LXL04_028958 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028958

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 75925477-75931438 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3246 bp · LXL04_028958|LXL04_028958|OH1004|cDNA

ATGGCAAGACGCTCCAAATCGAAAGACTCCACGGAAGAATCTCTATCTAATTCGTCAGAGGAGGAACAGGTCAATGATcaggaagaagaagacgaggAAGAGCTGGAAGCCGTTGCACGGCCTGTTGATTCTGATGAAGATGAAAACGCTACCGCCGCGGTTGATGCCACTGGTGAGGAGCAGGACGAAGATGACGAATCCGAGGTTTGCTTTTTTGGATTTCATGCATTTAGTCTGATTGCTGCTGATTTGGATGGCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

3246 bp · LXL04_028958|LXL04_028958|OH1004|CDS

ATGGCAAGACGCTCCAAATCGAAAGACTCCACGGAAGAATCTCTATCTAATTCGTCAGAGGAGGAACAGGTCAATGATCAGGAAGAAGAAGACGAGGAAGAGCTGGAAGCCGTTGCACGGCCTGTTGATTCTGATGAAGATGAAAACGCTACCGCCGCGGTTGATGCCACTGGTGAGGAGCAGGACGAAGATGACGAATCCGAGGTTTGCTTTTTTGGATTTCATGCATTTAGTCTGATTGCTGCTGATTTGGATGGCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1081 aa · LXL04_028958|LXL04_028958|OH1004|PROTEIN

MARRSKSKDSTEESLSNSSEEEQVNDQEEEDEEELEAVARPVDSDEDENATAAVDATGEEQDEDDESEVCFFGFHAFSLIAADLDGNEEANTEISHREKARLKEMQRLKRQKIQDILDQQNASVEADMNNKGKGRLKFLLQQTELFAHFAKSGASASQKKGKERGRHASKLTEEEEDEEYLKEEEAGAGHTRLLVQPSCITGKMRDYQLAGLNWMIRLYENGINGILADEMGLGKTLQTISLLGYLHEFRGITGPHMVVA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028958`
TK1151 ID	TkA07G254860
OH-1004 ID	LXL04_028958
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 93.615 / OH-1004 92.229 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028958

位置 Chr06:75925477-75931438 (+)

描述 Similar to CHR17: ISWI chromatin-remodeling complex ATPase CHR17

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g18620`	具有内在的依赖 ATP 的核小体重塑活性。	Imitation Switch chromatin remodeling factors and their interacting RINGLET proteins act together in controlling the plant vegetative phase in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2012.05074.x ISWI proteins participate in the genome-wide nucleosome distribution in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12499
`At3g06400`	具有内在的依赖 ATP 的核小体重塑活性。	CHR11, a chromatin-remodeling factor essential for nuclear proliferation during female gametogenesis in Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1073/pnas.0508186102 Imitation Switch chromatin remodeling factors and their interacting RINGLET proteins act together in controlling the plant vegetative phase in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2012.05074.x ISWI proteins participate in the genome-wide nucleosome distribution in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12499

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0367900`	具有内在的依赖 ATP 的核小体重塑活性。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028958 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000183 rDNA heterochromatin formation 生物过程

GO:0006275 regulation of DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006334 nucleosome assembly 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006346 DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006352 DNA-templated transcription initiation 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G06400

ath:AT5G18620

dosa:Os01g0367900

mmu:93761

mmu:93762

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.955

排名 1 · LXL04_028958 · OH-1004

细胞质0.121

排名 2 · LXL04_028958 · OH-1004

细胞膜0.018

排名 3 · LXL04_028958 · OH-1004

线粒体0.017

排名 4 · LXL04_028958 · OH-1004

内质网0.008

排名 5 · LXL04_028958 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04851.22ResIII203-363 aa

PF00176.30SNF2-rel_dom207-484 aa

PF00271.38Helicase_C506-619 aa

PF09110.17HAND768-855 aa

PF09111.17SLIDE913-1023 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028958	`PF04851.22`	ResIII	203	363	6.9e-10	39.8
LXL04_028958	`PF00176.30`	SNF2-rel_dom	207	484	1.8e-101	339.7
LXL04_028958	`PF00271.38`	Helicase_C	506	619	7e-25	88.1
LXL04_028958	`PF09110.17`	HAND	768	855	4.2e-07	31.5
LXL04_028958	`PF09111.17`	SLIDE	913	1023	6.4e-43	146.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JY24`	拟南芥	ISWI chromatin-remodeling complex ATPase CHR17	85.370%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8RWY3`	拟南芥	ISWI chromatin-remodeling complex ATPase CHR11	85.102%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7G8Y3`	水稻	Probable chromatin-remodeling complex ATPase chain	86.323%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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