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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_009443
当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 126686029-126689367 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1968 bp · LXL04_009443|LXL04_009443|OH1004|cDNA

ATGTCCCAACCGCCGGTTCCTAACCATACAGCCGGCGACCATACAAAATCTCAACTCTCCTCCGTCACCACCATCACTGCAGAAGAAAGCTTCAAAGCGCCGTCAAGACCGCATCCCCCTAAAATAGTAGTGCTAGCTGACCTCAACGTTGACCCTCCTACTGATACGGACGCCCTCGATTCTTCTCCCAGGTTTAACAATGAAGAAAACAATCAAGAGAAATTTAGTTTATCAGTCAAAGATTCGGACACAGTAGAATT...

CDS

下载 CDS FASTA

1968 bp · LXL04_009443|LXL04_009443|OH1004|CDS

ATGTCCCAACCGCCGGTTCCTAACCATACAGCCGGCGACCATACAAAATCTCAACTCTCCTCCGTCACCACCATCACTGCAGAAGAAAGCTTCAAAGCGCCGTCAAGACCGCATCCCCCTAAAATAGTAGTGCTAGCTGACCTCAACGTTGACCCTCCTACTGATACGGACGCCCTCGATTCTTCTCCCAGGTTTAACAATGAAGAAAACAATCAAGAGAAATTTAGTTTATCAGTCAAAGATTCGGACACAGTAGAATT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

655 aa · LXL04_009443|LXL04_009443|OH1004|PROTEIN

MSQPPVPNHTAGDHTKSQLSSVTTITAEESFKAPSRPHPPKIVVLADLNVDPPTDTDALDSSPRFNNEENNQEKFSLSVKDSDTVELEGKQSKKLGKSRSRSGKMEFPMDCGPDAEGDHNGPGVPSSREEKVSSLKTGLVHVSRKMPKNAHVHFILGLMYQRMGQPQKAVAAYEKAEEILLRGEEDVDRPDLLSLVQTHHAQCILLGSSEDYGSGKELEGKELEEIIFKLNESMKYDVRQASVWNTLGVLLLKAGHLQNA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_009443
TK1151 IDTkAUNG098750
OH-1004 IDLXL04_009443
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)97.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.003 / OH-1004 90.840
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_009443
位置Chr02:126686029-126689367 (-)
描述Similar to TTC37: Tetratricopeptide repeat protein 37
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g04240 O-连接 N-乙酰氨基葡萄糖转移酶（OGT），在被李子花病毒感染时介导病毒衣壳蛋白（CP）的 O-糖基化。 暂无已核实直接文献
At3g11540 可能的O-链接N-乙酰氨基葡萄糖转移酶（OGT），参与各种过程，如赤霉素（GA）信号通路和昼夜节律。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009443 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000956 nuclear-transcribed mRNA catabolic process 生物过程
GO:0006493 protein O-linked glycosylation 生物过程
GO:0009736 cytokinin-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程
GO:0009938 negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程
GO:0030154 cell differentiation 生物过程
GO:0036066 protein O-linked glycosylation via fucose 生物过程
GO:0048511 rhythmic process 生物过程
GO:0070478 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G04240
ath:AT3G11540
hsa:9652
mmu:218343
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.634
排名 1 · LXL04_009443 · OH-1004
细胞质0.297
排名 2 · LXL04_009443 · OH-1004
细胞膜0.061
排名 3 · LXL04_009443 · OH-1004
高尔基体0.055
排名 4 · LXL04_009443 · OH-1004
内质网0.049
排名 5 · LXL04_009443 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07719.24TPR_2151-179 aa
PF00515.35TPR_1152-179 aa
PF14559.13TPR_19251-311 aa
PF29386.1CFAP70_mid_TPR545-638 aa
PF29407.1CFAP70_TPR_C547-633 aa
PF13424.13TPR_12566-629 aa
PF13181.13TPR_8568-598 aa
PF00515.35TPR_1569-599 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_009443PF07719.24TPR_21511792.5e-33112.1
LXL04_009443PF00515.35TPR_11521799.1e-35117.8
LXL04_009443PF14559.13TPR_192513112.7e-1866.8
LXL04_009443PF29386.1CFAP70_mid_TPR5456382.6e-1351.1
LXL04_009443PF29407.1CFAP70_TPR_C5476336.9e-1659.2
LXL04_009443PF13424.13TPR_125666292.8e-2485.8
LXL04_009443PF13181.13TPR_85685987.2e-32107.5
LXL04_009443PF00515.35TPR_15695999.1e-35117.8
LXL04_009443PF07719.24TPR_25695982.5e-33112.1
LXL04_009443PF13371.13TPR_95726423.1e-1556.7
LXL04_009443PF13414.13TPR_115736102.1e-1350.4
LXL04_009443PF14559.13TPR_195786312.7e-1866.8
LXL04_009443PF13431.13TPR_175896205.3e-2276.9
LXL04_009443PF00515.35TPR_16006319.1e-35117.8
LXL04_009443PF07719.24TPR_26006312.5e-33112.1
LXL04_009443PF13181.13TPR_86006317.2e-32107.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9M8Y0拟南芥Probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SEC23.684%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q96301拟南芥Probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SPINDLY24.129%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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