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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_027627
当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 20646974-20649228 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1239 bp · LXL04_027627|LXL04_027627|OH1004|cDNA

ATGCAAATGCTAAACTTTACCAAGTCAAGAACTCGGTCAAACAGACCTGGTTCTTTAGGAGGCATGGATTTTATAGATCCAGTGAAGAAAAGTGGTGTTGTAAGAAAGATTATATTTGCTACAAGTCTTGTAGCTTTATGCATCACAATGATCAAATTATCCCCATCTTTCAGCAGCCCTAGCCCTTTCTCTCGTCATGAAACAGGGATTACTCACGTGTTAGTAACAGGAGGAGCTGGTTTTATTGGCTCACATGCTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1239 bp · LXL04_027627|LXL04_027627|OH1004|CDS

ATGCAAATGCTAAACTTTACCAAGTCAAGAACTCGGTCAAACAGACCTGGTTCTTTAGGAGGCATGGATTTTATAGATCCAGTGAAGAAAAGTGGTGTTGTAAGAAAGATTATATTTGCTACAAGTCTTGTAGCTTTATGCATCACAATGATCAAATTATCCCCATCTTTCAGCAGCCCTAGCCCTTTCTCTCGTCATGAAACAGGGATTACTCACGTGTTAGTAACAGGAGGAGCTGGTTTTATTGGCTCACATGCTTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

412 aa · LXL04_027627|LXL04_027627|OH1004|PROTEIN

MQMLNFTKSRTRSNRPGSLGGMDFIDPVKKSGVVRKIIFATSLVALCITMIKLSPSFSSPSPFSRHETGITHVLVTGGAGFIGSHASLRLLKDSHRVTIVDNLSRGNLGAIKVLQSLFPEPGRLQFIYADLGDPKAVNKIFSENAFDAVMHFAAVAYVGESTLDPLKYYHNITSNTLVVLETMAAHNVNTLIYSSTCATYGEPDKMPITEETPQHPINPYGKAKKMAEDIILDFHKNSDMAVMILRYFNVIGSDPDGRLG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_027627
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_027627
位置Chr06:20646974-20649228 (-)
描述Similar to MUR4: UDP-arabinose 4-epimerase 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g30620 充当 UDP-D-木糖 4-差向异构酶，但在体外缺乏 UDP-D-葡萄糖和 UDP-D-葡萄糖醛酸 4-差向异构酶活性。
The biosynthesis of L-arabinose in plants: molecular cloning and characterization of a Golgi-localized UDP-D-xylose 4-epimerase encoded by the MUR4 gene of Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1105/tpc.008425
At4g20460 可能的UDP-阿拉伯糖4-表异构酶3。 暂无已核实直接文献
At2g34850 推定 UDP-阿拉伯糖 4-表异构酶 2。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0618200 可能的UDP-阿拉伯糖4-表异构酶2。 暂无已核实直接文献
Os07g0139400 可能是UDP-阿拉伯糖4-表异构酶1。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027627 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006012 galactose metabolic process 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0009832 plant-type cell wall biogenesis 生物过程
GO:0019567 arabinose biosynthetic process 生物过程
GO:0033358 UDP-L-arabinose biosynthetic process 生物过程
GO:0045227 capsule polysaccharide biosynthetic process 生物过程
GO:0048868 pollen tube development 生物过程
GO:0000138 Golgi trans cisterna 细胞组分
GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分
GO:0032580 Golgi cisterna membrane 细胞组分
GO:0003978 UDP-glucose 4-epimerase activity 分子功能
GO:0050373 UDP-arabinose 4-epimerase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G30620
ath:AT2G34850
ath:AT4G20460
dosa:Os07g0139400
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.473
排名 1 · LXL04_027627 · OH-1004
内质网0.211
排名 2 · LXL04_027627 · OH-1004
溶酶体／液泡0.154
排名 3 · LXL04_027627 · OH-1004
细胞质0.106
排名 4 · LXL04_027627 · OH-1004
细胞外0.075
排名 5 · LXL04_027627 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04321.24RmlD_sub_bind72-250 aa
PF01370.28Epimerase73-334 aa
PF02719.22Polysacc_synt_273-253 aa
PF16363.12GDP_Man_Dehyd74-389 aa
PF01073.263Beta_HSD74-235 aa
PF07993.19NAD_binding_475-255 aa
PF13460.13NAD_binding_1077-249 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_027627PF04321.24RmlD_sub_bind722507.1e-1245.7
LXL04_027627PF01370.28Epimerase733341.3e-52179.3
LXL04_027627PF02719.22Polysacc_synt_2732534.7e-1349.7
LXL04_027627PF16363.12GDP_Man_Dehyd743894.5e-54184.9
LXL04_027627PF01073.263Beta_HSD742351.3e-1454.6
LXL04_027627PF07993.19NAD_binding_4752552.9e-0730.6
LXL04_027627PF13460.13NAD_binding_10772492.6e-0731.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SA77拟南芥UDP-arabinose 4-epimerase 179.756%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SUN3拟南芥Probable UDP-arabinose 4-epimerase 379.805%Swiss-Prot强数据库同源证据
O64749拟南芥Putative UDP-arabinose 4-epimerase 277.805%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q8H0B6水稻Probable UDP-arabinose 4-epimerase 281.026%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q8H930水稻Probable UDP-arabinose 4-epimerase 176.399%Swiss-Prot强数据库同源证据

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