LXL04_013909 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013909

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 37807839-37812645 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2802 bp · LXL04_013909|LXL04_013909|OH1004|cDNA

ATGTTACAAAACAAGTCATTCGTGCGGAAAACTAAACAAGGCAAAGTTATCAAGGTGGTCAGAGAACATTATCTCAGAGATGATATATACTGTGGAGCTTCGTTTTGCCAACATTGTGATACAAAAAGTGCTCGTTTCAGCTCCCCTGACTCCACAATCCTTGTTCTCGACACTAATGTTGTTCTGAATCAGATTGATTTGCTCGAgaatccagcaattgatgatgtTGTGGTGCTGTCTGTGGTGTTGGATGAGGTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2802 bp · LXL04_013909|LXL04_013909|OH1004|CDS

ATGTTACAAAACAAGTCATTCGTGCGGAAAACTAAACAAGGCAAAGTTATCAAGGTGGTCAGAGAACATTATCTCAGAGATGATATATACTGTGGAGCTTCGTTTTGCCAACATTGTGATACAAAAAGTGCTCGTTTCAGCTCCCCTGACTCCACAATCCTTGTTCTCGACACTAATGTTGTTCTGAATCAGATTGATTTGCTCGAGAATCCAGCAATTGATGATGTTGTGGTGCTGTCTGTGGTGTTGGATGAGGTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

933 aa · LXL04_013909|LXL04_013909|OH1004|PROTEIN

MLQNKSFVRKTKQGKVIKVVREHYLRDDIYCGASFCQHCDTKSARFSSPDSTILVLDTNVVLNQIDLLENPAIDDVVVLSVVLDEVKNKNLAVYNRLRALCSNTLRRFFVFSNEHHKDTYVKAMAGESPNDRNDRAIRVAAQWYKNHLGGPTKVLMITNDRENKRKATEEGIIADTVESYVKSLGQPALLDLLVQPHSSEDMEIEDMRPSKKKVIYTEHKPMSEITSGIRCGIYHQGKLRVNRYNPFEAYVGSESIGDEI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013909`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013909

位置 Chr03:37807839-37812645 (+)

描述 Similar to RRP44A: Exosome complex exonuclease RRP44 homolog A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g17510`	RNA外切体复合物的催化组分，具有3′→5′核糖核酸外切酶活性，参与多种细胞RNA加工和降解过程。	Arabidopsis AtRRP44A is the functional homolog of Rrp44/Dis3, an exosome component, is essential for viability and is required for RNA processing and degradation.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0079219

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013909 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000288 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay 生物过程

GO:0000465 exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0000467 exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006401 RNA catabolic process 生物过程

GO:0016075 rRNA catabolic process 生物过程

GO:0030847 termination of RNA polymerase II transcription, exosome-dependent 生物过程

GO:0033621 nuclear mRNA surveillance of meiosis-specific transcripts 生物过程

GO:0043628 regulatory ncRNA 3'-end processing 生物过程

GO:0070478 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G17510

hsa:22894

mmu:72662

sce:YOL021C

spo:2540398

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.652

排名 1 · LXL04_013909 · OH-1004

细胞质0.459

排名 2 · LXL04_013909 · OH-1004

线粒体0.060

排名 3 · LXL04_013909 · OH-1004

细胞膜0.031

排名 4 · LXL04_013909 · OH-1004

内质网0.022

排名 5 · LXL04_013909 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13638.13PIN_454-176 aa

PF17216.10Rrp44_CSD1217-305 aa

PF25049.2OB_HELZ2233-290 aa

PF17849.8OB_Dis3371-438 aa

PF00773.26RNB469-798 aa

PF17215.10Rrp44_S1850-920 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013909	`PF13638.13`	PIN_4	54	176	1.6e-19	71.2
LXL04_013909	`PF17216.10`	Rrp44_CSD1	217	305	1.3e-12	48.4
LXL04_013909	`PF25049.2`	OB_HELZ2	233	290	1.7e-07	31.7
LXL04_013909	`PF17849.8`	OB_Dis3	371	438	8.8e-21	74.4
LXL04_013909	`PF00773.26`	RNB	469	798	4.7e-99	332.4
LXL04_013909	`PF17215.10`	Rrp44_S1	850	920	5.9e-08	33.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SHL7`	拟南芥	Exosome complex exonuclease RRP44 homolog A	79.060%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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