TkA04G020700 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G020700

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 5268111-5269496 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1386 bp · TkA04G020700|TK1151|cDNA

ATGGCGATTTCATCTTCTTCAGCATATGCTCTCACTTTATACGTCTCTTTGATCGTAATTATAATCTCCGGCGTCAACTCACAACCGTTTCTTAACTCTGTGGAGCAAGAATCGGTTTATCGTGTCCTTGAATCGCTCAACTCCGACGTCCCATGGCGGTCGCTCTTTCCCGACGACCTCTGCTCCTCCGCCCCACACGGTGTTGTGTGCGGCTACACCACGATGCCCACCGACACCGACCCCGGAACTGTAAACATTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1386 bp · TkA04G020700|TK1151|CDS

ATGGCGATTTCATCTTCTTCAGCATATGCTCTCACTTTATACGTCTCTTTGATCGTAATTATAATCTCCGGCGTCAACTCACAACCGTTTCTTAACTCTGTGGAGCAAGAATCGGTTTATCGTGTCCTTGAATCGCTCAACTCCGACGTCCCATGGCGGTCGCTCTTTCCCGACGACCTCTGCTCCTCCGCCCCACACGGTGTTGTGTGCGGCTACACCACGATGCCCACCGACACCGACCCCGGAACTGTAAACATTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

461 aa · TkA04G020700|TK1151|PROTEIN

MAISSSSAYALTLYVSLIVIIISGVNSQPFLNSVEQESVYRVLESLNSDVPWRSLFPDDLCSSAPHGVVCGYTTMPTDTDPGTVNILELNFGYVSDHNPNPPCGPNSTLHDPFIFSAFPYLRKLFFYNCFTQHPISLEAFSRVGSAIEELVFIENPSLFGSLNDSIGNMTSLTRLVITGTNVSGEIPGGFGTLQNLEEATLSRNNFTGTLPENVSSLKKLRILDLNRNGFEGSIPAGIGELQNLMKLDLSLNRFSGDFPA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G020700`
TK1151 ID	TkA04G020700
OH-1004 ID	LXL04_036849
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 91.974 / OH-1004 88.703 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G020700`
位置	Chr04:5268111-5269496 (-)
描述	Similar to TMM: Protein TOO MANY MOUTHS
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_036849` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0007165 signal transduction 生物过程 GO:0008356 asymmetric cell division 生物过程 GO:0009610 response to symbiotic fungus 生物过程 GO:0009620 response to fungus 生物过程 GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程 GO:0010090 trichome morphogenesis 生物过程 GO:0010375 stomatal complex patterning 生物过程 GO:0010376 stomatal complex formation 生物过程 GO:0044403 biological process involved in symbiotic interaction 生物过程 GO:0045087 innate immune response 生物过程 GO:0050832 defense response to fungus 生物过程 GO:0071215 cellular response to abscisic acid stimulus 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G13230 ath:AT1G17230 ath:AT1G80080 ath:AT2G42800 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.777

排名 1 · TkA04G020700 · TK1151

内质网0.090

排名 2 · TkA04G020700 · TK1151

细胞质0.066

排名 3 · TkA04G020700 · TK1151

细胞外0.049

排名 4 · TkA04G020700 · TK1151

细胞核0.042

排名 5 · TkA04G020700 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12799LRR_4117-128 aa

PF24758LRR_At5g56370117-130 aa

PF00560LRR_1121-130 aa

PF24758LRR_At5g56370146-206 aa

PF00560LRR_1157-168 aa

PF29252LRR_NLRC4158-181 aa

PF23598LRR_14159-197 aa

PF23598LRR_14164-381 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G020700	`PF12799`	LRR_4	117	128	4.4e-10	40.2
TkA04G020700	`PF24758`	LRR_At5g56370	117	130	0.0065	16.9
TkA04G020700	`PF00560`	LRR_1	121	130	4.1e-18	62.3
TkA04G020700	`PF24758`	LRR_At5g56370	146	206	0.0065	16.9
TkA04G020700	`PF00560`	LRR_1	157	168	4.1e-18	62.3
TkA04G020700	`PF29252`	LRR_NLRC4	158	181	0.48	10.3
TkA04G020700	`PF23598`	LRR_14	159	197	7.3e-13	48.7
TkA04G020700	`PF23598`	LRR_14	164	381	7.3e-13	48.7
TkA04G020700	`PF12799`	LRR_4	165	183	4.4e-10	40.2
TkA04G020700	`PF13516`	LRR_6	169	185	0.00021	21.8
TkA04G020700	`PF00560`	LRR_1	171	193	4.1e-18	62.3
TkA04G020700	`PF13855`	LRR_8	171	229	4.6e-17	62.3
TkA04G020700	`PF24141`	LRR_ComC	185	213	0.97	9.8
TkA04G020700	`PF23211`	LRR_LRWD1	187	229	0.2	12.1
TkA04G020700	`PF12799`	LRR_4	194	228	4.4e-10	40.2
TkA04G020700	`PF00560`	LRR_1	195	217	4.1e-18	62.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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