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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_004907
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 149962337-149965092 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1920 bp · LXL04_004907|LXL04_004907|OH1004|cDNA

ATGAACACCGTCTTCGAAGATGATGAAAAGGATCCAGAAATGGGTTCAGATTCAGGCACGAATCCATTTCTTCAAAGATCTCCCTCTCCTTCCCCTTCCCAAAGGTCAATCGACTCGTTCCCTGCTCCTTCCCCAAGAACACCTTCATTAGTGGTATCCAACTCCGGTAGGTTATCATATTCATCATACACCGGAAAACCGGGCACAACTCCAAGTTTTGGGAACATGTACGGATCAAATTCAAGCAAGTCGCTATCATA...

CDS

下载 CDS FASTA

1920 bp · LXL04_004907|LXL04_004907|OH1004|CDS

ATGAACACCGTCTTCGAAGATGATGAAAAGGATCCAGAAATGGGTTCAGATTCAGGCACGAATCCATTTCTTCAAAGATCTCCCTCTCCTTCCCCTTCCCAAAGGTCAATCGACTCGTTCCCTGCTCCTTCCCCAAGAACACCTTCATTAGTGGTATCCAACTCCGGTAGGTTATCATATTCATCATACACCGGAAAACCGGGCACAACTCCAAGTTTTGGGAACATGTACGGATCAAATTCAAGCAAGTCGCTATCATA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

639 aa · LXL04_004907|LXL04_004907|OH1004|PROTEIN

MNTVFEDDEKDPEMGSDSGTNPFLQRSPSPSPSQRSIDSFPAPSPRTPSLVVSNSGRLSYSSYTGKPGTTPSFGNMYGSNSSKSLSYSSSSNTWGFSSSGKSLSGKSLMSQSGGKKKYVKQVTGKHKDTELHLAAKRGDVMAVKLIIDEINEQMLRTMTGVDFDAEVAEIRASVVNEVNELGETALFTAAERGCVEVVKELLPYTTKQGLCLKNRSGFDPLHIAAREGHQEIVQILLDHDPDLSKTVGHSNSTPLTSAAV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_004907
TK1151 IDTkA01G098140
OH-1004 IDLXL04_004907
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_004907
位置Chr01:149962337-149965092 (+)
描述Similar to ITN1: Ankyrin repeat-containing protein ITN1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g12360 参与耐盐胁迫。
ITN1, a novel gene encoding an ankyrin-repeat protein that affects the ABA-mediated production of reactive oxygen species and is involved in salt-stress tolerance in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03614.x
At2g01680 含锚蛋白重复的蛋白 At2g01680。 暂无已核实直接文献
At5g02620 含锚蛋白重复序列的蛋白At5g02620。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0837000 参与耐盐胁迫。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004907 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0038180 nerve growth factor signaling pathway 生物过程
GO:1990090 cellular response to nerve growth factor stimulus 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005770 late endosome 细胞组分
GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0032991 protein-containing complex 细胞组分
GO:0019887 protein kinase regulator activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G01680
ath:AT3G12360
ath:AT5G02620
dosa:Os01g0837000
rno:116478
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.827
排名 1 · LXL04_004907 · OH-1004
细胞质0.099
排名 2 · LXL04_004907 · OH-1004
细胞核0.074
排名 3 · LXL04_004907 · OH-1004
内质网0.067
排名 4 · LXL04_004907 · OH-1004
溶酶体／液泡0.031
排名 5 · LXL04_004907 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12796.14Ank_2131-244 aa
PF24521.3Ank_KRIT1183-274 aa
PF13637.13Ank_4186-237 aa
PF12796.14Ank_2213-274 aa
PF00023.37Ank217-242 aa
PF13637.13Ank_4221-267 aa
PF12796.14Ank_2246-306 aa
PF13637.13Ank_4255-305 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_004907PF12796.14Ank_21312447.7e-56187.4
LXL04_004907PF24521.3Ank_KRIT11832742.2e-1454.1
LXL04_004907PF13637.13Ank_41862377.2e-31106.3
LXL04_004907PF12796.14Ank_22132747.7e-56187.4
LXL04_004907PF00023.37Ank2172423.4e-38128.2
LXL04_004907PF13637.13Ank_42212677.2e-31106.3
LXL04_004907PF12796.14Ank_22463067.7e-56187.4
LXL04_004907PF13637.13Ank_42553057.2e-31106.3
LXL04_004907PF12796.14Ank_22573447.7e-56187.4
LXL04_004907PF00023.37Ank2843053.4e-38128.2
LXL04_004907PF13637.13Ank_42893397.2e-31106.3
LXL04_004907PF13857.13Ank_53053456e-32110.1
LXL04_004907PF00023.37Ank3193453.4e-38128.2
LXL04_004907PF12796.14Ank_23323957.7e-56187.4
LXL04_004907PF13857.13Ank_53473936e-32110.1
LXL04_004907PF00023.37Ank3543843.4e-38128.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9C7A2拟南芥Ankyrin repeat-containing protein ITN160.930%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9ZU96拟南芥Ankyrin repeat-containing protein At2g0168041.336%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q6AWW5拟南芥Ankyrin repeat-containing protein At5g0262041.131%Swiss-Prot中等数据库同源证据
A2CIR5水稻Ankyrin repeat-containing protein NPR462.942%Swiss-Prot强数据库同源证据

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