LXL04_005248 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005248

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 158888329-158892117 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1662 bp · LXL04_005248|LXL04_005248|OH1004|cDNA

ATGGCATCTTTGATTTCAATGTCCATCGTAAAAAACTATGGTTTTCCGCCACGTCAGGAGGTTTCCCGAGATTCTAGGATTTCACCCATATTTGGGATGCCTAGGGTTTCTACAAAGAAAACTAGAACGTTGACTGTGAATGTGGCCACCGATTTGCCAGGGATTCAATCTCCGGTTGAGGACAAAGTGGTAGTAGATGACCGGAAACTAGTGGCATGGAAAAGTGTTCGGCAAGAGCGGTGGGAAGGAGAGCTTGTTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1662 bp · LXL04_005248|LXL04_005248|OH1004|CDS

ATGGCATCTTTGATTTCAATGTCCATCGTAAAAAACTATGGTTTTCCGCCACGTCAGGAGGTTTCCCGAGATTCTAGGATTTCACCCATATTTGGGATGCCTAGGGTTTCTACAAAGAAAACTAGAACGTTGACTGTGAATGTGGCCACCGATTTGCCAGGGATTCAATCTCCGGTTGAGGACAAAGTGGTAGTAGATGACCGGAAACTAGTGGCATGGAAAAGTGTTCGGCAAGAGCGGTGGGAAGGAGAGCTTGTTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

553 aa · LXL04_005248|LXL04_005248|OH1004|PROTEIN

MASLISMSIVKNYGFPPRQEVSRDSRISPIFGMPRVSTKKTRTLTVNVATDLPGIQSPVEDKVVVDDRKLVAWKSVRQERWEGELVVEGEIPKWLSGTYLRNGPGLWHVGDYDFRHLFDGYATLVGLHFNNGHLTMGHRQIESDAYKAAKNSNKLCYREFSETPKHDNFLAYIGDLANLFSGASLTDNANTGVVKLADGRVVCLTETIKGSIVVDPNTLDTLEKFEYTDSLGGLIHSAHPIVTDSEFITLLPDLINPGYI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005248`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005248

位置 Chr01:158888329-158892117 (+)

描述 Similar to CCD8B: Carotenoid cleavage dioxygenase 8 homolog B, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g32810`	可能通过裂解 CCD7 产生的 C₂₇ 类胡萝卜素衍生物，参与独脚金内酯生物合成。	MAX4 and RMS1 are orthologous dioxygenase-like genes that regulate shoot branching in Arabidopsis and pea.2003 · DOI: 10.1101/gad.256603 The biochemical characterization of two carotenoid cleavage enzymes from Arabidopsis indicates that a carotenoid-derived compound inhibits lateral branching.2004 · DOI: 10.1074/jbc.m409004200 Characterization of three members of the Arabidopsis carotenoid cleavage dioxygenase family demonstrates the divergent roles of this multifunctional enzyme family.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02666.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0746400`	通过切割CCD7产生的C(27) 9-顺式-10′-阿朴-β-胡萝卜素醛，参与独脚金内酯生物合成。	暂无已核实直接文献
`Os01g0566500`	可能参与独脚金内酯生物合成。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005248 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001523 retinoid metabolic process 生物过程

GO:0009635 response to herbicide 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009926 auxin polar transport 生物过程

GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程

GO:0010223 secondary shoot formation 生物过程

GO:0016121 carotene catabolic process 生物过程

GO:0016124 xanthophyll catabolic process 生物过程

GO:0042572 retinol metabolic process 生物过程

GO:0042574 retinal metabolic process 生物过程

GO:1901601 strigolactone biosynthetic process 生物过程

GO:1901810 beta-carotene metabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ag:CAO85888

ath:AT4G32810

dosa:Os01g0566500

dosa:Os01g0746400

mmu:63857

osa:4327933

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.979

排名 1 · LXL04_005248 · OH-1004

线粒体0.038

排名 2 · LXL04_005248 · OH-1004

细胞质0.021

排名 3 · LXL04_005248 · OH-1004

过氧化物酶体0.019

排名 4 · LXL04_005248 · OH-1004

细胞膜0.018

排名 5 · LXL04_005248 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03055.22RPE6575-551 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005248	`PF03055.22`	RPE65	75	551	1.3e-99	335.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VY26`	拟南芥	Carotenoid cleavage dioxygenase 8, chloroplastic	63.774%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8LIY8`	水稻	Carotenoid cleavage dioxygenase 8 homolog B, chloroplastic	77.938%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q93VD5`	水稻	Carotenoid cleavage dioxygenase 8 homolog A, chloroplastic	63.860%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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