LXL04_001700 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001700

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 31528832-31532740 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1131 bp · LXL04_001700|LXL04_001700|OH1004|cDNA

ATGTCTGTTGCCGAGCTAAAAGAGAGGCACATGGCTGCTACAGAAACTCTGAATTCTCTCAGGGAACGATTAAAAGAAAGACGACTTCAACTTCTCGATACAGACGTGGCGGGTTATGCAAGAGCACAAGGTAAGACTGCGGTTGCTCTCGGCCCGATGGATCTAGTTTGTTGTCGGATTTTACAGGGACACACTGGCAAGGTATATTCACTAGACTGGACACCCGAAAAGAACCGCATAGTAAGCGCATCACAAGACGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1131 bp · LXL04_001700|LXL04_001700|OH1004|CDS

ATGTCTGTTGCCGAGCTAAAAGAGAGGCACATGGCTGCTACAGAAACTCTGAATTCTCTCAGGGAACGATTAAAAGAAAGACGACTTCAACTTCTCGATACAGACGTGGCGGGTTATGCAAGAGCACAAGGTAAGACTGCGGTTGCTCTCGGCCCGATGGATCTAGTTTGTTGTCGGATTTTACAGGGACACACTGGCAAGGTATATTCACTAGACTGGACACCCGAAAAGAACCGCATAGTAAGCGCATCACAAGACGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

376 aa · LXL04_001700|LXL04_001700|OH1004|PROTEIN

MSVAELKERHMAATETLNSLRERLKERRLQLLDTDVAGYARAQGKTAVALGPMDLVCCRILQGHTGKVYSLDWTPEKNRIVSASQDGRLIVWNALTSQKTHAIKLPCAWVMTCAFSPTGQSVACGGLDSICSIFNLSSPLDKDGNIPVSRTLTGHKGYVSACQYLPDDDSRLITASGDQTCVLWDISTGLRASVFGGEFQSGHTADVLSVSINGANSRVFVSGSCDGTARLWDMRVASRAVRTFHGHDGDVNSVRFFPDG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001700`
TK1151 ID	TkA01G518240
OH-1004 ID	LXL04_001700
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 70.745 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_001700`
位置	Chr01:31528832-31532740 (-)
描述	Similar to Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_001700` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0007165 signal transduction 生物过程 GO:0007186 G protein-coupled receptor signaling pathway 生物过程 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分 GO:0005834 heterotrimeric G-protein complex 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0030159 signaling receptor complex adaptor activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	nta:107760597 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.511

排名 1 · LXL04_001700 · OH-1004

细胞核0.425

排名 2 · LXL04_001700 · OH-1004

溶酶体／液泡0.087

排名 3 · LXL04_001700 · OH-1004

细胞膜0.069

排名 4 · LXL04_001700 · OH-1004

高尔基体0.061

排名 5 · LXL04_001700 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24797.2Beta-prop_WDR35_TULP_N44-96 aa

PF25391.2WD40_Gbeta49-367 aa

PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR156-138 aa

PF00400.39WD4057-93 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR557-137 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz57-189 aa

PF25168.2Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd57-130 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd57-135 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001700	`PF24797.2`	Beta-prop_WDR35_TULP_N	44	96	8.3e-09	35.7
LXL04_001700	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	49	367	4.5e-103	345.5
LXL04_001700	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	56	138	9.1e-28	98.0
LXL04_001700	`PF00400.39`	WD40	57	93	3.9e-53	176.3
LXL04_001700	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	57	137	1.4e-51	176.2
LXL04_001700	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	57	189	5.3e-34	118.6
LXL04_001700	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	57	130	1.1e-21	78.3
LXL04_001700	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	57	135	3.4e-20	73.2
LXL04_001700	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	59	137	1.9e-43	149.1
LXL04_001700	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	59	128	3.3e-43	148.7
LXL04_001700	`PF30552.1`	CFAP251_N	59	304	1.2e-07	31.9
LXL04_001700	`PF24814.2`	WD40_Prp19	60	138	1.3e-38	133.4
LXL04_001700	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	60	104	5.3e-31	108.6
LXL04_001700	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	61	136	1.2e-48	166.2
LXL04_001700	`PF24805.2`	EIF3I	61	123	5.2e-26	92.3
LXL04_001700	`PF23775.2`	Beta-prop_RIG_2nd	61	126	1.7e-11	44.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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