LXL04_036849 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036849

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 49149893-49153931 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1437 bp · LXL04_036849|LXL04_036849|OH1004|cDNA

ATGGCGATTTCATCTTCTTCAGCATATGCTCTCACTTTATACGTCTCTTTGATCGTAATTATAATCTCCGGCGTCAACTCACAACCGTTTCTTAACTCGGTGGAGCAAGAATCGGTTTATCGTGTCCTTGAATCGCTCAACTCCGACGTCCCATGGCGGTCGCTCTTTCCCGACGACCTCTGCTCCTCCGCCCCACACGGTGTTGTGTGCGGCTACACCACGATGCCCACCGACACCGACCCCGGAACTGTAAACATTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1437 bp · LXL04_036849|LXL04_036849|OH1004|CDS

ATGGCGATTTCATCTTCTTCAGCATATGCTCTCACTTTATACGTCTCTTTGATCGTAATTATAATCTCCGGCGTCAACTCACAACCGTTTCTTAACTCGGTGGAGCAAGAATCGGTTTATCGTGTCCTTGAATCGCTCAACTCCGACGTCCCATGGCGGTCGCTCTTTCCCGACGACCTCTGCTCCTCCGCCCCACACGGTGTTGTGTGCGGCTACACCACGATGCCCACCGACACCGACCCCGGAACTGTAAACATTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

478 aa · LXL04_036849|LXL04_036849|OH1004|PROTEIN

MAISSSSAYALTLYVSLIVIIISGVNSQPFLNSVEQESVYRVLESLNSDVPWRSLFPDDLCSSAPHGVVCGYTTMPTDTDPGTVNILELNFGYVSDHNPNPPCGPNSTLHDPFIFSAFPYLRKLFFYNCFTQHPISLEAFSRVGSAIEELVFIENPSLFGSLNDSIGNMTSLTRLVITGTNVSGEIPGGFGTLQNLEEATLSRNNFTGTLPENVSSLKKLRILDLNRNGFEGSIPAGIGELQNLMKLDLSLNRFSGDFPA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036849`
TK1151 ID	TkA04G020700
OH-1004 ID	LXL04_036849
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 91.974 / OH-1004 88.703 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036849

位置 Chr08:49149893-49153931 (+)

描述 Similar to TMM: Protein TOO MANY MOUTHS

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g80080`	促进气孔发育中的细胞命运进程。	暂无已核实直接文献
`At1g13230`	对内生真菌Piriformospora indica介导的生长促进和种子产量增加所必需。	A leucine-rich repeat protein is required for growth promotion and enhanced seed production mediated by the endophytic fungus Piriformospora indica in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03028.x
`At2g42800`	受体样蛋白 29。	暂无已核实直接文献
`At1g17230`	富含亮氨酸重复序列的受体样丝/苏氨酸蛋白激酶 At1g17230。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0917500`	类受体激酶，在限制进入雄性和雌性孢子发生的细胞数量方面发挥重要作用。	The MSP1 gene is necessary to restrict the number of cells entering into male and female sporogenesis and to initiate anther wall formation in rice.2003 · DOI: 10.1105/tpc.012401

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036849 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0008356 asymmetric cell division 生物过程

GO:0009610 response to symbiotic fungus 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010090 trichome morphogenesis 生物过程

GO:0010375 stomatal complex patterning 生物过程

GO:0010376 stomatal complex formation 生物过程

GO:0044403 biological process involved in symbiotic interaction 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0071215 cellular response to abscisic acid stimulus 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G13230

ath:AT1G17230

ath:AT1G80080

ath:AT2G42800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.669

排名 1 · LXL04_036849 · OH-1004

内质网0.114

排名 2 · LXL04_036849 · OH-1004

细胞质0.070

排名 3 · LXL04_036849 · OH-1004

细胞外0.070

排名 4 · LXL04_036849 · OH-1004

溶酶体／液泡0.052

排名 5 · LXL04_036849 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23598.2LRR_14164-381 aa

PF13855.13LRR_8171-229 aa

PF12799.14LRR_4194-228 aa

PF13855.13LRR_8241-277 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036849	`PF23598.2`	LRR_14	164	381	8.9e-13	48.4
LXL04_036849	`PF13855.13`	LRR_8	171	229	5.9e-17	61.9
LXL04_036849	`PF12799.14`	LRR_4	194	228	5.3e-10	39.9
LXL04_036849	`PF13855.13`	LRR_8	241	277	5.9e-17	61.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SSD1`	拟南芥	Protein TOO MANY MOUTHS	34.492%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5PP26`	拟南芥	Piriformospora indica-insensitive protein 2	33.858%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SJH6`	拟南芥	Receptor like protein 29	32.713%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SHI2`	拟南芥	Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g17230	38.843%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8RZV7`	水稻	Leucine-rich repeat receptor protein kinase MSP1	35.185%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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