TkA08G304570 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G304570

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 78900105-78900682 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

360 bp · TkA08G304570|TK1151|cDNA

ATGTCCTGTAACAATGCAGTGAAGGAGGATAAAAACGGTAGAGTTGTTCCAGAGCATGATAGAGAGATATTGGTAGCACACATGGATTTTGCTAAAAAGGCAGAAATTTATGGTAATAATATGTTTCCACATGACACCGAAAGTTCAAATCACGTGCTACTAAATTATCCAAAGGAGAACACAAAAATCGGATTAGTTCGATGCCCAAGCTGCCTGAAAGTTCTGTTGGAGCCGCCAGATGTTCCAGTCTACGGATGTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

360 bp · TkA08G304570|TK1151|CDS

ATGTCCTGTAACAATGCAGTGAAGGAGGATAAAAACGGTAGAGTTGTTCCAGAGCATGATAGAGAGATATTGGTAGCACACATGGATTTTGCTAAAAAGGCAGAAATTTATGGTAATAATATGTTTCCACATGACACCGAAAGTTCAAATCACGTGCTACTAAATTATCCAAAGGAGAACACAAAAATCGGATTAGTTCGATGCCCAAGCTGCCTGAAAGTTCTGTTGGAGCCGCCAGATGTTCCAGTCTACGGATGTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

119 aa · TkA08G304570|TK1151|PROTEIN

MSCNNAVKEDKNGRVVPEHDREILVAHMDFAKKAEIYGNNMFPHDTESSNHVLLNYPKENTKIGLVRCPSCLKVLLEPPDVPVYGCGGCNAILIVKKQKDATADIEVNAGNFSCFKKFI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G304570`
TK1151 ID	TkA08G304570
OH-1004 ID	LXL04_033724
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 31.933 / OH-1004 11.950 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G304570`
位置	Chr08:78900105-78900682 (-)
描述	Similar to HERK1: Receptor-like protein kinase HERK 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_033724` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程 GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程 GO:0010038 response to metal ion 生物过程 GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程 GO:0010483 pollen tube reception 生物过程 GO:0005576 extracellular region 细胞组分 GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0009506 plasmodesma 细胞组分 GO:0009536 plastid 细胞组分 GO:0043680 filiform apparatus 细胞组分 GO:0099503 secretory vesicle 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT2G39360 ath:AT3G46290 ath:AT5G38990 ath:AT5G39000 ath:AT5G59700 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.433

排名 1 · TkA08G304570 · TK1151

细胞质0.381

排名 2 · TkA08G304570 · TK1151

细胞膜0.140

排名 3 · TkA08G304570 · TK1151

内质网0.094

排名 4 · TkA08G304570 · TK1151

线粒体0.080

排名 5 · TkA08G304570 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24292DUF747950-77 aa

PF06943zf-LSD151-57 aa

PF23548Zn_ribbon_FGT1_253-71 aa

PF22910EDR4-like_1st62-93 aa

PF30462DUF861762-115 aa

PF06943zf-LSD166-71 aa

PF24292DUF747981-96 aa

PF23548Zn_ribbon_FGT1_286-93 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G304570	`PF24292`	DUF7479	50	77	0.0032	18.3
TkA08G304570	`PF06943`	zf-LSD1	51	57	0.85	10.3
TkA08G304570	`PF23548`	Zn_ribbon_FGT1_2	53	71	0.83	10.0
TkA08G304570	`PF22910`	EDR4-like_1st	62	93	2.4e-14	53.3
TkA08G304570	`PF30462`	DUF8617	62	115	0.11	13.6
TkA08G304570	`PF06943`	zf-LSD1	66	71	0.85	10.3
TkA08G304570	`PF24292`	DUF7479	81	96	0.0032	18.3
TkA08G304570	`PF23548`	Zn_ribbon_FGT1_2	86	93	0.83	10.0
TkA08G304570	`PF06943`	zf-LSD1	86	94	0.85	10.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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