TkA06G031610 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G031610

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 8592630-8593121 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

492 bp · TkA06G031610|TK1151|cDNA

ATGATGACGCCAGCATCTTCCGAGTTCACCCGTCGTTTGCACACAGTCATCGCCACCCGCTCCCTTCTAAAAGCCCTTCTGACCACCACCTGTGCCATCTGCACCGACGATTACCTCCGCCAAGATGAGCTTGTGAGGCTACCAAACTGCCGCCACCTCTTCCACCGGAAGTGTATATGGTTCTCCAGAAACAACACCTGCCCCCTCTGCCGTCGTGTCTTCCCGGCAGAGCAGCCAAAGCGTTATACCGTGCCGTTAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

492 bp · TkA06G031610|TK1151|CDS

ATGATGACGCCAGCATCTTCCGAGTTCACCCGTCGTTTGCACACAGTCATCGCCACCCGCTCCCTTCTAAAAGCCCTTCTGACCACCACCTGTGCCATCTGCACCGACGATTACCTCCGCCAAGATGAGCTTGTGAGGCTACCAAACTGCCGCCACCTCTTCCACCGGAAGTGTATATGGTTCTCCAGAAACAACACCTGCCCCCTCTGCCGTCGTGTCTTCCCGGCAGAGCAGCCAAAGCGTTATACCGTGCCGTTAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

163 aa · TkA06G031610|TK1151|PROTEIN

MMTPASSEFTRRLHTVIATRSLLKALLTTTCAICTDDYLRQDELVRLPNCRHLFHRKCIWFSRNNTCPLCRRVFPAEQPKRYTVPLRFQSVCFNRQERDTDHVFHLHFHLRSMPPSNPDDLWPPVGHLQQVLVEEGYPELATRACGPYWVSINRIQQSTAGSS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G031610`
TK1151 ID	TkA06G031610
OH-1004 ID	LXL04_026016
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G031610

位置 Chr06:8592630-8593121 (+)

描述 Similar to At3g19950: E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g61550`	RING-H2指蛋白 ATL68。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026016 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006893 Golgi to plasma membrane transport 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0034122 negative regulation of toll-like receptor signaling pathway 生物过程

GO:0034123 positive regulation of toll-like receptor signaling pathway 生物过程

GO:0034142 toll-like receptor 4 signaling pathway 生物过程

GO:0042059 negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway 生物过程

GO:0043162 ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G19950

ath:AT5G20910

hsa:27246

mmu:67845

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.654

排名 1 · TkA06G031610 · TK1151

细胞质0.444

排名 2 · TkA06G031610 · TK1151

线粒体0.062

排名 3 · TkA06G031610 · TK1151

细胞膜0.037

排名 4 · TkA06G031610 · TK1151

内质网0.035

排名 5 · TkA06G031610 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07803GSG-114-63 aa

PF14569zf-UDP24-74 aa

PF17120zf-RING_1628-68 aa

PF13901RH_dom29-72 aa

PF14446Prok-RING_129-59 aa

PF13920zf-C3HC4_329-72 aa

PF23475zf-Tbcl_FmdE29-38 aa

PF13639zf-RING_230-71 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G031610	`PF07803`	GSG-1	14	63	0.074	13.6
TkA06G031610	`PF14569`	zf-UDP	24	74	0.068	14.0
TkA06G031610	`PF17120`	zf-RING_16	28	68	0.056	13.8
TkA06G031610	`PF13901`	RH_dom	29	72	0.0025	18.4
TkA06G031610	`PF14446`	Prok-RING_1	29	59	0.0033	18.3
TkA06G031610	`PF13920`	zf-C3HC4_3	29	72	0.0033	17.9
TkA06G031610	`PF23475`	zf-Tbcl_FmdE	29	38	0.08	13.1
TkA06G031610	`PF13639`	zf-RING_2	30	71	4.3e-13	50.0
TkA06G031610	`PF14835`	zf-RING_6	30	71	0.022	15.3
TkA06G031610	`PF27108`	PHD_Pygo	30	62	0.27	12.1
TkA06G031610	`PF26037`	zf-RING_DCST1_C	30	72	0.36	11.6
TkA06G031610	`PF21533`	EHMT1-2_CRR	30	71	0.5	11.5
TkA06G031610	`PF23413`	zf_RING_Vps8_fungal	30	36	1.2	9.2
TkA06G031610	`PF17123`	zf-RING_11	31	59	1.2e-08	35.2
TkA06G031610	`PF13445`	zf-RING_UBOX	31	68	6.6e-07	29.9
TkA06G031610	`PF00097`	zf-C3HC4	31	70	2e-05	25.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M313`	拟南芥	sp\|Q9M313\|ATL68_ARATH RING-H2 finger protein ATL68	42.200%	Swiss-Prot	低置信

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