LXL04_035827 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035827

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 29889976-29902634 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

7110 bp · LXL04_035827|LXL04_035827|OH1004|cDNA

ATGCATTTGAGAACCGAAGAAGCAATCACAAACATCGCCTTTTTCGCCTTTTTCTCGATAGATGGGGTGGGGTGGGTTAAATCCTCTATACCCACCTTTAACTCTATTATAGATTGCTTTGCTTGGATTGATATAACCTTCCAGGTCCCGTCCAAAATAAAAACTGTCAAGGCGATAGTGGTGACTCTCAAGGCGATAGTGGTGACTCTCTTTAAGTCTATTTGGATTCACAAAAATGACATCATCTTCAACAACAATAG...

CDS

下载 CDS FASTA

7110 bp · LXL04_035827|LXL04_035827|OH1004|CDS

ATGCATTTGAGAACCGAAGAAGCAATCACAAACATCGCCTTTTTCGCCTTTTTCTCGATAGATGGGGTGGGGTGGGTTAAATCCTCTATACCCACCTTTAACTCTATTATAGATTGCTTTGCTTGGATTGATATAACCTTCCAGGTCCCGTCCAAAATAAAAACTGTCAAGGCGATAGTGGTGACTCTCAAGGCGATAGTGGTGACTCTCTTTAAGTCTATTTGGATTCACAAAAATGACATCATCTTCAACAACAATAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2369 aa · LXL04_035827|LXL04_035827|OH1004|PROTEIN

MHLRTEEAITNIAFFAFFSIDGVGWVKSSIPTFNSIIDCFAWIDITFQVPSKIKTVKAIVVTLKAIVVTLFKSIWIHKNDIIFNNNRVNKEICLKRMQKFSFFWLYNRSSLNIMGLNTWMSNPFCGGNMSEAQRLTVNGSFNYSNGYTNGAISLRSPATRSAIDEFCNALNGKNPIHSILIANNGMAAVKFIRSVRTWSYETFGSEKAILLVAMATPEDMRINAEHIRIADQFVEVPGGTNNNNYANVQLIVETAEITHV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035827`
TK1151 ID	TkA04G104970
OH-1004 ID	LXL04_035827
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 90.525 / OH-1004 22.626 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035827

位置 Chr08:29889976-29902634 (+)

描述 Similar to ACC1: Acetyl-CoA carboxylase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g36160`	多功能酶，催化乙酰辅酶A羧化，形成丙二酰辅酶A，用于质体中的脂肪酸合成以及细胞质中的各种生物合成途径，包括脂肪酸延伸。	Multifunctional acetyl-CoA carboxylase 1 is essential for very long chain fatty acid elongation and embryo development in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.016010.x gurke and pasticcino3 mutants affected in embryo development are impaired in acetyl-CoA carboxylase.2004 · DOI: 10.1038/sj.embor.7400124 The GURKE gene encoding an acetyl-CoA carboxylase is required for partitioning the embryo apex into three subregions in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1093/pcp/pch148 Targeting of the Arabidopsis homomeric acetyl-coenzyme A carboxylase to plastids of rapeseeds.1997 · DOI: 10.1104/pp.113.1.75 The PASTICCINO genes of Arabidopsis thaliana are involved in the control of cell division and differentiation.1998 · DOI: 10.1242/dev.125.5.909
`At1g36180`	多功能酶，催化乙酰辅酶A羧化，形成丙二酰辅酶A，用于质体中的脂肪酸合成以及细胞质中的各种生物合成途径，包括脂肪酸延伸。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0363300`	多功能酶，催化乙酰辅酶A羧化，形成丙二酰辅酶A，用于质体中的脂肪酸合成以及细胞质中的各种生物合成途径，包括脂肪酸延伸。	暂无已核实直接文献
`Os05g0295300`	多功能酶，催化乙酰辅酶A羧化，形成丙二酰辅酶A，用于质体中的脂肪酸合成以及细胞质中的各种生物合成途径，包括脂肪酸延伸。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035827 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009735 response to cytokinin 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009933 meristem structural organization 生物过程

GO:0010072 primary shoot apical meristem specification 生物过程

GO:0030497 fatty acid elongation 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0048367 shoot system development 生物过程

GO:0101026 mitotic nuclear membrane biogenesis 生物过程

GO:2001295 malonyl-CoA biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G36160

ath:AT1G36180

dosa:Os05g0295300

dosa:Os10g0363300

osa:4348450

spo:2543344

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.343

排名 1 · LXL04_035827 · OH-1004

线粒体0.267

排名 2 · LXL04_035827 · OH-1004

质体0.143

排名 3 · LXL04_035827 · OH-1004

细胞核0.139

排名 4 · LXL04_035827 · OH-1004

过氧化物酶体0.127

排名 5 · LXL04_035827 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00289.29Biotin_carb_N176-295 aa

PF02786.23CPSase_L_D2343-525 aa

PF02222.28ATP-grasp344-495 aa

PF02655.20ATP-grasp_3350-497 aa

PF02785.26Biotin_carb_C572-678 aa

PF21385.3ACCA_BT694-809 aa

PF00364.29Biotin_lipoyl819-882 aa

PF08326.18ACC_central883-1610 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035827	`PF00289.29`	Biotin_carb_N	176	295	3.4e-29	102.2
LXL04_035827	`PF02786.23`	CPSase_L_D2	343	525	3.3e-46	158.2
LXL04_035827	`PF02222.28`	ATP-grasp	344	495	7.9e-08	32.9
LXL04_035827	`PF02655.20`	ATP-grasp_3	350	497	4.4e-08	34.1
LXL04_035827	`PF02785.26`	Biotin_carb_C	572	678	2.8e-24	86.0
LXL04_035827	`PF21385.3`	ACCA_BT	694	809	9e-29	100.5
LXL04_035827	`PF00364.29`	Biotin_lipoyl	819	882	1.9e-11	44.4
LXL04_035827	`PF08326.18`	ACC_central	883	1610	2.7e-168	562.2
LXL04_035827	`PF01039.28`	Carboxyl_trans	1712	2256	1.6e-153	512.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q38970`	拟南芥	Acetyl-CoA carboxylase 1	78.597%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4I1L3`	拟南芥	Acetyl-CoA carboxylase 2	73.722%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8S6N5`	水稻	Acetyl-CoA carboxylase 1	72.063%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B9FK36`	水稻	Acetyl-CoA carboxylase 2	68.461%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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