LXL04_005969 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005969

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 176496236-176499217 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1905 bp · LXL04_005969|LXL04_005969|OH1004|cDNA

ATGGCCATGGCCCTCCACTCTGTGGTTCCAAATTCTGAAAAcatcaccaccaccatcaccgCCGCTCCCGCTAATCAGGACCATGGCCATCAGCACACGGCCTTATACCCTATAACTCTAAAGTTTGAAGACGTCGTTTATAAAGTTAAACTTGAACAAAAAGGTTCAAGAGAGAAGACGATACTAAATGGGGTAACAGGTACGGTTTGTCCAGGAGAGATACTAGCAATGTTGGGTCCATCAGGAAGTGGTAAAACCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1905 bp · LXL04_005969|LXL04_005969|OH1004|CDS

ATGGCCATGGCCCTCCACTCTGTGGTTCCAAATTCTGAAAACATCACCACCACCATCACCGCCGCTCCCGCTAATCAGGACCATGGCCATCAGCACACGGCCTTATACCCTATAACTCTAAAGTTTGAAGACGTCGTTTATAAAGTTAAACTTGAACAAAAAGGTTCAAGAGAGAAGACGATACTAAATGGGGTAACAGGTACGGTTTGTCCAGGAGAGATACTAGCAATGTTGGGTCCATCAGGAAGTGGTAAAACCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

634 aa · LXL04_005969|LXL04_005969|OH1004|PROTEIN

MAMALHSVVPNSENITTTITAAPANQDHGHQHTALYPITLKFEDVVYKVKLEQKGSREKTILNGVTGTVCPGEILAMLGPSGSGKTTLLTALGGRLTGKLSGKITYNSHPFSGPTKRKTGFVTQDDVLYPHLTVNETLLFTAMLRLPKTLTQVEKVHQVARVIAELGLTRCQNSMIGGPLFRGISGGEKKRVSIGQEMLINPSLLLLDEPTSGLDSTTAHRILTMVKRLASGGRTVVTTIHQPSSRIYHMFDKVILLSEG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005969`
TK1151 ID	TkA01G003760
OH-1004 ID	LXL04_005969
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005969

位置 Chr01:176496236-176499217 (-)

描述 Similar to ABCG14: ABC transporter G family member 14

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g31770`	植物生长的正调节剂，充当外排泵，参与主要的根到芽长距离细胞分裂素通过木质部汁液的运输。	ABCG9, ABCG11 and ABCG14 ABC transporters are required for vascular development in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12334 Arabidopsis ABCG14 protein controls the acropetal translocation of root-synthesized cytokinins.2014 · DOI: 10.1038/ncomms4274 Arabidopsis ABCG14 is essential for the root-to-shoot translocation of cytokinin.2014 · DOI: 10.1073/pnas.1321519111 Cytokinin Response Factor 6 Represses Cytokinin-Associated Genes during Oxidative Stress.2016 · DOI: 10.1104/pp.16.00415 A Role of Cytokinin Transporter in Arabidopsis Immunity.2017 · DOI: 10.1094/mpmi-01-17-0011-r
`At3g25620`	ABC 转运蛋白 G 家族成员 21。	暂无已核实直接文献
`At4g27420`	与 ABCG31 一起参与花粉适应性所需的甾醇糖苷的花粉外衣沉积。	ABCG9, ABCG11 and ABCG14 ABC transporters are required for vascular development in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12334 The role of Arabidopsis ABCG9 and ABCG31 ATP binding cassette transporters in pollen fitness and the deposition of steryl glycosides on the pollen coat.2014 · DOI: 10.1105/tpc.113.118935
`At5g06530`	ABC 转运蛋白 G 家族成员 22。	暂无已核实直接文献
`At3g52310`	ABC转运蛋白G家族成员27。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005969 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009736 cytokinin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010115 regulation of abscisic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0010148 transpiration 生物过程

GO:0010184 cytokinin transport 生物过程

GO:0010208 pollen wall assembly 生物过程

GO:0010222 stem vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0010588 cotyledon vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0042542 response to hydrogen peroxide 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0140115 export across plasma membrane 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G31770

ath:AT3G25620

ath:AT4G27420

ath:AT5G06530

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.636

排名 1 · LXL04_005969 · OH-1004

细胞质0.154

排名 2 · LXL04_005969 · OH-1004

溶酶体／液泡0.124

排名 3 · LXL04_005969 · OH-1004

内质网0.117

排名 4 · LXL04_005969 · OH-1004

高尔基体0.075

排名 5 · LXL04_005969 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00005.34ABC_tran62-212 aa

PF13304.13AAA_21202-239 aa

PF19055.7ABC2_membrane_7241-300 aa

PF01061.30ABC2_membrane372-578 aa

PF12698.14ABC2_membrane_3423-626 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005969	`PF00005.34`	ABC_tran	62	212	6.1e-27	95.6
LXL04_005969	`PF13304.13`	AAA_21	202	239	3.8e-08	34.4
LXL04_005969	`PF19055.7`	ABC2_membrane_7	241	300	1.2e-13	51.5
LXL04_005969	`PF01061.30`	ABC2_membrane	372	578	7.6e-44	150.5
LXL04_005969	`PF12698.14`	ABC2_membrane_3	423	626	7.8e-07	29.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C6W5`	拟南芥	ABC transporter G family member 14	72.555%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XA72`	拟南芥	ABC transporter G family member 21	58.766%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SZR9`	拟南芥	ABC transporter G family member 9	53.409%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q93YS4`	拟南芥	ABC transporter G family member 22	49.221%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FT51`	拟南芥	ABC transporter G family member 27	48.666%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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