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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G558460
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 140474832-140476778 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1506 bp · TkA01G558460|TK1151|cDNA

ATGTCGAATATTACAGGAGATGAAGGAAGCTTTTCATCAGGAGAAGAAGCTCAAGGAAAGCAAGTTCAAGACCTGAAAAACCATTTTAACGGAGGAAATTCTAGCAATGTCTCCACTTCACTCCCACCTCCTCCTGCTAAAAAGAAAAGAAGCCTGCCAGGAACTCCAGATCCTACAGCAGAAGTTATTGCGTTATCACCAACGACACTTATGGCAACCAATAGATTTGTATGTGAAATATGCAACAAAGGGTTTCAGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1506 bp · TkA01G558460|TK1151|CDS

ATGTCGAATATTACAGGAGATGAAGGAAGCTTTTCATCAGGAGAAGAAGCTCAAGGAAAGCAAGTTCAAGACCTGAAAAACCATTTTAACGGAGGAAATTCTAGCAATGTCTCCACTTCACTCCCACCTCCTCCTGCTAAAAAGAAAAGAAGCCTGCCAGGAACTCCAGATCCTACAGCAGAAGTTATTGCGTTATCACCAACGACACTTATGGCAACCAATAGATTTGTATGTGAAATATGCAACAAAGGGTTTCAGAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

501 aa · TkA01G558460|TK1151|PROTEIN

MSNITGDEGSFSSGEEAQGKQVQDLKNHFNGGNSSNVSTSLPPPPAKKKRSLPGTPDPTAEVIALSPTTLMATNRFVCEICNKGFQRDQNLQLHRRGHNLPWKLRQRTSTETRKRVYVCPEPSCVHHNPARALGDLTGIKKHYSRKHGEKKWKCDKCSKKYAVQSDWKAHQKTCGTREYKCDCGTIFSRRDSFITHRAFCDALAEENNKVNHGMLHPTHHMHDQSMDSGNNMLMGLPNFNNYEPKDSIKSLPQDLVPMPF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G558460
TK1151 IDTkA01G558460
OH-1004 IDLXL04_001131
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)94.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G558460
位置Chr01:140474832-140476778 (+)
描述Similar to GAF1: Zinc finger protein GAI-ASSOCIATED FACTOR 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g50700 转录因子，作为赤霉素 作用、稳态和信号传导的正调节因子。 暂无已核实直接文献
At1g03840 转录因子，调节组织边界和非对称细胞分裂。
DELLA protein functions as a transcriptional activator through the DNA binding of the indeterminate domain family proteins.2014 · DOI: 10.1073/pnas.1321669111
At5g44160 与DNA序列5'-CTTTTGTCC-3'结合的转录激活因子。
Modulation of sugar metabolism by an INDETERMINATE DOMAIN transcription factor contributes to photoperiodic flowering in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04432.x
AKIN10 delays flowering by inactivating IDD8 transcription factor through protein phosphorylation in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1186/s12870-015-0503-8
At5g66730 转录因子通过调节种子成熟过程中的光和激素信号来促进发芽过渡。
The Arabidopsis C2H2 zinc finger INDETERMINATE DOMAIN1/ENHYDROUS promotes the transition to germination by regulating light and hormonal signaling during seed maturation.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.085134
DELLAs function as coactivators of GAI-ASSOCIATED FACTOR1 in regulation of gibberellin homeostasis and signaling in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.125690
At1g55110 可能的转录因子。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001131 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0002221 pattern recognition receptor signaling pathway 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0008356 asymmetric cell division 生物过程
GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009937 regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009939 positive regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程
GO:0010075 regulation of meristem growth 生物过程
GO:0010336 gibberellic acid homeostasis 生物过程
GO:0010431 seed maturation 生物过程
GO:0034504 protein localization to nucleus 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G03840
ath:AT1G14580
ath:AT2G02080
ath:AT3G50700
ath:AT5G66730
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.972
排名 1 · TkA01G558460 · TK1151
细胞质0.120
排名 2 · TkA01G558460 · TK1151
细胞膜0.018
排名 3 · TkA01G558460 · TK1151
线粒体0.011
排名 4 · TkA01G558460 · TK1151
内质网0.008
排名 5 · TkA01G558460 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12171zf-C2H2_jaz23-31 aa
PF12874zf-met24-31 aa
PF23115zf-C2H2_STOP2_3rd25-29 aa
PF26040Zn_ribbon_CLPX_N68-83 aa
PF04810zf-Sec23_Sec2472-83 aa
PF23250zf_DPOE_273-88 aa
PF02892zf-BED74-88 aa
PF22995C2CH-3rd_BIRD-IDD75-85 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G558460PF12171zf-C2H2_jaz23310.001419.5
TkA01G558460PF12874zf-met24310.001819.3
TkA01G558460PF23115zf-C2H2_STOP2_3rd25290.1612.8
TkA01G558460PF26040Zn_ribbon_CLPX_N68830.7210.4
TkA01G558460PF04810zf-Sec23_Sec2472831.010.2
TkA01G558460PF23250zf_DPOE_273880.1212.8
TkA01G558460PF02892zf-BED74880.3511.6
TkA01G558460PF22995C2CH-3rd_BIRD-IDD75853.5e-1452.9
TkA01G558460PF13912zf-C2H2_675980.0215.6
TkA01G558460PF00096zf-C2H276981.8e-0938.2
TkA01G558460PF12171zf-C2H2_jaz76980.001419.5
TkA01G558460PF12874zf-met76980.001819.3
TkA01G558460PF13894zf-C2H2_476980.007717.6
TkA01G558460PF21361Sina_ZnF1061540.7311.0
TkA01G558460PF26408DUF81061101210.5910.6
TkA01G558460PF22996C2H2-2nd_BIRD-IDD1131474.3e-2381.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SCQ6拟南芥sp|Q9SCQ6|IDD2_ARATH Zinc finger protein GAI-ASSOCIATED FACTOR 182.600%Swiss-Prot低置信
Q9ZWA6拟南芥sp|Q9ZWA6|IDD3_ARATH Zinc finger protein MAGPIE83.700%Swiss-Prot低置信
Q9FFH3拟南芥sp|Q9FFH3|IDD8_ARATH Zinc finger protein NUTCRACKER84.800%Swiss-Prot低置信
Q9LVQ7拟南芥sp|Q9LVQ7|IDD1_ARATH Zinc finger protein ENHYDROUS83.900%Swiss-Prot低置信
Q8H1F5拟南芥sp|Q8H1F5|IDD7_ARATH Protein indeterminate-domain 752.800%Swiss-Prot中等置信

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