TkAUNG094310 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG094310

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 26666355-26669443 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1956 bp · TkAUNG094310|TK1151|cDNA

ATTGATAGAAGTATAAGAATTAATTGTTGTAAACTACAAATTATTAATGGTCGAAATTAATGATTTAATGAAAATGTTCTTGCCTTATTGGAAGACCGTTTTCTTGTGAAAGGGTAGAAAGGTAATACCAGACGTTTCTTCTAAACTTCTCTACAAAGCTAAACCCCATGTCGATGATGATGCTCATATGCCTATAAAACCAAAACCCAAATCCAAACATACTTCCATTTATACACACCACTTCCGTTAAATCTTCCATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1428 bp · TkAUNG094310|TK1151|CDS

ATGGCGTCGACGATAGATCGATCGGAGATAGCTTTCTTTGACCTGGAAACAACTGTTCCGATGCGACAGGGTCAGGGGTTTGCGATTTTGGAATTCGGGTCGATACTCGTTTGCCCTAAGAAGCTCGTTGAGCTCCAAAGCTACGAGACGTTGGTAAGACCACATGATCTCTCACTCATCTCCACTTTATCCGTTCGCGCCAACGGCATCACCGCCGACGCCGTTGCTTCCGCCCCGAGCTTCTCTGACATTGCCGATAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

475 aa · TkAUNG094310|TK1151|PROTEIN

MASTIDRSEIAFFDLETTVPMRQGQGFAILEFGSILVCPKKLVELQSYETLVRPHDLSLISTLSVRANGITADAVASAPSFSDIADKVYDILHGRIWAGHNIIRFDCVRLREAFAQINRPPPEPKGTIDSLALLTQRFGRRAGNMKMATLADYFGLGKQSHRSLDDVRMNLEVLKYCATVLFLESSLPDIFTENSWVSPNTTTRNRNGTAVTTSPPSSSTNTRNPNPPQNHPIISLAASGAGQPDPFDLGPLVDKIDQPN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG094310`
TK1151 ID	TkAUNG094310
OH-1004 ID	LXL04_029232
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	63.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 41.895 / OH-1004 61.280 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG094310

位置 ChrUn:26666355-26669443 (+)

描述 Similar to NEN4: Protein NEN4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g74390`	可能参与筛管元胞核去除的外切核酸酶。	暂无已核实直接文献
`At5g07710`	可能参与筛管元素去核的外切酶。	暂无已核实直接文献
`At5g61390`	可能参与筛管元素去核的外切酶。	暂无已核实直接文献
`At4g39810`	可能是一种核酸外切酶，参与筛管元素的去核化。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029232 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006261 DNA-templated DNA replication 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003887 DNA-directed DNA polymerase activity 分子功能

GO:0008408 3'-5' exonuclease activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G74390

ath:AT4G39810

ath:AT5G07710

ath:AT5G61390

tte:TTE1398

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.764

排名 1 · TkAUNG094310 · TK1151

细胞质0.248

排名 2 · TkAUNG094310 · TK1151

细胞膜0.049

排名 3 · TkAUNG094310 · TK1151

质体0.042

排名 4 · TkAUNG094310 · TK1151

内质网0.042

排名 5 · TkAUNG094310 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00929RNase_T12-174 aa

PF17715DUF5560180-243 aa

PF00929RNase_T265-290 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG094310	`PF00929`	RNase_T	12	174	1.4e-26	94.7
TkAUNG094310	`PF17715`	DUF5560	180	243	0.14	12.3
TkAUNG094310	`PF00929`	RNase_T	265	290	1.4e-26	94.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9CA74`	拟南芥	sp\|Q9CA74\|NEN3_ARATH Protein NEN3	53.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FLR0`	拟南芥	sp\|Q9FLR0\|NEN1_ARATH Protein NEN1	55.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q0V842`	拟南芥	sp\|Q0V842\|NEN2_ARATH Protein NEN2	52.700%	Swiss-Prot	高置信
`F4JJ23`	拟南芥	sp\|F4JJ23\|NEN4_ARATH Protein NEN4	66.100%	Swiss-Prot	低置信

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