TkAUNG040830 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG040830

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 11378246-11380271 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

939 bp · TkAUNG040830|TK1151|cDNA

ATGGCCAGTGTATGGCAGAGATACGACAGATTTTGGCAGAGCATGACAATTGAAGCGCAGTTTGTGGACAGTTTGTCCAAAGGCCTTCAAGTGGGAGATTGTTGGGTTGAAGACCCTTTTGACAATAAAGCTTGCATGAGATATTTTGAAGCATGCAAGTTGGCAAATTATTTTCAGTCCTATTATTCCGCAAGTTCCGATAGACTCGTACCTTATTTATCAGTGACTCGGTTGTTGGGTCCCAAGGCCTTGTACCAGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

939 bp · TkAUNG040830|TK1151|CDS

ATGGCCAGTGTATGGCAGAGATACGACAGATTTTGGCAGAGCATGACAATTGAAGCGCAGTTTGTGGACAGTTTGTCCAAAGGCCTTCAAGTGGGAGATTGTTGGGTTGAAGACCCTTTTGACAATAAAGCTTGCATGAGATATTTTGAAGCATGCAAGTTGGCAAATTATTTTCAGTCCTATTATTCCGCAAGTTCCGATAGACTCGTACCTTATTTATCAGTGACTCGGTTGTTGGGTCCCAAGGCCTTGTACCAGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

312 aa · TkAUNG040830|TK1151|PROTEIN

MASVWQRYDRFWQSMTIEAQFVDSLSKGLQVGDCWVEDPFDNKACMRYFEACKLANYFQSYYSASSDRLVPYLSVTRLLGPKALYQMIMERKFQPVIIFSFSRRECEQHAMSMIKLDFNSQEEKDIVEQVFKNAIMCLSEEDRNLPAIELMLPLLQRGIAVHHSGLLPIIKELVELLFQEGLVKALFATETFAMGLNMPAKTVVFTSVRKWDGDSHRYVGSGEYIQMSGRAGRRGKDERGICIIMIDEQDMVLGKPAPLV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG040830`
TK1151 ID	TkAUNG040830
OH-1004 ID	LXL04_001312
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	57.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 69.551 / OH-1004 22.178 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG040830

位置 ChrUn:11378246-11380271 (+)

描述 Similar to MTR4: DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH9

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g06990`	与RNA外切体复合物、帽结合复合物（CBC）及NEXT样复合物结合的ATP依赖性RNA解旋酶。	The RNA helicases AtMTR4 and HEN2 target specific subsets of nuclear transcripts for degradation by the nuclear exosome in Arabidopsis thaliana.2014 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1004564
`At1g59760`	与RNA外切体复合物结合的ATP依赖性RNA解旋酶。	MTR4, a putative RNA helicase and exosome co-factor, is required for proper rRNA biogenesis and development in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04675.x The RNA helicases AtMTR4 and HEN2 target specific subsets of nuclear transcripts for degradation by the nuclear exosome in Arabidopsis thaliana.2014 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1004564

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001312 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000292 RNA fragment catabolic process 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0000460 maturation of 5.8S rRNA 生物过程

GO:0000467 exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006401 RNA catabolic process 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0016075 rRNA catabolic process 生物过程

GO:0016076 snRNA catabolic process 生物过程

GO:0031125 rRNA 3'-end processing 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G59760

hsa:23517

mmu:72198

sce:YJL050W

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.373

排名 1 · TkAUNG040830 · TK1151

细胞核0.291

排名 2 · TkAUNG040830 · TK1151

线粒体0.233

排名 3 · TkAUNG040830 · TK1151

过氧化物酶体0.108

排名 4 · TkAUNG040830 · TK1151

内质网0.047

排名 5 · TkAUNG040830 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00271Helicase_C82-114 aa

PF30232aq_1631117-177 aa

PF00271Helicase_C133-235 aa

PF21408MTR4-like_stalk284-298 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG040830	`PF00271`	Helicase_C	82	114	3.6e-10	40.8
TkAUNG040830	`PF30232`	aq_1631	117	177	0.13	12.5
TkAUNG040830	`PF00271`	Helicase_C	133	235	3.6e-10	40.8
TkAUNG040830	`PF21408`	MTR4-like_stalk	284	298	0.094	13.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZVW2`	拟南芥	sp\|Q9ZVW2\|HEN2_ARATH DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH10	84.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9XIF2`	拟南芥	sp\|Q9XIF2\|MTR4_ARATH DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH9	58.000%	Swiss-Prot	中等置信

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