基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_026016
当前版本: OH-1004
染色体: Chr05
坐标: 119809326-119809823
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA498 bp · LXL04_026016|LXL04_026016|OH1004|cDNA
ATGATGACGCCAGCATCTTCCGAGTTCACCCGTCGTTTGCACACAGTCATCGCCACCCGCTCCCTTCTAAAAGCCCTTCTGACCACCACCTGTGCCATCTGCACCGACGATTACCTCCGCCAAGATGAGCTTGTGAGGCTACCAAACTGCCGCCACCTCTTCCACCGGAAGTGTATCCTCCCATGGTTCTCCAGAAACAACACCTGCCCCCTCTGCCGTCGTGTCTTCCCGGCGGAGCAGCCAAAGCGTTATACCTTGCC...
CDS
下载 CDS FASTA498 bp · LXL04_026016|LXL04_026016|OH1004|CDS
ATGATGACGCCAGCATCTTCCGAGTTCACCCGTCGTTTGCACACAGTCATCGCCACCCGCTCCCTTCTAAAAGCCCTTCTGACCACCACCTGTGCCATCTGCACCGACGATTACCTCCGCCAAGATGAGCTTGTGAGGCTACCAAACTGCCGCCACCTCTTCCACCGGAAGTGTATCCTCCCATGGTTCTCCAGAAACAACACCTGCCCCCTCTGCCGTCGTGTCTTCCCGGCGGAGCAGCCAAAGCGTTATACCTTGCC...
165 aa · LXL04_026016|LXL04_026016|OH1004|PROTEIN
MMTPASSEFTRRLHTVIATRSLLKALLTTTCAICTDDYLRQDELVRLPNCRHLFHRKCILPWFSRNNTCPLCRRVFPAEQPKRYTLPLRFQSVCFNRQERDTDHVFHLHFHLRSMPPSNPDDLWPPVGHLQQMLVEEGYPELATRACGPYWVSINRIQQSTAGSS
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_026016 |
|---|---|
| TK1151 ID | TkA06G031610 |
| OH-1004 ID | LXL04_026016 |
| 关系 / 置信度 | 跨参考版本对应关系 / Strict |
| 蛋白一致性 (%) | 97.600 |
| 蛋白覆盖度 (%) | TK1151 100.000 / OH-1004 100.000覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。 |
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_026016 |
|---|---|
| 位置 | Chr05:119809326-119809823 (-) |
| 描述 | Similar to At3g19950: E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like |
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 | |
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · |
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程 GO:0006893 Golgi to plasma membrane transport 生物过程 GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程 GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程 GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0034122 negative regulation of toll-like receptor signaling pathway 生物过程 GO:0034123 positive regulation of toll-like receptor signaling pathway 生物过程 GO:0034142 toll-like receptor 4 signaling pathway 生物过程 GO:0042059 negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway 生物过程 GO:0043162 ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway 生物过程 |
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT3G19950 ath:AT5G20910 hsa:27246 mmu:67845 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞核0.657
细胞质0.463
线粒体0.057
细胞膜0.037
内质网0.033
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF13639.13zf-RING_230-73 aaPF17123.12zf-RING_1131-59 aaPF00097.32zf-C3HC431-72 aaPF13923.13zf-C3HC4_231-72 aaPF13445.13zf-RING_UBOX31-70 aaPF14634.13zf-RING_531-74 aaPF12678.14zf-rbx133-73 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_026016 | PF13639.13 | zf-RING_2 | 30 | 73 | 6.9e-15 | 55.8 |
| LXL04_026016 | PF17123.12 | zf-RING_11 | 31 | 59 | 1.2e-08 | 35.2 |
| LXL04_026016 | PF00097.32 | zf-C3HC4 | 31 | 72 | 1.6e-08 | 35.0 |
| LXL04_026016 | PF13923.13 | zf-C3HC4_2 | 31 | 72 | 5.7e-08 | 33.1 |
| LXL04_026016 | PF13445.13 | zf-RING_UBOX | 31 | 70 | 1.3e-06 | 29.0 |
| LXL04_026016 | PF14634.13 | zf-RING_5 | 31 | 74 | 6.6e-06 | 26.7 |
| LXL04_026016 | PF12678.14 | zf-rbx1 | 33 | 73 | 2.6e-07 | 31.5 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。