TkAUNG095330 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG095330

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 26959386-26962214 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2258 bp · TkAUNG095330|TK1151|cDNA

TGTGAACGTATTATTCGCCAAAGAAAAATAATTTGCTTGTTTGTAATTGTGTTTATAGAAACAGGTAGGCGCCTCGCCTCTATCCTACCGATGGGGGTAGTCGACATGAGTCTTATCCAACAGAGTTCTCCCCTCCACCACGTTGCCGCCCTTCGCATCCCCATTTCCACCATCACCGTCGCCTCCGTCGCATTCATCCGCCGCATCCCGCCACCCATATCCGCCTCCTCTCTGCACAATCCCCACTCCCAACAAGACAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1965 bp · TkAUNG095330|TK1151|CDS

ATGGGGGTAGTCGACATGAGTCTTATCCAACAGAGTTCTCCCCTCCACCACGTTGCCGCCCTTCGCATCCCCATTTCCACCATCACCGTCGCCTCCGTCGCATTCATCCGCCGCATCCCGCCACCCATATCCGCCTCCTCTCTGCACAATCCCCACTCCCAACAAGACACTAGTCAAAATTCTAACCCCACAATCACTTCAACCAACCAAGATAAAATTCTCCGCACACACAACGCAAAATCCACCTCCCTCCTCTTTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

654 aa · TkAUNG095330|TK1151|PROTEIN

MGVVDMSLIQQSSPLHHVAALRIPISTITVASVAFIRRIPPPISASSLHNPHSQQDTSQNSNPTITSTNQDKILRTHNAKSTSLLFSTDKTLSPNSNGYDYEEISKLLELSMAKKRTPQFPGSIYVQSPDDIDVNSSLPEIKEVFNGENDDYHYEVIMRALEIRREVTLKILKEAMRKGKFGITYSTNLASRLFPEFVDYVMIQAASMKQLPEYTNSSFNVRAKACIESSNVVPLIRWLKHNGLSYPQIGKLICNSRGNI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG095330`
TK1151 ID	TkAUNG095330
OH-1004 ID	LXL04_037008
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	27.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 23.394 / OH-1004 16.892 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG095330

位置 ChrUn:26959386-26962214 (-)

描述 Similar to MTERF4: Transcription termination factor MTERF4, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g21710`	参与质体转录本加工的转录终止因子（通过相似性）。	暂无已核实直接文献
`At4g02990`	质体转录物处理和稳态水平所需的转录终止因子。	暂无已核实直接文献
`At2g36000`	转录终止因子，参与叶绿体基因表达和叶绿体蛋白合成。	Arabidopsis Seedling Lethal 1 Interacting With Plastid-Encoded RNA Polymerase Complex Proteins Is Essential for Chloroplast Development.2020 · DOI: 10.3389/fpls.2020.602782

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0404000`	质体转录物处理和稳态水平所需的转录终止因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037008 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000460 maturation of 5.8S rRNA 生物过程

GO:0000467 exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0000956 nuclear-transcribed mRNA catabolic process 生物过程

GO:0006353 DNA-templated transcription termination 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0032502 developmental process 生物过程

GO:0034475 U4 snRNA 3'-end processing 生物过程

GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程

GO:0042793 plastid transcription 生物过程

GO:0042794 plastid rRNA transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G03360

ath:AT4G02990

dosa:Os05g0404000

spo:2541813

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.858

排名 1 · TkAUNG095330 · TK1151

线粒体0.105

排名 2 · TkAUNG095330 · TK1151

细胞核0.052

排名 3 · TkAUNG095330 · TK1151

细胞质0.025

排名 4 · TkAUNG095330 · TK1151

细胞膜0.012

排名 5 · TkAUNG095330 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10030DUF2272197-263 aa

PF04695Pex14_N236-252 aa

PF02536mTERF253-379 aa

PF04695Pex14_N288-299 aa

PF02536mTERF344-610 aa

PF04695Pex14_N372-392 aa

PF04695Pex14_N483-500 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG095330	`PF10030`	DUF2272	197	263	0.11	13.0
TkAUNG095330	`PF04695`	Pex14_N	236	252	0.11	12.9
TkAUNG095330	`PF02536`	mTERF	253	379	4.5e-70	236.8
TkAUNG095330	`PF04695`	Pex14_N	288	299	0.11	12.9
TkAUNG095330	`PF02536`	mTERF	344	610	4.5e-70	236.8
TkAUNG095330	`PF04695`	Pex14_N	372	392	0.11	12.9
TkAUNG095330	`PF04695`	Pex14_N	483	500	0.11	12.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IHL3`	拟南芥	sp\|F4IHL3\|MTEF2_ARATH Transcription termination factor MTERF2, chloroplastic	62.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ZT96`	拟南芥	sp\|Q9ZT96\|MTEF4_ARATH Transcription termination factor MTERF4, chloroplastic	30.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SJ50`	拟南芥	sp\|Q9SJ50\|SL1_ARATH Protein SEEDLING LETHAL 1, chloroplastic	27.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q6AUK6`	水稻	sp\|Q6AUK6\|MTEF4_ORYSJ Transcription termination factor MTERF4, chloroplastic	31.200%	Swiss-Prot	低置信

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