LXL04_000625 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000625

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 11337750-11340312 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1695 bp · LXL04_000625|LXL04_000625|OH1004|cDNA

ATGCCGGCTCGAGCAAGACGAACGTTGTTCCCGGAGGTAGTTATTGAGAGGGACTCTGACACCGAGAAAAGTTCAGACGATGAAGAAGAGGTAGAAGACGACGTCGTTGAGTCAGATGATCAAGAAGAAGACGAAGTAGAGGTCGATGCGCGAAAAGTTAAAGAGGCTGAAGTTTCGTCTCCAGCCAATAAGAAGGGGAAGGCGCATATTACTATCAGTCTTAAGAAAGTCTGCAAGGTCTGTAAGAGAACGGGTCATCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1695 bp · LXL04_000625|LXL04_000625|OH1004|CDS

ATGCCGGCTCGAGCAAGACGAACGTTGTTCCCGGAGGTAGTTATTGAGAGGGACTCTGACACCGAGAAAAGTTCAGACGATGAAGAAGAGGTAGAAGACGACGTCGTTGAGTCAGATGATCAAGAAGAAGACGAAGTAGAGGTCGATGCGCGAAAAGTTAAAGAGGCTGAAGTTTCGTCTCCAGCCAATAAGAAGGGGAAGGCGCATATTACTATCAGTCTTAAGAAAGTCTGCAAGGTCTGTAAGAGAACGGGTCATCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

564 aa · LXL04_000625|LXL04_000625|OH1004|PROTEIN

MPARARRTLFPEVVIERDSDTEKSSDDEEEVEDDVVESDDQEEDEVEVDARKVKEAEVSSPANKKGKAHITISLKKVCKVCKRTGHQAGFQGPTYIDCPMKPCFLCKLPGHTTVDCPHRAAMEFGVIPASRKRTNNSLDYVFERQVRHRVPSIKPEFVIPDEVNCAVIRYHSRRVTCLEFHPTNNNILLSGDKKGQLGVWDFGKVHEKTVYSNIHTCLLNNMKFSPANDGTVYAASSDGTMSSTDLETGLSTPLLDLNPN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000625`
TK1151 ID	TkA01G598790
OH-1004 ID	LXL04_000625
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.730 / OH-1004 92.730 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000625

位置 Chr01:11337750-11340312 (+)

描述 Similar to DDB2: Protein DAMAGED DNA-BINDING 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g58760`	可能作为DCX（DDB1-CUL4-X盒）E3泛素蛋白连接酶复合物的底物识别模块，包括DDB1A和CUL4（通过相似性）。	Regulation and role of Arabidopsis CUL4-DDB1A-DDB2 in maintaining genome integrity upon UV stress.2008 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1000093 The DDB1a interacting proteins ATCSA-1 and DDB2 are critical factors for UV-B tolerance and genomic integrity in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04157.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0141700`	参与DNA修复所必需。	Rice UV-damaged DNA binding protein homologues are most abundant in proliferating tissues.2003 · DOI: 10.1016/s0378-1119(03)00447-5

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000625 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0009411 response to UV 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0034644 cellular response to UV 生物过程

GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程

GO:0070914 UV-damage excision repair 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0031464 Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G58760

bta:519357

dosa:Os01g0141700

gga:423185

osa:4325482

xtr:493565

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.869

排名 1 · LXL04_000625 · OH-1004

细胞质0.193

排名 2 · LXL04_000625 · OH-1004

细胞膜0.031

排名 3 · LXL04_000625 · OH-1004

线粒体0.022

排名 4 · LXL04_000625 · OH-1004

内质网0.017

排名 5 · LXL04_000625 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24814.2WD40_Prp19165-249 aa

PF23775.2Beta-prop_RIG_2nd166-235 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3167-407 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st167-249 aa

PF29630.1ASA1167-208 aa

PF25171.2Beta-prop_WDR36-Utp21_1st170-228 aa

PF23609.2Beta-prop_EIPR1171-241 aa

PF24796.2WDR55173-387 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000625	`PF24814.2`	WD40_Prp19	165	249	2.6e-15	57.0
LXL04_000625	`PF23775.2`	Beta-prop_RIG_2nd	166	235	1.2e-11	45.3
LXL04_000625	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	167	407	2.6e-23	83.1
LXL04_000625	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	167	249	4.4e-13	50.0
LXL04_000625	`PF29630.1`	ASA1	167	208	4.6e-07	29.8
LXL04_000625	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	170	228	2.2e-08	34.6
LXL04_000625	`PF23609.2`	Beta-prop_EIPR1	171	241	1.1e-14	55.3
LXL04_000625	`PF24796.2`	WDR55	173	387	7.1e-09	35.9
LXL04_000625	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	277	391	2.9e-16	60.3
LXL04_000625	`PF23775.2`	Beta-prop_RIG_2nd	280	387	1.2e-11	45.3
LXL04_000625	`PF23609.2`	Beta-prop_EIPR1	281	386	1.1e-14	55.3
LXL04_000625	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	310	389	2.6e-23	83.1
LXL04_000625	`PF24814.2`	WD40_Prp19	315	388	2.6e-15	57.0
LXL04_000625	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	325	391	5.6e-15	56.1
LXL04_000625	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	327	387	4.4e-13	50.0
LXL04_000625	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	328	387	1.6e-13	51.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6NQ88`	拟南芥	Protein DAMAGED DNA-BINDING 2	68.164%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84KJ3`	水稻	DNA damage-binding protein 2	66.383%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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