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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkAUNG092590
当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 26239495-26245191 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3714 bp · TkAUNG092590|TK1151|cDNA

GAAAAACCGATGAACGATTTAACCTTATTTTTTCTGATTACGCCGTCTCGCAATTCTCTCGAGCTCGAGTCCCTCCATCTCCGGTGATATCTCTGTCTCTCGTCTCTCCTTTCACATCTTACGACTGCCAACTTCACCTGTGCTCAAAAACTGTATCTTTAATACTCGCCGCGTCTCCATCATAAACACCGTTAGCCGTCGGTATACCCTGCATACGAGTTATAGTGTATACCCGATTTCTCTTGGTATTTGACGATTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2802 bp · TkAUNG092590|TK1151|CDS

ATGTTACAAAACAAGTCATTCGTGCGGAAAACTAAACAAGGCAAAGTTATCAAGGTGGTCAGAGAACATTATCTCAGAGATGATATATACTGCGGAGCTTCGTTTTGCCAACATTGTGATACAAAAAGTGCTCGTTTCAGCTCCCCTGACTCCACAATCCTTGTTCTTGACACTAATGTTGTTCTGAATCAGATTGATTTGCTCGAGAATCCAGCAATTGATGATGTAGTGGTGCTCTCTGTGGTGTTGGATGAGGTCAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

933 aa · TkAUNG092590|TK1151|PROTEIN

MLQNKSFVRKTKQGKVIKVVREHYLRDDIYCGASFCQHCDTKSARFSSPDSTILVLDTNVVLNQIDLLENPAIDDVVVLSVVLDEVKNKNLAVYNRLRALCSNTLRRFFVFSNEHHKDTYVKAMAGESPNDRNDRAIRVAAQWYKNHLGGPTKVLMITNDRENKRKATEEGIIADTVESYVKSLGQPALLDLLVQPHSSEDMEIEDMRPSKKKVIYTEHKPMSEITSGIRCGIYHQGKLRVNRYNPFEAYVGSESIGDEI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkAUNG092590
TK1151 IDTkAUNG092590
OH-1004 IDLXL04_013909
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkAUNG092590
位置ChrUn:26239495-26245191 (+)
描述Similar to RRP44A: Exosome complex exonuclease RRP44 homolog A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g17510 RNA外切体复合物的催化组分，具有3′→5′核糖核酸外切酶活性，参与多种细胞RNA加工和降解过程。
Arabidopsis AtRRP44A is the functional homolog of Rrp44/Dis3, an exosome component, is essential for viability and is required for RNA processing and degradation.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0079219

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013909 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000288 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay 生物过程
GO:0000465 exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程
GO:0000467 exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程
GO:0006364 rRNA processing 生物过程
GO:0006396 RNA processing 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0006401 RNA catabolic process 生物过程
GO:0016075 rRNA catabolic process 生物过程
GO:0030847 termination of RNA polymerase II transcription, exosome-dependent 生物过程
GO:0033621 nuclear mRNA surveillance of meiosis-specific transcripts 生物过程
GO:0043628 regulatory ncRNA 3'-end processing 生物过程
GO:0070478 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G17510
hsa:22894
mmu:72662
sce:YOL021C
spo:2540398
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.655
排名 1 · TkAUNG092590 · TK1151
细胞质0.458
排名 2 · TkAUNG092590 · TK1151
线粒体0.060
排名 3 · TkAUNG092590 · TK1151
细胞膜0.031
排名 4 · TkAUNG092590 · TK1151
内质网0.022
排名 5 · TkAUNG092590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25049OB_HELZ29-22 aa
PF30020zf-C2H2_ATbp_3rd31-45 aa
PF13638PIN_454-176 aa
PF17216Rrp44_CSD1217-305 aa
PF25049OB_HELZ2233-290 aa
PF17876CSD2258-285 aa
PF25049OB_HELZ2334-348 aa
PF17849OB_Dis3371-438 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkAUNG092590PF25049OB_HELZ29221.7e-0731.7
TkAUNG092590PF30020zf-C2H2_ATbp_3rd31450.610.8
TkAUNG092590PF13638PIN_4541761.6e-1971.2
TkAUNG092590PF17216Rrp44_CSD12173051.3e-1248.4
TkAUNG092590PF25049OB_HELZ22332901.7e-0731.7
TkAUNG092590PF17876CSD22582850.0003621.3
TkAUNG092590PF25049OB_HELZ23343481.7e-0731.7
TkAUNG092590PF17849OB_Dis33714388.8e-2174.4
TkAUNG092590PF17876CSD23764400.0003621.3
TkAUNG092590PF13638PIN_44224421.6e-1971.2
TkAUNG092590PF00773RNB4697984.7e-99332.4
TkAUNG092590PF30020zf-C2H2_ATbp_3rd8238330.610.8
TkAUNG092590PF17215Rrp44_S18509205.9e-0833.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SHL7拟南芥sp|Q9SHL7|RP44A_ARATH Exosome complex exonuclease RRP44 homolog A79.200%Swiss-Prot高置信

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