LXL04_001131 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001131

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 20883733-20885679 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1593 bp · LXL04_001131|LXL04_001131|OH1004|cDNA

ATGTCGAATATTACAGGAGATGAAGGAAGCTTTTCATCAGGAGAAGAAGctcaaggaaagcaagttcAAGACCTGAAAAACCATTTTAACGGAGGAAATTCTAGCAATGTCTCCActtcactcccacctcctcctgCTAAAAAGAAAAGAAGCCTGCCAGGAACTCCAGATCCTACAGCAGAAGTTATTGCGTTATCACCAACGACACTTATGGCAACCAATAGATTTGTATGTGAAATATGCAACAAAGGGTTTCAGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1593 bp · LXL04_001131|LXL04_001131|OH1004|CDS

ATGTCGAATATTACAGGAGATGAAGGAAGCTTTTCATCAGGAGAAGAAGCTCAAGGAAAGCAAGTTCAAGACCTGAAAAACCATTTTAACGGAGGAAATTCTAGCAATGTCTCCACTTCACTCCCACCTCCTCCTGCTAAAAAGAAAAGAAGCCTGCCAGGAACTCCAGATCCTACAGCAGAAGTTATTGCGTTATCACCAACGACACTTATGGCAACCAATAGATTTGTATGTGAAATATGCAACAAAGGGTTTCAGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

530 aa · LXL04_001131|LXL04_001131|OH1004|PROTEIN

MSNITGDEGSFSSGEEAQGKQVQDLKNHFNGGNSSNVSTSLPPPPAKKKRSLPGTPDPTAEVIALSPTTLMATNRFVCEICNKGFQRDQNLQLHRRGHNLPWKLRQRTSTETRKRVYVCPEPSCVHHNPARALGDLTGIKKHYSRKHGEKKWKCDKCSKKYAVQSDWKAHQKTCGTREYKCDCGTIFSRRDSFITHRAFCDALAEENNKVNHGMLHPTHHMHDQSMDSGNNMLMGLPNFNNYEPKDSIKSLPQDLVPMPF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001131`
TK1151 ID	TkA01G558460
OH-1004 ID	LXL04_001131
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	94.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001131

位置 Chr01:20883733-20885679 (-)

描述 Similar to GAF1: Zinc finger protein GAI-ASSOCIATED FACTOR 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g50700`	转录因子，作为赤霉素作用、稳态和信号传导的正调节因子。	暂无已核实直接文献
`At1g03840`	转录因子，调节组织边界和非对称细胞分裂。	DELLA protein functions as a transcriptional activator through the DNA binding of the indeterminate domain family proteins.2014 · DOI: 10.1073/pnas.1321669111
`At5g66730`	转录因子通过调节种子成熟过程中的光和激素信号来促进发芽过渡。	The Arabidopsis C2H2 zinc finger INDETERMINATE DOMAIN1/ENHYDROUS promotes the transition to germination by regulating light and hormonal signaling during seed maturation.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.085134 DELLAs function as coactivators of GAI-ASSOCIATED FACTOR1 in regulation of gibberellin homeostasis and signaling in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.125690
`At1g14580`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At2g02080`	转录因子，可能作为核编码光合作用基因表达的转录激活剂（可能）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001131 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002221 pattern recognition receptor signaling pathway 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0008356 asymmetric cell division 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009937 regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009939 positive regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程

GO:0010075 regulation of meristem growth 生物过程

GO:0010336 gibberellic acid homeostasis 生物过程

GO:0010431 seed maturation 生物过程

GO:0034504 protein localization to nucleus 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G03840

ath:AT1G14580

ath:AT2G02080

ath:AT3G50700

ath:AT5G66730

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.977

排名 1 · LXL04_001131 · OH-1004

细胞质0.101

排名 2 · LXL04_001131 · OH-1004

细胞膜0.019

排名 3 · LXL04_001131 · OH-1004

内质网0.009

排名 4 · LXL04_001131 · OH-1004

线粒体0.009

排名 5 · LXL04_001131 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22996.3C2H2-2nd_BIRD-IDD113-147 aa

PF22995.3C2CH-3rd_BIRD-IDD151-175 aa

PF22992.3C2CH-4th_BIRD-IDD178-216 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001131	`PF22996.3`	C2H2-2nd_BIRD-IDD	113	147	4.7e-23	81.6
LXL04_001131	`PF22995.3`	C2CH-3rd_BIRD-IDD	151	175	4.1e-14	52.7
LXL04_001131	`PF22992.3`	C2CH-4th_BIRD-IDD	178	216	1.1e-24	86.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SCQ6`	拟南芥	Zinc finger protein GAI-ASSOCIATED FACTOR 1	53.693%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZWA6`	拟南芥	Zinc finger protein MAGPIE	76.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LVQ7`	拟南芥	Zinc finger protein ENHYDROUS	76.289%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8RWX7`	拟南芥	Protein indeterminate-domain 6, chloroplastic	79.882%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8GYC1`	拟南芥	Protein indeterminate-domain 4, chloroplastic	48.844%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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