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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID,查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度,最大 10000 bp

基因概览

TkAUNG083220
当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 23672823-23673698 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

840 bp · TkAUNG083220|TK1151|cDNA

ATGGAGTTGTCGTATGAAGAAGAATTACTTTCTTCCTGTGATCCCATACTGCCAGATGATGAAGAAAGGGATATTATCGATCAAGAACATGAAGAATTACAAGAACAAGAAGAAAAACGAGAAGCTTGTGGCCATCGTCGTGATGAAGATGCAAGATTGAATCAAGAACTCAATCTTTTAGACAGTTTAAACATGGGCGATCATTCATCGGAAAGTACAACTCCACAAGCATCGGATACAACCGAACCTAGGGTTTTTTC...

840 bp · TkAUNG083220|TK1151|CDS

ATGGAGTTGTCGTATGAAGAAGAATTACTTTCTTCCTGTGATCCCATACTGCCAGATGATGAAGAAAGGGATATTATCGATCAAGAACATGAAGAATTACAAGAACAAGAAGAAAAACGAGAAGCTTGTGGCCATCGTCGTGATGAAGATGCAAGATTGAATCAAGAACTCAATCTTTTAGACAGTTTAAACATGGGCGATCATTCATCGGAAAGTACAACTCCACAAGCATCGGATACAACCGAACCTAGGGTTTTTTC...

279 aa · TkAUNG083220|TK1151|PROTEIN

MELSYEEELLSSCDPILPDDEERDIIDQEHEELQEQEEKREACGHRRDEDARLNQELNLLDSLNMGDHSSESTTPQASDTTEPRVFSCNYCQRKFYSSQALGGHQNAHKRERNLAKRGQRMGFLSGPMISAAAAFGHSYMHQQQHHDQNYCSSLSSLPLHGYNNNRSLGIQVHSMIHKPSNSMFSSSSSSSPGFKSFYGGKGWSSRPHVDQHPAIGKLGLPSYASSLAAAPPSHGGVGRFEVVRTGMGGTGKDEIGGLWW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkAUNG083220
TK1151 IDTkAUNG083220
OH-1004 IDLXL04_005353
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)95.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkAUNG083220
位置ChrUn:23672823-23673698 (-)
描述Similar to ZFP3: Zinc finger protein 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g25160 在种子萌发和幼苗早期发育中起脱落酸(ABA)信号的负调控作用。
At1g80730 可能在芽生长发育调控中起作用,位于光形态发生激活的下游(可能)。
At1g66140 在种子萌发和幼苗早期发育中起脱落酸(ABA)信号的负调控作用。
At1g24625 在发芽和早期幼苗发育过程中充当脱落酸 信号传导的负调节因子。
At5g57520 转录因子参与花器官脱落的调节,是种子和长角果发育所必需的。

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源:OH1004 · LXL04_005353 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释;下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释(OH1004 来源)
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0019760 glucosinolate metabolic process 生物过程
GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0060860 regulation of floral organ abscission 生物过程
GO:0060862 negative regulation of floral organ abscission 生物过程
GO:0080050 regulation of seed development 生物过程
GO:1901347 negative regulation of secondary cell wall biogenesis 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G24625
ath:AT1G66140
ath:AT1G80730
ath:AT5G25160
ath:AT5G57520
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号,不代表本基因已获得通路功能验证。

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究;参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时,不自动选择表达记录;缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释,不能替代定位实验。

细胞核0.971
排名 1 · TkAUNG083220 · TK1151
细胞质0.091
排名 2 · TkAUNG083220 · TK1151
细胞膜0.028
排名 3 · TkAUNG083220 · TK1151
内质网0.019
排名 4 · TkAUNG083220 · TK1151
质体0.011
排名 5 · TkAUNG083220 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测,非定位实验结果

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13912zf-C2H2_685-110 aa
PF00096zf-C2H286-108 aa
PF13894zf-C2H2_486-108 aa
PF13912zf-C2H2_6140-147 aa
PF13894zf-C2H2_4141-146 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkAUNG083220PF13912zf-C2H2_6851100.0007420.2
TkAUNG083220PF00096zf-C2H2861080.0116.9
TkAUNG083220PF13894zf-C2H2_4861080.0216.3
TkAUNG083220PF13912zf-C2H2_61401470.0007420.2
TkAUNG083220PF13894zf-C2H2_41411460.0216.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻;Swiss-Prot 为人工审校条目,TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q39262拟南芥sp|Q39262|ZFP3_ARATH Zinc finger protein 350.000%Swiss-Prot中等置信
Q42485拟南芥sp|Q42485|ZFP1_ARATH Zinc finger protein 157.100%Swiss-Prot低置信
Q39263拟南芥sp|Q39263|ZFP4_ARATH Zinc finger protein 453.500%Swiss-Prot低置信
Q39266拟南芥sp|Q39266|ZFP7_ARATH Zinc finger protein 751.100%Swiss-Prot低置信
Q39261拟南芥sp|Q39261|ZFP2_ARATH Zinc finger protein 280.000%Swiss-Prot低置信

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