LXL04_001312 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001312

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 23906360-23910246 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3026 bp · LXL04_001312|LXL04_001312|OH1004|cDNA

ATGGGATCGGTGAAGAGGAAGTCGTTAGAAGAAGGCCCTTCAGCTTCCACACCTCCGCCGCACAAACAACAGAAAGACAACAAGGACAATGATAGTAGATTAATGGGAGCTAACGATGAGGCGGACGCCGGGGTGGCGTGTGTTCACGATGTCTCATACCCGGAGAACTACGTTGCTGTTCCTCGGCGGTCAAATAACGAGGAAGACTCAAAGCCCGCTAAGGACTTTCCTTTTACACTCGACCCTTTCCAATCGGAGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

3006 bp · LXL04_001312|LXL04_001312|OH1004|CDS

ATGGGATCGGTGAAGAGGAAGTCGTTAGAAGAAGGCCCTTCAGCTTCCACACCTCCGCCGCACAAACAACAGAAAGACAACAAGGACAATGATAGTAGATTAATGGGAGCTAACGATGAGGCGGACGCCGGGGTGGCGTGTGTTCACGATGTCTCATACCCGGAGAACTACGTTGCTGTTCCTCGGCGGTCAAATAACGAGGAAGACTCAAAGCCCGCTAAGGACTTTCCTTTTACACTCGACCCTTTCCAATCGGAGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1001 aa · LXL04_001312|LXL04_001312|OH1004|PROTEIN

MGSVKRKSLEEGPSASTPPPHKQQKDNKDNDSRLMGANDEADAGVACVHDVSYPENYVAVPRRSNNEEDSKPAKDFPFTLDPFQSEAISCLNAGESVMVSAHTSAGKTVVASYAIAMSLRNKQRVIYTSPIKALSNQKYREFKEEFSDVGLMTGDVTIEPNASCLVMTTEIWRSMQYKGSELTREVAWIIFDEVHYMRDRERGVVWEESIVMAPKNARFVFLSATVPNAKEFADWVAKVHQQPCHIVYTDYRPTPLQHYL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001312`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001312

位置 Chr01:23906360-23910246 (+)

描述 Similar to MTR4: DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH9

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g59760`	与RNA外切体复合物结合的ATP依赖性RNA解旋酶。	MTR4, a putative RNA helicase and exosome co-factor, is required for proper rRNA biogenesis and development in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04675.x The RNA helicases AtMTR4 and HEN2 target specific subsets of nuclear transcripts for degradation by the nuclear exosome in Arabidopsis thaliana.2014 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1004564

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001312 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000292 RNA fragment catabolic process 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0000460 maturation of 5.8S rRNA 生物过程

GO:0000467 exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006401 RNA catabolic process 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0016075 rRNA catabolic process 生物过程

GO:0016076 snRNA catabolic process 生物过程

GO:0031125 rRNA 3'-end processing 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G59760

hsa:23517

mmu:72198

sce:YJL050W

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.700

排名 1 · LXL04_001312 · OH-1004

细胞质0.248

排名 2 · LXL04_001312 · OH-1004

线粒体0.065

排名 3 · LXL04_001312 · OH-1004

质体0.040

排名 4 · LXL04_001312 · OH-1004

细胞膜0.034

排名 5 · LXL04_001312 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00270.36DEAD82-231 aa

PF04851.22ResIII82-226 aa

PF22527.3DEXQc_Suv3102-213 aa

PF00271.38Helicase_C395-474 aa

PF21408.3MTR4-like_stalk528-590 aa

PF13234.13MTR4_beta-barrel592-799 aa

PF08148.18DSHCT826-996 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001312	`PF00270.36`	DEAD	82	231	1e-27	97.6
LXL04_001312	`PF04851.22`	ResIII	82	226	4.8e-08	33.8
LXL04_001312	`PF22527.3`	DEXQc_Suv3	102	213	2.3e-08	34.5
LXL04_001312	`PF00271.38`	Helicase_C	395	474	1.1e-07	32.8
LXL04_001312	`PF21408.3`	MTR4-like_stalk	528	590	1.1e-18	67.9
LXL04_001312	`PF13234.13`	MTR4_beta-barrel	592	799	5.3e-46	158.2
LXL04_001312	`PF08148.18`	DSHCT	826	996	6.8e-54	182.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9XIF2`	拟南芥	DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH9	76.793%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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