TkAUNG055110 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG055110

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 15695512-15697396 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1357 bp · TkAUNG055110|TK1151|cDNA

CTGCATTTACAGAGAAAAGGGTCGTAGTCTGTGAAGTGTGCGAGAAAGGAAATCGAAGAATCAATGGAAAGGGGACGAATGTATGACGAAATGGGAGAGATAAAGAAAGGGCCATGGAAGGCCGAAGAAGATGAAGTTTTGATGAAGCATGTCAAGAAATACGGACCCAGAGATTGGAGCTCCATTCGATCCAAAGGCCTTCTTCAACGCACTGGAAAATCTTGTCGTCTTCGTTGGGTCAACAAACTTAGACCCAATCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1005 bp · TkAUNG055110|TK1151|CDS

ATGGAAAGGGGACGAATGTATGACGAAATGGGAGAGATAAAGAAAGGGCCATGGAAGGCCGAAGAAGATGAAGTTTTGATGAAGCATGTCAAGAAATACGGACCCAGAGATTGGAGCTCCATTCGATCCAAAGGCCTTCTTCAACGCACTGGAAAATCTTGTCGTCTTCGTTGGGTCAACAAACTTAGACCCAATCTCAAAAATGGTGTGAAGTTTTCTTCAGAGGAGGAGCGGACAGTGATAGAACTACAGGGGCAATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

334 aa · TkAUNG055110|TK1151|PROTEIN

MERGRMYDEMGEIKKGPWKAEEDEVLMKHVKKYGPRDWSSIRSKGLLQRTGKSCRLRWVNKLRPNLKNGVKFSSEEERTVIELQGQFGNKWARIATYLPGRTDNDVKNFWSSRQKRLARVLQTSPPPPPPKSYKSLRESPALHKVPTFEAPKQSSSTEESSVTSPKTMSCSSPYCEPIKMVPLPELINPTTATANANATATTTTTTTTVPTNFLAYDDIQPLCQYPPHQLLLPFPHGPHLKIELPQPPPLPLLDNQDIFS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG055110`
TK1151 ID	TkAUNG055110
OH-1004 ID	LXL04_038186
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	57.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 32.335 / OH-1004 22.107 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG055110

位置 ChrUn:15695512-15697396 (-)

描述 Similar to MYB101: Transcription factor MYB101

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g60460`	转录激活剂，通过促进配子细胞规范和细胞周期进程，充当雄性种系发育的正调节因子。	Male germ line development in Arabidopsis. duo pollen mutants reveal gametophytic regulators of generative cell cycle progression.2005 · DOI: 10.1104/pp.104.053165 A novel class of MYB factors controls sperm-cell formation in plants.2005 · DOI: 10.1016/j.cub.2005.01.013 A plant germline-specific integrator of sperm specification and cell cycle progression.2009 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1000430 The R2R3 MYB transcription factor DUO1 activates a male germline-specific regulon essential for sperm cell differentiation in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1105/tpc.110.081059 An EAR-Dependent Regulatory Module Promotes Male Germ Cell Division and Sperm Fertility in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.124743
`At4g26930`	转录激活因子。	MYB97, MYB101 and MYB120 function as male factors that control pollen tube-synergid interaction in Arabidopsis thaliana fertilization.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003933

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0549500`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2WW87`	激活糊粉层细胞中赤霉素依赖的α-淀粉酶表达的转录激活因子。	暂无已核实直接文献
`Os01g0812000`	糊粉细胞中赤霉素依赖性 α-淀粉酶表达的转录激活剂。	Loss-of-function mutations of the rice GAMYB gene impair alpha-amylase expression in aleurone and flower development.2004 · DOI: 10.1105/tpc.017327 Gibberellin modulates anther development in rice via the transcriptional regulation of GAMYB.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.062935 Identification of gamyb-4 and analysis of the regulatory role of GAMYB in rice anther development.2010 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2010.00959.x Convergent starvation signals and hormone crosstalk in regulating nutrient mobilization upon germination in cereals.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.097741

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038186 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009735 response to cytokinin 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G32460

ath:AT4G26930

ath:AT5G06100

dosa:Os01g0812000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.957

排名 1 · TkAUNG055110 · TK1151

细胞质0.136

排名 2 · TkAUNG055110 · TK1151

细胞膜0.020

排名 3 · TkAUNG055110 · TK1151

线粒体0.015

排名 4 · TkAUNG055110 · TK1151

内质网0.011

排名 5 · TkAUNG055110 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15963Myb_DNA-bind_714-61 aa

PF00249Myb_DNA-binding15-60 aa

PF13921Myb_DNA-bind_618-69 aa

PF00249Myb_DNA-binding71-111 aa

PF13921Myb_DNA-bind_672-112 aa

PF15963Myb_DNA-bind_773-117 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG055110	`PF15963`	Myb_DNA-bind_7	14	61	0.2	12.2
TkAUNG055110	`PF00249`	Myb_DNA-binding	15	60	1.4e-27	96.3
TkAUNG055110	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	18	69	1.3e-19	70.8
TkAUNG055110	`PF00249`	Myb_DNA-binding	71	111	1.4e-27	96.3
TkAUNG055110	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	72	112	1.3e-19	70.8
TkAUNG055110	`PF15963`	Myb_DNA-bind_7	73	117	0.2	12.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A0A178VEK7`	拟南芥	sp\|A0A178VEK7\|DUO1_ARATH Transcription factor DUO1	45.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9S773`	拟南芥	sp\|Q9S773\|MYB97_ARATH Transcription factor MYB97	57.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q0JB89`	水稻	sp\|Q0JB89\|MYB58_ORYSJ Probable transcription factor MYB58	81.800%	Swiss-Prot	低置信
`A2WW87`	水稻	sp\|A2WW87\|GAM1_ORYSI Transcription factor GAMYB	54.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q0JIC2`	水稻	sp\|Q0JIC2\|GAMYB_ORYSJ Transcription factor GAMYB	54.600%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情