TkAUNG098750 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG098750

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 27873161-27876037 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1960 bp · TkAUNG098750|TK1151|cDNA

GAATCATTTGATTGTGGATCTAAAACCAAGTTTAACAATGAAGAAAACAATCAAGAGAAATTTAGTTTATCAGTCAAAGATTCGGACACAGTAGAATTAGAAGGTAAACAATCTAAAAAACTGGGAAAATCACGGTCACGAAGTGGTAAGATGGAATTCCCCATGGATTGTGGACCCGATGCTGAAGGTGATCACAATGGTCCAGGTGTTCCCTCATCCCGTGAAGAAAAAGTCAGCAGCCTCAAAACAGGCTTGGTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1809 bp · TkAUNG098750|TK1151|CDS

GAATCATTTGATTGTGGATCTAAAACCAAGTTTAACAATGAAGAAAACAATCAAGAGAAATTTAGTTTATCAGTCAAAGATTCGGACACAGTAGAATTAGAAGGTAAACAATCTAAAAAACTGGGAAAATCACGGTCACGAAGTGGTAAGATGGAATTCCCCATGGATTGTGGACCCGATGCTGAAGGTGATCACAATGGTCCAGGTGTTCCCTCATCCCGTGAAGAAAAAGTCAGCAGCCTCAAAACAGGCTTGGTTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

602 aa · TkAUNG098750|TK1151|PROTEIN

ESFDCGSKTKFNNEENNQEKFSLSVKDSDTVELEGKQSKKLGKSRSRSGKMEFPMDCGPDAEGDHNGPGVPSSREEKVSSLKTGLVHVSRKMPKNAHVHFILGLMYQRMGQPQKAVAAYEKAEEILLRGEEDVDRPDLLSLVQTHHAQCILLGSSEDYGSGKELEGKELEEIIFKLNESMKYDVRQASVWNTLGVLLLKAGHLQIAISVLSSLLIVAPENLDCIGNLGMAHLQNGNLELSAKCFQDLILKDQNHPSVLIN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG098750`
TK1151 ID	TkAUNG098750
OH-1004 ID	LXL04_009443
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	97.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.003 / OH-1004 90.840 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkAUNG098750`
位置	ChrUn:27873161-27876037 (+)
描述	Similar to TTC37: Tetratricopeptide repeat protein 37
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_009443` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000956 nuclear-transcribed mRNA catabolic process 生物过程 GO:0006493 protein O-linked glycosylation 生物过程 GO:0009736 cytokinin-activated signaling pathway 生物过程 GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程 GO:0009908 flower development 生物过程 GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程 GO:0009938 negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程 GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程 GO:0030154 cell differentiation 生物过程 GO:0036066 protein O-linked glycosylation via fucose 生物过程 GO:0048511 rhythmic process 生物过程 GO:0070478 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT3G04240 ath:AT3G11540 hsa:9652 mmu:218343 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.566

排名 1 · TkAUNG098750 · TK1151

细胞质0.337

排名 2 · TkAUNG098750 · TK1151

高尔基体0.067

排名 3 · TkAUNG098750 · TK1151

细胞膜0.067

排名 4 · TkAUNG098750 · TK1151

内质网0.051

排名 5 · TkAUNG098750 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04733Coatomer_E71-124 aa

PF23914TPR_CcmH_CycH75-124 aa

PF30990TTC22_N77-134 aa

PF25064ARM_TT21_5th88-123 aa

PF23300HEAT_Nup12089-143 aa

PF29407CFAP70_TPR_C90-123 aa

PF14559TPR_1991-122 aa

PF12895ANAPC392-122 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG098750	`PF04733`	Coatomer_E	71	124	0.02	15.1
TkAUNG098750	`PF23914`	TPR_CcmH_CycH	75	124	2.2e-15	57.6
TkAUNG098750	`PF30990`	TTC22_N	77	134	9.2e-11	42.6
TkAUNG098750	`PF25064`	ARM_TT21_5th	88	123	0.00036	21.6
TkAUNG098750	`PF23300`	HEAT_Nup120	89	143	0.013	16.1
TkAUNG098750	`PF29407`	CFAP70_TPR_C	90	123	1.5e-14	54.8
TkAUNG098750	`PF14559`	TPR_19	91	122	1.5e-15	58.0
TkAUNG098750	`PF12895`	ANAPC3	92	122	0.011	16.8
TkAUNG098750	`PF13431`	TPR_17	93	116	1.5e-21	75.5
TkAUNG098750	`PF13432`	TPR_16	93	123	6.1e-20	72.0
TkAUNG098750	`PF13414`	TPR_11	93	110	3e-11	43.5
TkAUNG098750	`PF13181`	TPR_8	96	125	9.1e-29	97.8
TkAUNG098750	`PF13424`	TPR_12	96	126	5.2e-21	75.3
TkAUNG098750	`PF21033`	RMD1-3	96	132	0.019	14.9
TkAUNG098750	`PF07721`	TPR_4	96	120	0.29	12.6
TkAUNG098750	`PF07719`	TPR_2	97	125	2.7e-32	108.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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