LXL04_005983 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005983

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 176623402-176624354 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

615 bp · LXL04_005983|LXL04_005983|OH1004|cDNA

ATGTCAGATTCCCATTCCCATTCCCGTTCCAAATCCATATCCCTACCCCCTCGTCTCTCGTCTTCTCACGAACACCATCGAAAATtcaaaatggtgtgcatacGCAAGGCAACAATGGATGACCTGTTTGCAATGCAGGCCTGCAACCTCTTCTGTCTCCCTGAGAACTACCAAATGAAATACTACTTCTATCACATCCTCTCTTGGCCCCAGCTCCTCCACGTCGCTGAGGATTACGGCGGCAAGATCGTTGGATACGT...

CDS

下载 CDS FASTA

615 bp · LXL04_005983|LXL04_005983|OH1004|CDS

ATGTCAGATTCCCATTCCCATTCCCGTTCCAAATCCATATCCCTACCCCCTCGTCTCTCGTCTTCTCACGAACACCATCGAAAATTCAAAATGGTGTGCATACGCAAGGCAACAATGGATGACCTGTTTGCAATGCAGGCCTGCAACCTCTTCTGTCTCCCTGAGAACTACCAAATGAAATACTACTTCTATCACATCCTCTCTTGGCCCCAGCTCCTCCACGTCGCTGAGGATTACGGCGGCAAGATCGTTGGATACGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

204 aa · LXL04_005983|LXL04_005983|OH1004|PROTEIN

MSDSHSHSRSKSISLPPRLSSSHEHHRKFKMVCIRKATMDDLFAMQACNLFCLPENYQMKYYFYHILSWPQLLHVAEDYGGKIVGYVLAKMEEETTECHGHITSLAVLRTHRKLGLATKLMTASQNAMEQVFGAEYVSLHVRKSNRAAFHLYTETLGYKIHDIEAKYYADGEDAYDMRKQLKGKHQHLHHHHAGGCCSGDAKTE

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005983`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005983

位置 Chr01:176623402-176624354 (-)

描述 Similar to NAA10: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit NAA10

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g13780`	NatA N-α-乙酰转移酶复合物的催化亚基。	Protein N-terminal acetylation is required for embryogenesis in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1093/jxb/erw257 NatA is required for suspensor development in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1080/15592324.2016.1231293

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005983 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006474 N-terminal protein amino acid acetylation 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0051604 protein maturation 生物过程

GO:1904592 positive regulation of protein refolding 生物过程

GO:2000719 negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, centromeric 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005813 centrosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G13780

bta:613636

hsa:8260

mmu:56292

mmu:97243

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.579

排名 1 · LXL04_005983 · OH-1004

细胞质0.575

排名 2 · LXL04_005983 · OH-1004

细胞膜0.100

排名 3 · LXL04_005983 · OH-1004

线粒体0.064

排名 4 · LXL04_005983 · OH-1004

内质网0.040

排名 5 · LXL04_005983 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00583.32Acetyltransf_151-158 aa

PF13673.14Acetyltransf_1073-181 aa

PF13508.14Acetyltransf_773-159 aa

PF08445.17FR4798-161 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005983	`PF00583.32`	Acetyltransf_1	51	158	1.6e-18	67.8
LXL04_005983	`PF13673.14`	Acetyltransf_10	73	181	1.6e-09	38.5
LXL04_005983	`PF13508.14`	Acetyltransf_7	73	159	1.8e-09	38.6
LXL04_005983	`PF08445.17`	FR47	98	161	7.6e-06	26.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FKI4`	拟南芥	N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit NAA10	83.146%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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