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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_017662
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 156207087-156212033 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1275 bp · LXL04_017662|LXL04_017662|OH1004|cDNA

ATGGCGGTAACACAAGGCAAATGGGTGAAGTTGAACCAAAAAGGAACCGGGCCCGGTGCACGAAGCTCACACGGAATCACGATTGTTGGACAAAAAGCATACGCCTTTGGTGGCGAGTTCACCCCACGCGTCCCCATCAACAACTCCCTCTACATCTTCGACCTCACCACCCAAACCTGGTCAACCGCCGAGTCCACAGGCGACATCCCGCCGCCACGTGTCGGCGTCACAATGGCCGCCATCGGGACCACCATCTATGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1275 bp · LXL04_017662|LXL04_017662|OH1004|CDS

ATGGCGGTAACACAAGGCAAATGGGTGAAGTTGAACCAAAAAGGAACCGGGCCCGGTGCACGAAGCTCACACGGAATCACGATTGTTGGACAAAAAGCATACGCCTTTGGTGGCGAGTTCACCCCACGCGTCCCCATCAACAACTCCCTCTACATCTTCGACCTCACCACCCAAACCTGGTCAACCGCCGAGTCCACAGGCGACATCCCGCCGCCACGTGTCGGCGTCACAATGGCCGCCATCGGGACCACCATCTATGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

424 aa · LXL04_017662|LXL04_017662|OH1004|PROTEIN

MAVTQGKWVKLNQKGTGPGARSSHGITIVGQKAYAFGGEFTPRVPINNSLYIFDLTTQTWSTAESTGDIPPPRVGVTMAAIGTTIYVFGGRDATHTELNELYSFDTLTNEWTLLSTGDTGPTHRSYHSVATDDHRHMYVFGGCGVAGRLNDLWAYDVVENNWVEFPLPGDNLKGRGGPGLGVVGGKIWVVYGFAGMEVDDVHYFDPDGKKWVEVETTGQKPTPRSVFSSVVVGKYVFVCGGEVDPSDLGHMGAGRFTHEV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_017662
TK1151 IDTkA02G017280
OH-1004 IDLXL04_017662
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)99.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 95.092 / OH-1004 73.113
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_017662
位置Chr03:156207087-156212033 (-)
描述Similar to NSP5: Nitrile-specifier protein 5
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g48180 分化蛋白，有助于构成性和由草食动物诱导的简单腈形成。
Characterization of recombinant nitrile-specifier proteins (NSPs) of Arabidopsis thaliana: dependency on Fe(II) ions and the effect of glucosinolate substrate and reaction conditions.2012 · DOI: 10.1016/j.phytochem.2012.08.004
At3g16400 决定器蛋白，负责恒定及食草性诱导的简单硝基腈形成，尤其在幼苗和根部。 暂无已核实直接文献
At3g16410 分化蛋白，有助于构成性和由草食动物诱导的简单腈形成。 暂无已核实直接文献
At3g16390 分化蛋白，负责构成性和由草食动物诱导的简单腈形成，特别是在根部。 暂无已核实直接文献
At2g33070 负责编制性和草食性诱导的简单腈形成的特异蛋白，尤其存在于种子中。
Nitrile-specifier proteins involved in glucosinolate hydrolysis in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1074/jbc.m807500200
Characterization of recombinant nitrile-specifier proteins (NSPs) of Arabidopsis thaliana: dependency on Fe(II) ions and the effect of glucosinolate substrate and reaction conditions.2012 · DOI: 10.1016/j.phytochem.2012.08.004
NSP-Dependent Simple Nitrile Formation Dominates upon Breakdown of Major Aliphatic Glucosinolates in Roots, Seeds, and Seedlings of Arabidopsis thaliana Columbia-0.2016 · DOI: 10.3389/fpls.2016.01821
Glucosinolate Content in Dormant and Germinating Arabidopsis thaliana Seeds Is Affected by Non-Functional Alleles of Classical Myrosinase and Nitrile-Specifier Protein Genes.2019 · DOI: 10.3389/fpls.2019.01549

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017662 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0009845 seed germination 生物过程
GO:0010162 seed dormancy process 生物过程
GO:0019762 glucosinolate catabolic process 生物过程
GO:0080027 response to herbivore 生物过程
GO:0080028 nitrile biosynthetic process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0009506 plasmodesma 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G33070
ath:AT3G16390
ath:AT3G16400
ath:AT3G16410
ath:AT5G48180
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.612
排名 1 · LXL04_017662 · OH-1004
细胞核0.361
排名 2 · LXL04_017662 · OH-1004
过氧化物酶体0.117
排名 3 · LXL04_017662 · OH-1004
线粒体0.093
排名 4 · LXL04_017662 · OH-1004
细胞膜0.053
排名 5 · LXL04_017662 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR13-81 aa
PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC75-38 aa
PF13415.13Beta-prop_FBX425-111 aa
PF13964.13Beta-prop_Calicin6-145 aa
PF13854.13Kelch_HCF8-94 aa
PF01344.32Kelch_120-63 aa
PF25210.2Kelch_FKB9521-137 aa
PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC724-241 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_017662PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR13811.2e-36127.3
LXL04_017662PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC75381.4e-73247.6
LXL04_017662PF13415.13Beta-prop_FBX4251117.9e-46157.0
LXL04_017662PF13964.13Beta-prop_Calicin61451.5e-1144.6
LXL04_017662PF13854.13Kelch_HCF8945.9e-2485.7
LXL04_017662PF01344.32Kelch_120639e-42140.9
LXL04_017662PF25210.2Kelch_FKB95211371.5e-1661.5
LXL04_017662PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7242411.4e-73247.6
LXL04_017662PF24996.1NANM481432.3e-0834.0
LXL04_017662PF13418.13Beta-prop_TYW4701621.1e-0836.1
LXL04_017662PF01344.32Kelch_1721159e-42140.9
LXL04_017662PF13415.13Beta-prop_FBX42821307.9e-46157.0
LXL04_017662PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR1851641.2e-36127.3
LXL04_017662PF13854.13Kelch_HCF1061925.9e-2485.7
LXL04_017662PF13415.13Beta-prop_FBX421242917.9e-46157.0
LXL04_017662PF01344.32Kelch_11241659e-42140.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q93XW5拟南芥Thiohydroximate-O-sulfate sulfur/sulfate-lyase (nitrile-forming) NSP554.194%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SDM9拟南芥Thiohydroximate-O-sulfate sulfur/sulfate-lyase (nitrile-forming) NSP152.443%Swiss-Prot强数据库同源证据
O04316拟南芥Thiohydroximate-O-sulfate sulfur/sulfate-lyase (nitrile-forming) NSP451.623%Swiss-Prot强数据库同源证据
O04318拟南芥Thiohydroximate-O-sulfate sulfur/sulfate-lyase (nitrile-forming) NSP349.346%Swiss-Prot中等数据库同源证据
O49326拟南芥Thiohydroximate-O-sulfate sulfur/sulfate-lyase (nitrile-forming) NSP249.673%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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