LXL04_029816 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029816

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 101103260-101104457 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1083 bp · LXL04_029816|LXL04_029816|OH1004|cDNA

ATGAATCATATGAATGGAACAATTGCGCCAGAGATGAAGAAGTTACCATTATTAGAACATCTTTTGTTGTCTCACAATGCTTTCACAGGTGAGACTCCGGAAGAAATTGGAGAGTGTGTTCATTTGGGGAGACTTGAATTGTCGTATAATAATTTCACTGGCGAAATACCTGAAAGCTTTGGGAAGTTAGTTAGTTTGAGGTCGCTTTACCTTAATAATAATAAGCTTTCAGGGGAGATACCTTCAAGTTTAGGTAACTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1083 bp · LXL04_029816|LXL04_029816|OH1004|CDS

ATGAATCATATGAATGGAACAATTGCGCCAGAGATGAAGAAGTTACCATTATTAGAACATCTTTTGTTGTCTCACAATGCTTTCACAGGTGAGACTCCGGAAGAAATTGGAGAGTGTGTTCATTTGGGGAGACTTGAATTGTCGTATAATAATTTCACTGGCGAAATACCTGAAAGCTTTGGGAAGTTAGTTAGTTTGAGGTCGCTTTACCTTAATAATAATAAGCTTTCAGGGGAGATACCTTCAAGTTTAGGTAACTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

360 aa · LXL04_029816|LXL04_029816|OH1004|PROTEIN

MNHMNGTIAPEMKKLPLLEHLLLSHNAFTGETPEEIGECVHLGRLELSYNNFTGEIPESFGKLVSLRSLYLNNNKLSGEIPSSLGNYVGLADVNLTHNGFNGHIPPGLLSAMIHNAIFFRSPGFLAVFYVGMLTSVLLAAIYCVIGWQYLKRILSSNAEPETKSPPEMTQKFPRITYKELSEATNGFDEQRLLGSGDYGRVYLGSLPDGTQIAVKVLQLQTECQVLKRIRHRNLIRIITASGLPDFKALVLPYMANGSLD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029816`
TK1151 ID	TkAUNG027250
OH-1004 ID	LXL04_029816
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	91.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.357 / OH-1004 83.333 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029816

位置 Chr06:101103260-101104457 (+)

描述 Similar to At2g24130: Putative leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase At2g24130

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g24130`	推定的富含亮氨酸重复的受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At2g24130。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q1MX30`	受体激酶，可检测稻瘟病菌 X.oryzae pv. oryzae 的蛋白 Ax21 以促进先天免疫。	暂无已核实直接文献
`UniProt: B8BB68`	参与防御反应的 LRR 受体激酶。	暂无已核实直接文献
`Os08g0174700`	LRR 受体激酶参与防御反应。	Engineering OsBAK1 gene as a molecular tool to improve rice architecture for high yield.2009 · DOI: 10.1111/j.1467-7652.2009.00444.x A subset of OsSERK genes, including OsBAK1, affects normal growth and leaf development of rice.2011 · DOI: 10.1007/s10059-011-0178-4
`Os11g0569733`	受体激酶，可检测稻瘟病菌 X.oryzae pv. oryzae 的蛋白 Ax21 以促进先天免疫。	Cleavage and nuclear localization of the rice XA21 immune receptor.2012 · DOI: 10.1038/ncomms1932

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029816 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G24130

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.675

排名 1 · LXL04_029816 · OH-1004

内质网0.135

排名 2 · LXL04_029816 · OH-1004

溶酶体／液泡0.106

排名 3 · LXL04_029816 · OH-1004

细胞质0.096

排名 4 · LXL04_029816 · OH-1004

细胞核0.047

排名 5 · LXL04_029816 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13855.13LRR_841-98 aa

PF00069.32Pkinase188-265 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr190-273 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029816	`PF13855.13`	LRR_8	41	98	6.9e-07	29.6
LXL04_029816	`PF00069.32`	Pkinase	188	265	3.5e-07	30.6
LXL04_029816	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	190	273	4.5e-07	30.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZUI0`	拟南芥	Putative leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase At2g24130	36.677%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q1MX30`	水稻	Receptor kinase-like protein Xa21	30.904%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`B8BB68`	水稻	LRR receptor kinase BAK1	32.039%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6Z4U4`	水稻	LRR receptor kinase BAK1	32.039%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q2R2D5`	水稻	Receptor kinase-like protein Xa21	30.321%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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