LXL04_035431 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035431

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 22425147-22429578 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4359 bp · LXL04_035431|LXL04_035431|OH1004|cDNA

ATGTCATTCACGTCTGGAATCTTGGCTTTTGCTGCACCTTCGCCAACACTAAACGCCATTAACGATACATCGAAGGTACGCAAAACCATTACTTCTCATGTTTCCTGCTCAACCTCTTCTTCTGCCGTTACAACCATCGAACAGCAAGAACCGTCCAAGAAATTTAGCTACAGCAGAGCATCTCCATCAGTCAGATGGCCTAACCGTAAAGAACCCGCCGATAATCATAACTCAGACAAAACGCAGTTCCCAATTTCACC...

CDS

下载 CDS FASTA

4359 bp · LXL04_035431|LXL04_035431|OH1004|CDS

ATGTCATTCACGTCTGGAATCTTGGCTTTTGCTGCACCTTCGCCAACACTAAACGCCATTAACGATACATCGAAGGTACGCAAAACCATTACTTCTCATGTTTCCTGCTCAACCTCTTCTTCTGCCGTTACAACCATCGAACAGCAAGAACCGTCCAAGAAATTTAGCTACAGCAGAGCATCTCCATCAGTCAGATGGCCTAACCGTAAAGAACCCGCCGATAATCATAACTCAGACAAAACGCAGTTCCCAATTTCACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1452 aa · LXL04_035431|LXL04_035431|OH1004|PROTEIN

MSFTSGILAFAAPSPTLNAINDTSKVRKTITSHVSCSTSSSAVTTIEQQEPSKKFSYSRASPSVRWPNRKEPADNHNSDKTQFPISPTNPKIDVFVHEPLTEVEGETAPLEENNETLEYSGRNSRGVAKKMTKLALKRAKDWRQRVQFLTDRILGLKSHEFVADVLDDRQVQMTPTDFCFLVKGIGKSNWQRALEVYEWLNLRKWYSPNARMLATILGVLGKANQEALAMEIFHRSEEAIDSSVQVYNAMMGVYARNGRF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035431`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035431

位置 Chr08:22425147-22429578 (-)

描述 Similar to EMB1270: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g18110, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g18110`	可能在胚胎发生中起作用。	暂无已核实直接文献
`At5g02860`	含五肽重复的蛋白 At5g02860。	暂无已核实直接文献
`At4g31850`	在稳定编码细胞色素 b6-f 复合物亚基的 petL 操纵子的初级多顺反子转录本中发挥作用。	PPR motifs of the nucleus-encoded factor, PGR3, function in the selective and distinct steps of chloroplast gene expression in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02035.x
`At1g74850`	参与质体基因表达。	pTAC2, -6, and -12 are components of the transcriptionally active plastid chromosome that are required for plastid gene expression.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.036392

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035431 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G18110

ath:AT5G02860

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.601

排名 1 · LXL04_035431 · OH-1004

线粒体0.255

排名 2 · LXL04_035431 · OH-1004

细胞核0.077

排名 3 · LXL04_035431 · OH-1004

细胞质0.027

排名 4 · LXL04_035431 · OH-1004

细胞膜0.013

排名 5 · LXL04_035431 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23276.3TPR_24214-342 aa

PF17177.11PPR_long222-365 aa

PF13812.13PPR_3240-288 aa

PF13041.13PPR_2244-288 aa

PF01535.27PPR246-274 aa

PF29070.1MSC6_N294-375 aa

PF13041.13PPR_2297-327 aa

PF17177.11PPR_long300-438 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035431	`PF23276.3`	TPR_24	214	342	3.3e-49	166.9
LXL04_035431	`PF17177.11`	PPR_long	222	365	2.3e-48	165.1
LXL04_035431	`PF13812.13`	PPR_3	240	288	1e-88	292.1
LXL04_035431	`PF13041.13`	PPR_2	244	288	1.9e-124	406.4
LXL04_035431	`PF01535.27`	PPR	246	274	5.5e-105	337.3
LXL04_035431	`PF29070.1`	MSC6_N	294	375	3.2e-50	172.0
LXL04_035431	`PF13041.13`	PPR_2	297	327	1.9e-124	406.4
LXL04_035431	`PF17177.11`	PPR_long	300	438	2.3e-48	165.1
LXL04_035431	`PF13812.13`	PPR_3	303	361	1e-88	292.1
LXL04_035431	`PF12854.14`	PPR_1	311	343	1.7e-82	271.5
LXL04_035431	`PF13041.13`	PPR_2	314	363	1.9e-124	406.4
LXL04_035431	`PF01535.27`	PPR	317	347	5.5e-105	337.3
LXL04_035431	`PF12854.14`	PPR_1	347	375	1.7e-82	271.5
LXL04_035431	`PF23276.3`	TPR_24	352	447	3.3e-49	166.9
LXL04_035431	`PF13041.13`	PPR_2	353	398	1.9e-124	406.4
LXL04_035431	`PF01535.27`	PPR	353	382	5.5e-105	337.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q5G1S8`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g18110, chloroplastic	60.945%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LYZ9`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g02860	25.214%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SZ52`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g31850, chloroplastic	22.515%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9S7Q2`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74850, chloroplastic	27.545%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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