540

排名 1 · LXL04_015867 · OH-1004

细胞核0.427

排名 2 · LXL04_015867 · OH-1004

线粒体0.100

排名 3 · LXL04_015867 · OH-1004

细胞膜0.047

排名 4 · LXL04_015867 · OH-1004

过氧化物酶体0.044

排名 5 · LXL04_015867 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00270.36DEAD304-444 aa

PF13401.13AAA_22304-437 aa

PF00271.38Helicase_C500-620 aa

PF21010.3HA2_C714-776 aa

PF07717.23OB_NTP_bind847-926 aa

PF24475.2RBD_DEAH111022-1130 aa

PF24637.2RRM_DEAH111151-1232 aa

PF24638.2KH_DEAH11_1st1329-1393 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015867	`PF00270.36`	DEAD	304	444	1.9e-08	34.9
LXL04_015867	`PF13401.13`	AAA_22	304	437	6.5e-06	27.2
LXL04_015867	`PF00271.38`	Helicase_C	500	620	2e-14	54.5
LXL04_015867	`PF21010.3`	HA2_C	714	776	9.6e-07	29.9
LXL04_015867	`PF07717.23`	OB_NTP_bind	847	926	1.3e-10	42.0
LXL04_015867	`PF24475.2`	RBD_DEAH11	1022	1130	2.5e-39	134.7
LXL04_015867	`PF24637.2`	RRM_DEAH11	1151	1232	1.7e-25	89.8
LXL04_015867	`PF24638.2`	KH_DEAH11_1st	1329	1393	2.6e-27	95.5
LXL04_015867	`PF24641.2`	KH_DEAH11_2nd	1394	1468	2.8e-29	101.4
LXL04_015867	`PF24471.2`	KH_DEAH11	1470	1537	2.4e-30	104.7
LXL04_015867	`PF01485.28`	IBR	1625	1686	6.7e-13	49.2
LXL04_015867	`PF01485.28`	IBR	1698	1751	6.7e-13	49.2
LXL04_015867	`PF26200.2`	Rcat_RNF216	1711	1759	3.7e-07	31.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4KGU4`	拟南芥	ATP-dependent RNA helicase DEAH12, chloroplastic	49.633%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P0CE10`	拟南芥	ATP-dependent RNA helicase DEAH11, chloroplastic	49.130%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q38953`	拟南芥	Probable pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DEAH5	34.708%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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