TkAUNG080980 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG080980

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 23074381-23077849 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1455 bp · TkAUNG080980|TK1151|cDNA

AAATATCAAGGGCTAAAAAAGCAAAATACGAAATGTAAAGGACACTCTGTACTGTTAACTGTATGAACCTCTTCCCTCTCTTTTCTCTCTTCACCGTCTGTTCCCTCCAAGGCTCCAATGGAATTCGAACGTAACCAGGGGAAACTCGAAGAAACGGTGATTCAAATTCTCAAAAGTGCCGATTTAGAAATCGCCACGGAACTCGTTGTTCGAAGAGAGGCTGAAAGACTGCTTGGCGTCGACCTATCTGATATAGCTAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1260 bp · TkAUNG080980|TK1151|CDS

ATGGAATTCGAACGTAACCAGGGGAAACTCGAAGAAACGGTGATTCAAATTCTCAAAAGTGCCGATTTAGAAATCGCCACGGAACTCGTTGTTCGAAGAGAGGCTGAAAGACTGCTTGGCGTCGACCTATCTGATATAGCTAGCAAGCGGCTGGTTAGACGAGTTGTTGAGTCGTTTTTGTTGTCTACTTCGCCGGCCGATGAAGTTCGACAAGGAACAGAACAGGTGGATAAATCACCTACTGACAACAATCGAAATGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

419 aa · TkAUNG080980|TK1151|PROTEIN

MEFERNQGKLEETVIQILKSADLEIATELVVRREAERLLGVDLSDIASKRLVRRVVESFLLSTSPADEVRQGTEQVDKSPTDNNRNVVSDEGGGRVIFKLPGMMRVSLQKFKKTKLLSIREYYQKEQLMFPSGTGITLNPKEWSAFCSSFNDIEEAITKMESRTRSEGIGKKQTEAEVSNPRHPLIPIATTRFTGRNYYCWKRQMEFFLNQLRVSYVLFEPCPKIPFSPPASLKDISQAKSYLQQWTNDDYLCRHTILNS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG080980`
TK1151 ID	TkAUNG080980
OH-1004 ID	LXL04_026640
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkAUNG080980`
位置	ChrUn:23074381-23077849 (-)
描述	Similar to KELP: RNA polymerase II transcriptional coactivator KELP
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_026640` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0001111 RNA polymerase II promoter clearance 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0045899 positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly 生物过程 GO:0051053 negative regulation of DNA metabolic process 生物过程 GO:0060261 positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005667 transcription regulator complex 细胞组分 GO:0005730 nucleolus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0070062 extracellular exosome 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT4G10920 hsa:10923 mcf:101926874 pon:100173565 spo:2542309 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.766

排名 1 · TkAUNG080980 · TK1151

细胞质0.268

排名 2 · TkAUNG080980 · TK1151

细胞膜0.033

排名 3 · TkAUNG080980 · TK1151

内质网0.026

排名 4 · TkAUNG080980 · TK1151

线粒体0.022

排名 5 · TkAUNG080980 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08766DEK_C9-60 aa

PF02229PC499-148 aa

PF08848DUF1818136-163 aa

PF14223Retrotran_gag_2140-158 aa

PF14244Retrotran_gag_3187-210 aa

PF13961DUF4219193-209 aa

PF14223Retrotran_gag_2238-384 aa

PF23786Baseplate_wedge242-348 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG080980	`PF08766`	DEK_C	9	60	6.1e-08	33.2
TkAUNG080980	`PF02229`	PC4	99	148	8e-13	48.4
TkAUNG080980	`PF08848`	DUF1818	136	163	0.2	12.5
TkAUNG080980	`PF14223`	Retrotran_gag_2	140	158	4.2e-20	72.9
TkAUNG080980	`PF14244`	Retrotran_gag_3	187	210	0.0063	17.0
TkAUNG080980	`PF13961`	DUF4219	193	209	0.092	13.2
TkAUNG080980	`PF14223`	Retrotran_gag_2	238	384	4.2e-20	72.9
TkAUNG080980	`PF23786`	Baseplate_wedge	242	348	0.033	14.4
TkAUNG080980	`PF13696`	zf-CCHC_2	249	254	0.88	10.2
TkAUNG080980	`PF08848`	DUF1818	259	285	0.2	12.5
TkAUNG080980	`PF13961`	DUF4219	271	282	0.092	13.2
TkAUNG080980	`PF08766`	DEK_C	278	303	6.1e-08	33.2
TkAUNG080980	`PF08848`	DUF1818	340	366	0.2	12.5
TkAUNG080980	`PF00098`	zf-CCHC	396	411	0.0066	17.2
TkAUNG080980	`PF13696`	zf-CCHC_2	396	411	0.88	10.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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