RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G098140
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 24787599-24790819 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2484 bp · TkA01G098140|TK1151|cDNA

GATAACGATGAGTTGGTAGTTATCTTAAAGTCTAAGGGCTGAAGATAACTTATGTAAGAATTGCGAAACCTTTAAATAGACGGGGGCAAAACTAAATCTTGTGGAAATACAGTAGCGACATTCACCGGAATTTCAAACGATGCCACCGCACATTCTTCCCGTCTCCGGCAGCTATGTCATTCCTATAAACCCTAATCTCACCTACTATCCTCCACACCTGTTATGATCTCATATTTACTTTTCTCTCAAGAAATTTAACC...

CDS

下载 CDS FASTA

1920 bp · TkA01G098140|TK1151|CDS

ATGAACACCGTCTTCGAAGATGATGAAAAGGATCCAGAAATGGGTTCAGATTCAGGCACGAATCCATTTCTCCAAAGATCTCCCTCTCCTTCCCCTTCCCAAAGGTCAATCGACTCGTTCCCTGCTCCTTCCCCAAGAACACCTTCATTAGTGGTATCCAACTCCGGTAGGTTATCATATTCATCATACACCGGAAAACCGGGCACAACTCCAAGTTTTGGGAACATGTACGGATCAAATTCAAGCAAGTCGCTATCATA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

639 aa · TkA01G098140|TK1151|PROTEIN

MNTVFEDDEKDPEMGSDSGTNPFLQRSPSPSPSQRSIDSFPAPSPRTPSLVVSNSGRLSYSSYTGKPGTTPSFGNMYGSNSSKSLSYSSSSNTWGFSSSGKSLSGKSLMSQSGGKKKYVKQVTGKHKDTELHLAAKRGDVMAVKLIIDEINEQMLRTMTGVDFDAEVAEIRASVVNEVNELGETALFTAAERGCVEVVKELLPYTTKQGLCLKNRSGFDPLHIAAREGHQEIVQILLDHDPDLSKTVGHSNSTPLTSAAV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G098140
TK1151 IDTkA01G098140
OH-1004 IDLXL04_004907
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G098140
位置Chr01:24787599-24790819 (-)
描述Similar to ITN1: Ankyrin repeat-containing protein ITN1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g12360 参与耐盐胁迫。
ITN1, a novel gene encoding an ankyrin-repeat protein that affects the ABA-mediated production of reactive oxygen species and is involved in salt-stress tolerance in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03614.x
At2g01680 含锚蛋白重复的蛋白 At2g01680。 暂无已核实直接文献
At5g02620 含锚蛋白重复序列的蛋白At5g02620。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0837000 参与耐盐胁迫。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004907 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0038180 nerve growth factor signaling pathway 生物过程
GO:1990090 cellular response to nerve growth factor stimulus 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005770 late endosome 细胞组分
GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0032991 protein-containing complex 细胞组分
GO:0019887 protein kinase regulator activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G01680
ath:AT3G12360
ath:AT5G02620
dosa:Os01g0837000
rno:116478
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.828
排名 1 · TkA01G098140 · TK1151
细胞质0.099
排名 2 · TkA01G098140 · TK1151
细胞核0.074
排名 3 · TkA01G098140 · TK1151
内质网0.067
排名 4 · TkA01G098140 · TK1151
溶酶体／液泡0.031
排名 5 · TkA01G098140 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06048DUF92792-160 aa
PF03030H_PPase114-140 aa
PF24521Ank_KRIT1126-149 aa
PF23432DUF7118127-176 aa
PF00023Ank128-147 aa
PF13857Ank_5129-147 aa
PF12796Ank_2131-244 aa
PF13637Ank_4131-199 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G098140PF06048DUF927921600.01815.4
TkA01G098140PF03030H_PPase1141407.2e-0522.4
TkA01G098140PF24521Ank_KRIT11261492.2e-1454.1
TkA01G098140PF23432DUF71181271760.1511.9
TkA01G098140PF00023Ank1281473.4e-38128.2
TkA01G098140PF13857Ank_51291476.1e-32110.1
TkA01G098140PF12796Ank_21312447.7e-56187.4
TkA01G098140PF13637Ank_41311997.2e-31106.3
TkA01G098140PF13606Ank_31311482.3e-2689.4
TkA01G098140PF13857Ank_51792036.1e-32110.1
TkA01G098140PF00023Ank1822023.4e-38128.2
TkA01G098140PF13606Ank_31822032.3e-2689.4
TkA01G098140PF24521Ank_KRIT11832742.2e-1454.1
TkA01G098140PF13637Ank_41862377.2e-31106.3
TkA01G098140PF12796Ank_22132747.7e-56187.4
TkA01G098140PF13857Ank_52132556.1e-32110.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9C7A2拟南芥sp|Q9C7A2|ITN1_ARATH Ankyrin repeat-containing protein ITN173.000%Swiss-Prot高置信
Q9ZU96拟南芥sp|Q9ZU96|Y2168_ARATH Ankyrin repeat-containing protein At2g0168043.200%Swiss-Prot低置信
Q6AWW5拟南芥sp|Q6AWW5|Y5262_ARATH Ankyrin repeat-containing protein At5g0262054.700%Swiss-Prot高置信
A2CIR5水稻sp|A2CIR5|NPR4_ORYSJ Ankyrin repeat-containing protein NPR453.300%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看