TkAUNG064110 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG064110

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 18598028-18600130 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

606 bp · TkAUNG064110|TK1151|cDNA

ATGCCTTTAGAAAGTGGGGAGAGACCACACCTCACGAAGGAGCTTCTTGCCGGATGTGAGAGCATTGAATGGCAGGTAGATGAACTGGAGAAGGCAATTACTGTTGCATCTAGAAATCCTACTGTGTATGGTATTGATGAAATAGAGCTTGATAAACGTAGAAGATGGACTAGCAGTGCTCGTGATCAGGTATCAACTATCATGAAGGAGTTGAATGACACAAACATCTCTAGTTTGAATGAAATGCGTCGTGAGCTTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

606 bp · TkAUNG064110|TK1151|CDS

ATGCCTTTAGAAAGTGGGGAGAGACCACACCTCACGAAGGAGCTTCTTGCCGGATGTGAGAGCATTGAATGGCAGGTAGATGAACTGGAGAAGGCAATTACTGTTGCATCTAGAAATCCTACTGTGTATGGTATTGATGAAATAGAGCTTGATAAACGTAGAAGATGGACTAGCAGTGCTCGTGATCAGGTATCAACTATCATGAAGGAGTTGAATGACACAAACATCTCTAGTTTGAATGAAATGCGTCGTGAGCTTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

201 aa · TkAUNG064110|TK1151|PROTEIN

MPLESGERPHLTKELLAGCESIEWQVDELEKAITVASRNPTVYGIDEIELDKRRRWTSSARDQVSTIMKELNDTNISSLNEMRRELKRLPNPHLPDKSYHYNDDFISSESDRQLLLMRQQDEELDELSASVQRIGGVGLTIHEELLAQEKIIDDLDLEMDSTSNRLDFVQKKVAVLMKKAGAKGQIMMICFLLVCSLFYLC

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG064110`
TK1151 ID	TkAUNG064110
OH-1004 ID	LXL04_035185
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	64.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.522 / OH-1004 81.070 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG064110

位置 ChrUn:18598028-18600130 (-)

描述 Similar to SYP61: Syntaxin-61

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g28490`	在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。	OSM1/SYP61: a syntaxin protein in Arabidopsis controls abscisic acid-mediated and non-abscisic acid-mediated responses to abiotic stress.2002 · DOI: 10.1105/tpc.006981 YKT6 is a core constituent of membrane fusion machineries at the Arabidopsis trans-Golgi network.2005 · DOI: 10.1016/j.jmb.2005.04.061 Isolation and proteomic analysis of the SYP61 compartment reveal its role in exocytic trafficking in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1038/cr.2011.129 Arabidopsis SNAREs SYP61 and SYP121 coordinate the trafficking of plasma membrane aquaporin PIP2;7 to modulate the cell membrane water permeability.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.127159 CESA TRAFFICKING INHIBITOR inhibits cellulose deposition and interferes with the trafficking of cellulose synthase complexes and their associated proteins KORRIGAN1 and POM2/CELLULOSE SYNTHASE INTERACTIVE PROTEIN1.2015 · DOI: 10.1104/pp.114.249003

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035185 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006887 exocytosis 生物过程

GO:0006906 vesicle fusion 生物过程

GO:0007032 endosome organization 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0016189 synaptic vesicle to endosome fusion 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0032456 endocytic recycling 生物过程

GO:0032880 regulation of protein localization 生物过程

GO:0042147 retrograde transport, endosome to Golgi 生物过程

GO:0048193 Golgi vesicle transport 生物过程

GO:0048278 vesicle docking 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G28490

gga:424413

mmu:58244

pon:100173487

rno:60562

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.346

排名 1 · TkAUNG064110 · TK1151

溶酶体／液泡0.295

排名 2 · TkAUNG064110 · TK1151

细胞质0.225

排名 3 · TkAUNG064110 · TK1151

内质网0.132

排名 4 · TkAUNG064110 · TK1151

细胞膜0.110

排名 5 · TkAUNG064110 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09177STX6_10_61_N5-67 aa

PF06825HSBP119-34 aa

PF15188CCDC-16721-28 aa

PF05739SNARE26-33 aa

PF10669Phage_Gp2345-88 aa

PF15188CCDC-16749-87 aa

PF06825HSBP165-84 aa

PF05739SNARE74-86 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG064110	`PF09177`	STX6_10_61_N	5	67	2.3e-15	57.7
TkAUNG064110	`PF06825`	HSBP1	19	34	1.6	9.3
TkAUNG064110	`PF15188`	CCDC-167	21	28	0.0052	17.7
TkAUNG064110	`PF05739`	SNARE	26	33	1e-14	54.8
TkAUNG064110	`PF10669`	Phage_Gp23	45	88	2.4	9.2
TkAUNG064110	`PF15188`	CCDC-167	49	87	0.0052	17.7
TkAUNG064110	`PF06825`	HSBP1	65	84	1.6	9.3
TkAUNG064110	`PF05739`	SNARE	74	86	1e-14	54.8
TkAUNG064110	`PF10669`	Phage_Gp23	110	134	2.4	9.2
TkAUNG064110	`PF05739`	SNARE	116	193	1e-14	54.8
TkAUNG064110	`PF09177`	STX6_10_61_N	118	132	2.3e-15	57.7
TkAUNG064110	`PF06825`	HSBP1	123	133	1.6	9.3
TkAUNG064110	`PF15188`	CCDC-167	125	200	0.0052	17.7
TkAUNG064110	`PF10669`	Phage_Gp23	149	174	2.4	9.2
TkAUNG064110	`PF06825`	HSBP1	159	181	1.6	9.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q946Y7`	拟南芥	sp\|Q946Y7\|SYP61_ARATH Syntaxin-61	63.800%	Swiss-Prot	高置信

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