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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkAUNG095170
当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 26913670-26916422 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1503 bp · TkAUNG095170|TK1151|cDNA

ATTACACCTCCTCGTCGGCTCGACGCTGAAATCGGCCCTCTGTGAAATCGATCCGCCCTCTTTCCCATCGGCCCTCTGTGAAATCGATTCCCTCTTAACTCCATCTCCTGAAATCGGCATCTGTTGACTTCATCCCTGTCCTCCGATTGTAATTTCAGACTCAATCAACTCAATCAGTCATCGCCAATCAGCTATCCTTTGAATCGTGGATTGCAACTCGGCTCATCTCATTTTATAATCTCGAACAGGTTTTAGTTACA...

CDS

下载 CDS FASTA

957 bp · TkAUNG095170|TK1151|CDS

ATGGCTGAAAAACCGGAAGAAGAACAAAAACCAGAACAAGTGTGCAACTTTTTCAGAAAACCATCAAAGAACAAAAACATCCGAAAAAGAGTTCACGATGAGGAACAAGAAGAACCGTCCGTCATAATCAACAAGAAAAAGCCCATGGCACCAGACAACAAATTACATTTCGCCACTGGATCATCAAAACGATCCACAACATCACAGCAACAATCAGACACAAAATCATCAATTTTCCAATTCGATTCCTCCAAAGAAAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

318 aa · TkAUNG095170|TK1151|PROTEIN

MAEKPEEEQKPEQVCNFFRKPSKNKNIRKRVHDEEQEEPSVIINKKKPMAPDNKLHFATGSSKRSTTSQQQSDTKSSIFQFDSSKEIQVQNDSRATATLETETDFLRDARAIRERVLKQADEALKGKKGNDNEKLYKGIHGYTDYKAGFRREQTVASEKAGGSHGPLRASAHIRVSARFDYQPDICKDYKETGYCGYGDSCKFMHDRGDYKSGWQMEREWDEAEKVRKRKLAMKGDDDDDDDDEHDDDEDEDGLPFACFI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkAUNG095170
TK1151 IDTkAUNG095170
OH-1004 IDLXL04_026655
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)91.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkAUNG095170
位置ChrUn:26913670-26916422 (-)
描述Similar to At1g01350: Zinc finger CCCH domain-containing protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g01350 含锌指CCCH结构域蛋白1。 暂无已核实直接文献
At5g06420 含锌指 CCCH 结构域的蛋白 51。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0301000 含锌指CCCH结构域的蛋白15。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026655 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0006281 DNA repair 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0070100 negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005684 U2-type spliceosomal complex 细胞组分
GO:0016607 nuclear speck 细胞组分
GO:0071005 U2-type precatalytic spliceosome 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G01350
ath:AT5G06420
bta:493640
dosa:Os02g0301000
hsa:7737
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.934
排名 1 · TkAUNG095170 · TK1151
细胞质0.185
排名 2 · TkAUNG095170 · TK1151
线粒体0.019
排名 3 · TkAUNG095170 · TK1151
细胞膜0.017
排名 4 · TkAUNG095170 · TK1151
内质网0.010
排名 5 · TkAUNG095170 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00642zf-CCCH13-20 aa
PF18044zf-CCCH_414-20 aa
PF12767SAGA-Tad128-122 aa
PF27816Ies1_C32-40 aa
PF27816Ies1_C102-136 aa
PF00642zf-CCCH181-206 aa
PF25585zf-CCCH_DUS3L183-211 aa
PF16685zf-RING_10184-190 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkAUNG095170PF00642zf-CCCH13205.9e-1039.5
TkAUNG095170PF18044zf-CCCH_414200.005817.1
TkAUNG095170PF12767SAGA-Tad1281220.5310.8
TkAUNG095170PF27816Ies1_C32408.27.2
TkAUNG095170PF27816Ies1_C1021368.27.2
TkAUNG095170PF00642zf-CCCH1812065.9e-1039.5
TkAUNG095170PF25585zf-CCCH_DUS3L1832111.8e-0628.5
TkAUNG095170PF16685zf-RING_101841900.003618.1
TkAUNG095170PF18044zf-CCCH_41852060.005817.1
TkAUNG095170PF14608zf-CCCH_21852050.01216.8
TkAUNG095170PF18345zf_CCCH_41862051.5e-0525.6
TkAUNG095170PF27816Ies1_C2272448.27.2
TkAUNG095170PF11789zf-Nse2562956.77.3
TkAUNG095170PF13920zf-C3HC4_32572983.8e-0833.7
TkAUNG095170PF13639zf-RING_22572965.6e-0524.0
TkAUNG095170PF16685zf-RING_102573010.003618.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8GX84拟南芥sp|Q8GX84|C3H1_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 175.200%Swiss-Prot高置信
Q9FNG6拟南芥sp|Q9FNG6|C3H51_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 5173.500%Swiss-Prot高置信
Q6K4V3水稻sp|Q6K4V3|C3H15_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 1568.000%Swiss-Prot高置信

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