TkAUNG064970 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG064970

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 18887136-18892282 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2892 bp · TkAUNG064970|TK1151|cDNA

AAAAACATCAAAAAGCAGAGCTGCTCTGAGCTCCTCCGACTGAAATAATGGAAGGAAGAAGGCTATTCGACGAAGGAGCCGCCATACATTCGGATTCCGATAACCGAAGCTCCATGGTACGGCATACTACTGGTCATCCCTCACTTCAACCCAACTACAGCTGCCAGAAAGTCCAGAAAGCACTGGAGAACTTGGCATCCATTGATTTGAGTGAGCTGTGCAATGAAGCAAAAGTTGAGCATTGTCGAGCTACAAGGGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1401 bp · TkAUNG064970|TK1151|CDS

ATGGTGGTTGCTAAACAAGCAATTCTTTTGTATTATTTATTTGACCGAATGTGGAAAATACCTGATGACAAATGGAGGTATTGTGTGGACGACTTCTCTGCTACATTCAGTATAGCCAGACACTTGATATTGGAATCATTTACTTTCTATCTCCTTGATGACCATAGTGATGAAGCCCTTCAGGAAGCATGCCGTCTTCTTCCAGAGATATCGGGCCCCACAACACATCCAAAAGTAGCACAAGTTCTACTAGAAAGACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

466 aa · TkAUNG064970|TK1151|PROTEIN

MVVAKQAILLYYLFDRMWKIPDDKWRYCVDDFSATFSIARHLILESFTFYLLDDHSDEALQEACRLLPEISGPTTHPKVAQVLLERQNPYAALMVLRWSGTDTATDLPSLNQAVTAVRVRVECGLLLEAFMHQRSISTKFKKTKSRNELPSFDDSENEVDWLEVLVTEICILCIRRNLVDRIIGLPWNFEEEKHLHKCLLDYASDEPLTNTGSLLVVYYLQRYRYLEAYQVDRKLQSIENEFVSRNPINDDVANRMSFIQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG064970`
TK1151 ID	TkAUNG064970
OH-1004 ID	LXL04_029788
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 53.749 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG064970

位置 ChrUn:18887136-18892282 (-)

描述 Similar to HOS1: E3 ubiquitin-protein ligase HOS1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g39810`	E3泛素蛋白连接酶，介导转录因子ICE1的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	The negative regulator of plant cold responses, HOS1, is a RING E3 ligase that mediates the ubiquitination and degradation of ICE1.2006 · DOI: 10.1073/pnas.0602874103 The E3 ubiquitin ligase HOS1 regulates low ambient temperature-responsive flowering in Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1093/pcp/pcs123

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029788 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0051028 mRNA transport 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005643 nuclear pore 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G39810

xla:397707

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.728

排名 1 · TkAUNG064970 · TK1151

细胞质0.236

排名 2 · TkAUNG064970 · TK1151

细胞膜0.063

排名 3 · TkAUNG064970 · TK1151

内质网0.036

排名 4 · TkAUNG064970 · TK1151

高尔基体0.033

排名 5 · TkAUNG064970 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13934ELYS3-201 aa

PF13934ELYS217-240 aa

PF13934ELYS388-420 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG064970	`PF13934`	ELYS	3	201	1.3e-32	114.1
TkAUNG064970	`PF13934`	ELYS	217	240	1.3e-32	114.1
TkAUNG064970	`PF13934`	ELYS	388	420	1.3e-32	114.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84JU6`	拟南芥	sp\|Q84JU6\|HOS1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase HOS1	48.200%	Swiss-Prot	中等置信

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