LXL04_026783 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026783

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 2838554-2839372 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

819 bp · LXL04_026783|LXL04_026783|OH1004|cDNA

ATGAACTCACCATCGCCGCCGTACACAACCCATCAACCACCACTTGAAAGAGGTACTTCCACAGGTGGGTGTCCGTTGGTTGCATTAAAGAAAGAAGCTTTATTGGAAGAAAAGGTATTTAATTCGGCTCCGGCTGCGGCTCCGCCGTCGAGGAGGTCATCCACCAAGGACCGCCACACAAAGGTGGAGGGTAGAGGAAGAAGGATCCGAATGCCGGCAACCTGCGCCGCGAGGATATTCCAGCTGACGAGAGAACTTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

819 bp · LXL04_026783|LXL04_026783|OH1004|CDS

ATGAACTCACCATCGCCGCCGTACACAACCCATCAACCACCACTTGAAAGAGGTACTTCCACAGGTGGGTGTCCGTTGGTTGCATTAAAGAAAGAAGCTTTATTGGAAGAAAAGGTATTTAATTCGGCTCCGGCTGCGGCTCCGCCGTCGAGGAGGTCATCCACCAAGGACCGCCACACAAAGGTGGAGGGTAGAGGAAGAAGGATCCGAATGCCGGCAACCTGCGCCGCGAGGATATTCCAGCTGACGAGAGAACTTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

272 aa · LXL04_026783|LXL04_026783|OH1004|PROTEIN

MNSPSPPYTTHQPPLERGTSTGGCPLVALKKEALLEEKVFNSAPAAAPPSRRSSTKDRHTKVEGRGRRIRMPATCAARIFQLTRELGHKSDGETIQWLLQHAEPSIIAATGTGTIPAIAMSVNGTLKIPTTTTSAAATTTLASIQKKRKLPYDFDINRNENTPITDTVASSSTSVLAPLMTTIAQPQSFVPVWAIPYNGTTAFWAFQPYTAPSLNISATPISFFTSGDQKPSAMATTTSEITQSFTDFPINRHERKEFSF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026783`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026783

位置 Chr06:2838554-2839372 (-)

描述 Similar to TCP9: Transcription factor TCP9

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g45680`	转录因子 TCP9。	暂无已核实直接文献
`At5g51910`	转录因子 TCP19。	暂无已核实直接文献
`At1g69690`	转录因子，参与植物发育的调控。	TCP14 and TCP15 affect internode length and leaf shape in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04674.x The Arabidopsis O-linked N-acetylglucosamine transferase SPINDLY interacts with class I TCPs to facilitate cytokinin responses in leaves and flowers.2012 · DOI: 10.1105/tpc.111.093518 The Arabidopsis immune adaptor SRFR1 interacts with TCP transcription factors that redundantly contribute to effector-triggered immunity.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12527 The ubiquitin receptors DA1, DAR1, and DAR2 redundantly regulate endoreduplication by modulating the stability of TCP14/15 in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1105/tpc.114.132274 TCP15 modulates cytokinin and auxin responses during gynoecium development in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12992 Redox-Dependent Modulation of Anthocyanin Biosynthesis by the TCP Transcription Factor TCP15 during Exposure to High Light Intensity Conditions in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1104/pp.15.01016

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0544800`	转录激活剂。	DNA binding and dimerization specificity and potential targets for the TCP protein family.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01294.x PCF1 and PCF2 specifically bind to cis elements in the rice proliferating cell nuclear antigen gene.1997 · DOI: 10.1105/tpc.9.9.1607
`UniProt: A2YXQ1`	转录激活剂。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026783 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0008361 regulation of cell size 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0009735 response to cytokinin 生物过程

GO:0010229 inflorescence development 生物过程

GO:0031347 regulation of defense response 生物过程

GO:0031540 regulation of anthocyanin biosynthetic process 生物过程

GO:0042023 DNA endoreduplication 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G69690

ath:AT2G45680

ath:AT5G51910

dosa:Os08g0544800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.937

排名 1 · LXL04_026783 · OH-1004

细胞质0.188

排名 2 · LXL04_026783 · OH-1004

线粒体0.019

排名 3 · LXL04_026783 · OH-1004

细胞膜0.015

排名 4 · LXL04_026783 · OH-1004

内质网0.008

排名 5 · LXL04_026783 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03634.20TCP54-147 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026783	`PF03634.20`	TCP	54	147	1e-27	98.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O64647`	拟南芥	Transcription factor TCP9	57.754%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LT89`	拟南芥	Transcription factor TCP19	46.667%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C9L2`	拟南芥	Transcription factor TCP15	79.518%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6ZBH6`	水稻	Transcription factor PCF2	48.889%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A2YXQ1`	水稻	Transcription factor PCF2	48.889%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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