LXL04_026776 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026776

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 2764709-2772604 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2847 bp · LXL04_026776|LXL04_026776|OH1004|cDNA

ATGGTGGCATTTGGGAAAAAGTTGAAGGAATTGCAGATCCAGGAATGGAAAGGATATTACATTGATTACAAGTTACTCAAGAAGAAAGTAAAGCAATACGCTCAACAAAAGGACGATGTAGTCCACGATCGCGATTACGTTCTACGCGATTTCTCCAAATTGCTCGATGAACAGATTGAGAAGGTAGTTCTGTTCTTACTGAAACGACAAGGTCAACTTGCGACTAGGTTATCAGGTCTTGCTGACAATGGCGACGAGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2847 bp · LXL04_026776|LXL04_026776|OH1004|CDS

ATGGTGGCATTTGGGAAAAAGTTGAAGGAATTGCAGATCCAGGAATGGAAAGGATATTACATTGATTACAAGTTACTCAAGAAGAAAGTAAAGCAATACGCTCAACAAAAGGACGATGTAGTCCACGATCGCGATTACGTTCTACGCGATTTCTCCAAATTGCTCGATGAACAGATTGAGAAGGTAGTTCTGTTCTTACTGAAACGACAAGGTCAACTTGCGACTAGGTTATCAGGTCTTGCTGACAATGGCGACGAGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

948 aa · LXL04_026776|LXL04_026776|OH1004|PROTEIN

MVAFGKKLKELQIQEWKGYYIDYKLLKKKVKQYAQQKDDVVHDRDYVLRDFSKLLDEQIEKVVLFLLKRQGQLATRLSGLADNGDESLSHGRDHDSIVELREGYREVGRDLLRLLFFVEMNAIGLRKILKKFDKRFGYKFTNYYVKTRANHPYSQLRQVFKHVGISAVIGSISRNIADLKDDQTHYASIYDHPTLHISDPIIESIKSAENRLLNSTDFLHYLGKHAFIVQDNEFPFPQTSPQENNMNERYHFMSLVLNLV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026776`
TK1151 ID	TkA07G006880
OH-1004 ID	LXL04_026776
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.714 / OH-1004 70.675 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026776

位置 Chr06:2764709-2772604 (+)

描述 Similar to At4g22990: SPX domain-containing membrane protein At4g22990

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g22990`	含SPX结构域的膜蛋白 At4g22990。	暂无已核实直接文献
`At4g11810`	含 SPX 结构域的膜蛋白 At4g11810。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0573000`	含SPX结构域的膜蛋白 Os04g0573000。	暂无已核实直接文献
`UniProt: B8AT51`	含SPX结构域的膜蛋白 OsI_17046。	暂无已核实直接文献
`Os02g0678200`	含SPX结构域的膜蛋白 Os02g45520。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026776 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006817 phosphate ion transport 生物过程

GO:1905011 transmembrane phosphate ion transport from cytosol to vacuole 生物过程

GO:0009705 plant-type vacuole membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005315 phosphate transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0022857 transmembrane transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G11810

ath:AT4G22990

dosa:Os02g0678200

dosa:Os04g0573000

osa:4336724

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.279

排名 1 · LXL04_026776 · OH-1004

溶酶体／液泡0.241

排名 2 · LXL04_026776 · OH-1004

内质网0.216

排名 3 · LXL04_026776 · OH-1004

高尔基体0.195

排名 4 · LXL04_026776 · OH-1004

细胞质0.179

排名 5 · LXL04_026776 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03105.25SPX4-37 aa

PF03105.25SPX109-147 aa

PF07690.22MFS_1260-633 aa

PF00083.31Sugar_tr266-426 aa

PF00520.38Ion_trans695-749 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026776	`PF03105.25`	SPX	4	37	7.4e-11	43.4
LXL04_026776	`PF03105.25`	SPX	109	147	7.4e-11	43.4
LXL04_026776	`PF07690.22`	MFS_1	260	633	9e-19	68.3
LXL04_026776	`PF00083.31`	Sugar_tr	266	426	1.1e-06	28.5
LXL04_026776	`PF00520.38`	Ion_trans	695	749	5.4e-06	26.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93ZQ5`	拟南芥	SPX domain-containing membrane protein At4g22990	67.359%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9T050`	拟南芥	SPX domain-containing membrane protein At4g11810	65.639%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0JAW2`	水稻	SPX domain-containing membrane protein Os04g0573000	64.785%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B8AT51`	水稻	SPX domain-containing membrane protein OsI_17046	64.785%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6EPQ3`	水稻	SPX domain-containing membrane protein Os02g45520	63.343%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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