LXL04_030763 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030763

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 122332309-122341501 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4530 bp · LXL04_030763|LXL04_030763|OH1004|cDNA

ATGTCCAAAGCATCTAAGATTTATGATTTACCGATGCCGGATTTTGGGGGTACGACGCTAGGGCTTCGTCAAGAGCAGCGATTGATTCTTATTACGGCTTCGATTTTTGGAAGGAGGAGAAAGGATAACTCGGTTTACCTCGACATGAAAACCAACAGCCACCATCTTCTTCATCATTCGACCTCTGACAGCCAACACCGCCGCAAGCTTCCCTCCGGCAAGTTCTTCCTCTCAACCGTTGTTCTATATATCTCTGTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

4530 bp · LXL04_030763|LXL04_030763|OH1004|CDS

ATGTCCAAAGCATCTAAGATTTATGATTTACCGATGCCGGATTTTGGGGGTACGACGCTAGGGCTTCGTCAAGAGCAGCGATTGATTCTTATTACGGCTTCGATTTTTGGAAGGAGGAGAAAGGATAACTCGGTTTACCTCGACATGAAAACCAACAGCCACCATCTTCTTCATCATTCGACCTCTGACAGCCAACACCGCCGCAAGCTTCCCTCCGGCAAGTTCTTCCTCTCAACCGTTGTTCTATATATCTCTGTTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1509 aa · LXL04_030763|LXL04_030763|OH1004|PROTEIN

MSKASKIYDLPMPDFGGTTLGLRQEQRLILITASIFGRRRKDNSVYLDMKTNSHHLLHHSTSDSQHRRKLPSGKFFLSTVVLYISVLWLISILKKRRQMVVMATVMERKMMTVGCSGKSPHSQVLSRSSCSRSTIAMADDSYENNTTTIRILCRKLLLITKSESGIQWLIGSSFLPTFTVVSTFRCINTLPSDPLSPDFSKESDDMRALLPRGFEVIGSLIAGTTNPNVERSARDAIDASSKMRKALSQLEDRSLIGAVV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030763`
TK1151 ID	TkA07G429560
OH-1004 ID	LXL04_030763
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 96.819 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030763

位置 Chr06:122332309-122341501 (+)

描述 Similar to MRF1: MA3 DOMAIN-CONTAINING TRANSLATION REGULATORY FACTOR 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g63190`	参与雷帕霉素靶标调节的翻译控制，尤其是在能量不足的条件下。	MRF Family Genes Are Involved in Translation Control, Especially under Energy-Deficient Conditions, and Their Expression and Functions Are Modulated by the TOR Signaling Pathway.2017 · DOI: 10.1105/tpc.17.00563
`At4g24800`	参与雷帕霉素靶标调节的翻译控制，尤其是在能量不足的条件下。	EIN2 regulates salt stress response and interacts with a MA3 domain-containing protein ECIP1 in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-3040.2011.02363.x
`At3g48390`	参与雷帕霉素靶点（TOR）调控的翻译控制，尤其在能量缺乏条件下。	MRF Family Genes Are Involved in Translation Control, Especially under Energy-Deficient Conditions, and Their Expression and Functions Are Modulated by the TOR Signaling Pathway.2017 · DOI: 10.1105/tpc.17.00563
`At3g48380`	含硫蛋白酶，可识别并水解 UFM1（一种与多个靶蛋白结合的泛素样修饰蛋白）C 端的甘氨酸肽键。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0285500`	硫醇蛋白酶，可识别并水解富铁蛋白1（ufm-1，一种与多种靶蛋白结合的泛素样修饰蛋白）C端甘氨酸的肽键。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030763 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0009646 response to absence of light 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0090549 response to carbon starvation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G48390

ath:AT4G24800

ath:AT5G63190

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.438

排名 1 · LXL04_030763 · OH-1004

细胞核0.367

排名 2 · LXL04_030763 · OH-1004

细胞膜0.128

排名 3 · LXL04_030763 · OH-1004

质体0.093

排名 4 · LXL04_030763 · OH-1004

内质网0.086

排名 5 · LXL04_030763 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20908.3UfSP2_N449-538 aa

PF07910.20Peptidase_C78571-761 aa

PF02847.24MA3928-1038 aa

PF02847.24MA31091-1202 aa

PF02847.24MA31227-1336 aa

PF02847.24MA31390-1497 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030763	`PF20908.3`	UfSP2_N	449	538	1.7e-07	32.1
LXL04_030763	`PF07910.20`	Peptidase_C78	571	761	1.1e-65	221.7
LXL04_030763	`PF02847.24`	MA3	928	1038	2e-120	395.7
LXL04_030763	`PF02847.24`	MA3	1091	1202	2e-120	395.7
LXL04_030763	`PF02847.24`	MA3	1227	1336	2e-120	395.7
LXL04_030763	`PF02847.24`	MA3	1390	1497	2e-120	395.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94BR1`	拟南芥	MA3 DOMAIN-CONTAINING TRANSLATION REGULATORY FACTOR 1	72.700%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8W4Q4`	拟南芥	MA3 DOMAIN-CONTAINING TRANSLATION REGULATORY FACTOR 3	70.972%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9STL9`	拟南芥	MA3 DOMAIN-CONTAINING TRANSLATION REGULATORY FACTOR 4	70.618%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9STL8`	拟南芥	Probable Ufm1-specific protease	59.601%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0INW1`	水稻	Probable Ufm1-specific protease	53.239%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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