LXL04_020167 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_020167

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 54661079-54664881 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2826 bp · LXL04_020167|LXL04_020167|OH1004|cDNA

ATGACAGTAAGGAGTGCTCCTGGTACACCGGCTTCAAAAATTGAAAGAACACCCATATCAACACCTGGAGGGTCAAGAGTCCGGGAAGAGAAAATTGTTGTAACTGTACGATTGAGACCTCTAAATAAAAGGGAACAACTGGCCAAAGATAACGTATCATGGGAATGCATTGATGATCATTCAATTGTATATAAACCACAATCTCAGGAGCGTGTCCATCAACCATCTTCCTTTACATTTGATAAAGTCTTTGGCCCTAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2826 bp · LXL04_020167|LXL04_020167|OH1004|CDS

ATGACAGTAAGGAGTGCTCCTGGTACACCGGCTTCAAAAATTGAAAGAACACCCATATCAACACCTGGAGGGTCAAGAGTCCGGGAAGAGAAAATTGTTGTAACTGTACGATTGAGACCTCTAAATAAAAGGGAACAACTGGCCAAAGATAACGTATCATGGGAATGCATTGATGATCATTCAATTGTATATAAACCACAATCTCAGGAGCGTGTCCATCAACCATCTTCCTTTACATTTGATAAAGTCTTTGGCCCTAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

941 aa · LXL04_020167|LXL04_020167|OH1004|PROTEIN

MTVRSAPGTPASKIERTPISTPGGSRVREEKIVVTVRLRPLNKREQLAKDNVSWECIDDHSIVYKPQSQERVHQPSSFTFDKVFGPTTVTETVYEDGVKTVALSALMGINATIFAYGQTSSGKTYTMRGITEKAVNDIYQHIMRTPERDFRIKISGLEIYNENVRDLLNSESGRNLKLLDDPEKGTVVEKLVEETATDDQHLRSLINICEAQRQVGETALNDTSSRSHQIIRLTIESTLRETSDCVRSFVSSLNFVDLAG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_020167`
TK1151 ID	TkAUNG073030
OH-1004 ID	LXL04_020167
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_020167

位置 Chr04:54661079-54664881 (-)

描述 Similar to NACK1: Kinesin-like protein NACK1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g18370`	可能的端向动力蛋白，在 NACK-PQR (ANP1-MKK6-MPK4) MAP 激酶信号通路中发挥作用，该通路对体细胞细胞质分裂至关重要，特别是对细胞板的形成及其扩展。	Expansion of the cell plate in plant cytokinesis requires a kinesin-like protein/MAPKKK complex.2002 · DOI: 10.1016/s0092-8674(02)00691-8 The AtNACK1/HINKEL and STUD/TETRASPORE/AtNACK2 genes, which encode functionally redundant kinesins, are essential for cytokinesis in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-2443.2004.00798.x Arabidopsis kinesins HINKEL and TETRASPORE act redundantly to control cell plate expansion during cytokinesis in the male gametophyte.2008 · DOI: 10.1093/mp/ssn042 HINKEL kinesin, ANP MAPKKKs and MKK6/ANQ MAPKK, which phosphorylates and activates MPK4 MAPK, constitute a pathway that is required for cytokinesis in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1093/pcp/pcq135 Phosphorylation of a mitotic kinesin-like protein and a MAPKKK by cyclin-dependent kinases (CDKs) is involved in the transition to cytokinesis in plants.2011 · DOI: 10.1073/pnas.1110174108
`At3g43210`	可能是朝微管正端运动的马达蛋白，作用于NACK-PQR（ANP3-MKK6-MPK4）MAP激酶信号通路；该通路对体细胞胞质分裂，尤其是细胞板的形成和扩展必不可少。	The AtNACK1/HINKEL and STUD/TETRASPORE/AtNACK2 genes, which encode functionally redundant kinesins, are essential for cytokinesis in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-2443.2004.00798.x Arabidopsis kinesins HINKEL and TETRASPORE act redundantly to control cell plate expansion during cytokinesis in the male gametophyte.2008 · DOI: 10.1093/mp/ssn042 HINKEL kinesin, ANP MAPKKKs and MKK6/ANQ MAPKK, which phosphorylates and activates MPK4 MAPK, constitute a pathway that is required for cytokinesis in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1093/pcp/pcq135 AtMPK4 is required for male-specific meiotic cytokinesis in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04642.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0513900`	可能对于促进节间分化过程中胞质分裂的进展至关重要。	The rice mutant dwarf bamboo shoot 1: a leaky mutant of the NACK-type kinesin-like gene can initiate organ primordia but not organ development.2005 · DOI: 10.1093/pcp/pci206

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020167 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000911 cytokinesis by cell plate formation 生物过程

GO:0000919 cell plate assembly 生物过程

GO:0007018 microtubule-based movement 生物过程

GO:0007112 male meiosis cytokinesis 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009558 embryo sac cellularization 生物过程

GO:0010245 radial microtubular system formation 生物过程

GO:0048229 gametophyte development 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005874 microtubule 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G18370

ath:AT3G43210

dosa:Os01g0513900

nta:107775653

nta:107780313

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.697

排名 1 · LXL04_020167 · OH-1004

细胞核0.269

排名 2 · LXL04_020167 · OH-1004

细胞膜0.095

排名 3 · LXL04_020167 · OH-1004

线粒体0.054

排名 4 · LXL04_020167 · OH-1004

高尔基体0.054

排名 5 · LXL04_020167 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16796.12Microtub_bd32-168 aa

PF00225.30Kinesin37-353 aa

PF11995.14DUF3490759-921 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_020167	`PF16796.12`	Microtub_bd	32	168	3.3e-22	79.8
LXL04_020167	`PF00225.30`	Kinesin	37	353	6.1e-102	341.7
LXL04_020167	`PF11995.14`	DUF3490	759	921	2e-67	226.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8S905`	拟南芥	Kinesin-like protein KIN-7A	74.359%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8LNZ2`	拟南芥	Kinesin-like protein KIN-7B	56.746%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9AWM8`	水稻	Kinesin-like protein KIN-7A	64.330%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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