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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G009120
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 2459496-2460128 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

633 bp · TkA01G009120|TK1151|cDNA

ATGGTTCGTGATGGGTTCACACTTGATTTGTCGCTTTTTGAGCTCTTAATTAAATCTCTTCACCATGAAAACAGAGAATATCAGGTTGAAAAGGTAATTGAAGATATGCGGAAGTTATGTAATTTGAATCCCCAAGTTATATCGTCAACTCTAGTGAAAGGTGGGTCCTACGATTATGCAGCCAAAATGTTTGAACTCGCCATTTTAGAGGGTTATGATTTGGATCATGAGTGCTTGCTGTCGATTTTGAGTTCTTACAG...

CDS

下载 CDS FASTA

633 bp · TkA01G009120|TK1151|CDS

ATGGTTCGTGATGGGTTCACACTTGATTTGTCGCTTTTTGAGCTCTTAATTAAATCTCTTCACCATGAAAACAGAGAATATCAGGTTGAAAAGGTAATTGAAGATATGCGGAAGTTATGTAATTTGAATCCCCAAGTTATATCGTCAACTCTAGTGAAAGGTGGGTCCTACGATTATGCAGCCAAAATGTTTGAACTCGCCATTTTAGAGGGTTATGATTTGGATCATGAGTGCTTGCTGTCGATTTTGAGTTCTTACAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

210 aa · TkA01G009120|TK1151|PROTEIN

MVRDGFTLDLSLFELLIKSLHHENREYQVEKVIEDMRKLCNLNPQVISSTLVKGGSYDYAAKMFELAILEGYDLDHECLLSILSSYSSSGRHPEALDLLDFLKEHAPESGRIITEALIVILCRSNQLDAAIDEYRKNKNSNTLSGSSSMYESLIEGCESAELFSEASQVLSDMMFIGIQPSKLIYEKVALMYCKMGFTAHDLVNQSEIDG

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G009120
TK1151 IDTkA01G009120
OH-1004 IDLXL04_035431
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)93.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.524 / OH-1004 14.532
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G009120
位置Chr01:2459496-2460128 (+)
描述Similar to EMB1270: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g18110, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g18110 可能在胚胎发生中起作用。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035431 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G18110
ath:AT5G02860
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.554
排名 1 · TkA01G009120 · TK1151
质体0.236
排名 2 · TkA01G009120 · TK1151
细胞核0.123
排名 3 · TkA01G009120 · TK1151
细胞质0.083
排名 4 · TkA01G009120 · TK1151
细胞膜0.015
排名 5 · TkA01G009120 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13812PPR_31-38 aa
PF13041PPR_215-38 aa
PF00637Clathrin15-55 aa
PF01535PPR16-38 aa
PF13428TPR_1416-46 aa
PF29070MSC6_N17-49 aa
PF23276TPR_2418-31 aa
PF27134YobJ18-41 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G009120PF13812PPR_31380.006117.3
TkA01G009120PF13041PPR_215381.1e-0629.4
TkA01G009120PF00637Clathrin15550.009916.3
TkA01G009120PF01535PPR16383.8e-0730.6
TkA01G009120PF13428TPR_1416460.05814.8
TkA01G009120PF29070MSC6_N17490.1711.7
TkA01G009120PF23276TPR_2418310.0414.6
TkA01G009120PF27134YobJ18410.1912.3
TkA01G009120PF01535PPR51663.8e-0730.6
TkA01G009120PF12854PPR_155650.08613.3
TkA01G009120PF23276TPR_24711320.0414.6
TkA01G009120PF12921ATP13741050.01216.2
TkA01G009120PF13428TPR_14781140.05814.8
TkA01G009120PF01535PPR811043.8e-0730.6
TkA01G009120PF13041PPR_2821041.1e-0629.4
TkA01G009120PF12854PPR_1821000.08613.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q5G1S8拟南芥sp|Q5G1S8|PP241_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g18110, chloroplastic50.300%Swiss-Prot高置信

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