LXL04_033724 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033724

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 54515226-54517011 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1115 bp · LXL04_033724|LXL04_033724|OH1004|cDNA

taataaataaaatcattacaaagaattataacCAGTTTATTTTACAACAGTTTAACTTAATTGACTCTAAATTACGTAGtgttcatttttatgtcatattttaatttccaTGCGCAACGCGCGGGAATTCGCCTCGTTTCATATATATAAGAAGCAAAATGTACAAGTTAGTTCGATGCCCATGTTGCTGGAAATTTCAGCAGGATCTACCTAAAGTTCCAGTCTATGTATGTGGAGGCTGTAATGCAATTCTTATAGTG...

CDS

下载 CDS FASTA

957 bp · LXL04_033724|LXL04_033724|OH1004|CDS

ATGTACAAGTTAGTTCGATGCCCATGTTGCTGGAAATTTCAGCAGGATCTACCTAAAGTTCCAGTCTATGTATGTGGAGGCTGTAATGCAATTCTTATAGTGAAGGAGGATAAAAACGGTAGAGTTGTTCCAGAGCATGATAGAGAGATATTGGTAGCACACATGGATTTTGCTAAAAAGGCAGAAATTTATGGTAATAATATGTTTCCACATGCACCGAAAGTTCAAATCACTGAAGAAACAGAAAGATGCTACAGCCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

318 aa · LXL04_033724|LXL04_033724|OH1004|PROTEIN

MYKLVRCPCCWKFQQDLPKVPVYVCGGCNAILIVKEDKNGRVVPEHDREILVAHMDFAKKAEIYGNNMFPHAPKVQITEETERCYSRYRGKCRKFLMLQEIHLMIAYVDAILPNSLKIPLQAIKDCTHDFNERNYLGKGGYGRVYKGILMWADNVNQLVAVKRLDVKGGQGNKEFHTELTMRSQYQHENIIALIGFCVENKEMIIVYEYASHGSLDTYLCGTAMSIELTWPQLLKICIDVASALDCLHNHVAEKHRIIHR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033724`
TK1151 ID	TkA08G304570
OH-1004 ID	LXL04_033724
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 31.933 / OH-1004 11.950 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033724

位置 Chr07:54515226-54517011 (+)

描述 Similar to HERK1: Receptor-like protein kinase HERK 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g46290`	营养生长过程中细胞伸长所需的受体样蛋白激酶，主要以油菜素甾醇独立的方式进行。	Three related receptor-like kinases are required for optimal cell elongation in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0812346106
`At5g59700`	可能的受体样蛋白激酶 At5g59700。	暂无已核实直接文献
`At5g38990`	可能的受体样蛋白激酶At5g38990。	暂无已核实直接文献
`At5g39000`	推测的受体样蛋白激酶At5g39000。	暂无已核实直接文献
`At2g39360`	可能的受体样蛋白激酶 At2g39360。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033724 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0010038 response to metal ion 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0010483 pollen tube reception 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0043680 filiform apparatus 细胞组分

GO:0099503 secretory vesicle 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G39360

ath:AT3G46290

ath:AT5G38990

ath:AT5G39000

ath:AT5G59700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.473

排名 1 · LXL04_033724 · OH-1004

细胞核0.298

排名 2 · LXL04_033724 · OH-1004

细胞膜0.199

排名 3 · LXL04_033724 · OH-1004

内质网0.091

排名 4 · LXL04_033724 · OH-1004

线粒体0.088

排名 5 · LXL04_033724 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22910.2EDR4-like_1st3-32 aa

PF00069.32Pkinase131-297 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr134-286 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033724	`PF22910.2`	EDR4-like_1st	3	32	6.9e-11	42.2
LXL04_033724	`PF00069.32`	Pkinase	131	297	7.3e-31	108.2
LXL04_033724	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	134	286	1.3e-34	120.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LX66`	拟南芥	Receptor-like protein kinase HERK 1	49.412%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FN92`	拟南芥	Probable receptor-like protein kinase At5g59700	49.711%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FID9`	拟南芥	Probable receptor-like protein kinase At5g38990	46.154%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FID8`	拟南芥	Putative receptor-like protein kinase At5g39000	45.128%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O80623`	拟南芥	Probable receptor-like protein kinase At2g39360	48.235%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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