TkAUNG018460 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG018460

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 4903477-4908635 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3361 bp · TkAUNG018460|TK1151|cDNA

AAATTAATCATATACATTTTTACCGTAAAAATCACACTGAAATGCGACTATGCGAGCAACAGAAGCCATGTGAGTTGTGACCACTTTGTTTCCGGTTAAGCATCGGCCTCCCTGGCGCTAAAAATCTTAAACCCTAAACCCTCTATCACTAAACCTCTCGAAGGTTCGCCTTCACCTTCGCCATGGCTTCGGTGGCGATAACCAGAAAAAATCAGCTCGTCTCTTCTCTACTCCATGGTTTCCGATGTCGAAGATCATAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2886 bp · TkAUNG018460|TK1151|CDS

ATGGCTTCGGTGGCGATAACCAGAAAAAATCAGCTCGTCTCTTCTCTACTCCATGGTTTCCGATGTCGAAGATCATATTTCCCTCGTACAATCACCACCAGCCGTCTCAGCTTTACGACGTCAACTTCCACTTCTCCGGCAGATACAGAAATTCCCGTATCCAGAACCAAAGTCCTTGAAACTTTTAAAGAAGAATTCGAAATTGGATCACGCCTGCTCACCTTAGAAACAGGGAAAATCGCGCGGTTCGCCAATGGGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

961 aa · TkAUNG018460|TK1151|PROTEIN

MASVAITRKNQLVSSLLHGFRCRRSYFPRTITTSRLSFTTSTSTSPADTEIPVSRTKVLETFKEEFEIGSRLLTLETGKIARFANGAVVLGIDDTKVLSTVCSAKGDGVRDFLPLTVDYQEKQFAQGVIPGTYMRREGAPKERELLCGRLIDRPIRPLFPAGFYHEVQVMASVLSSDGKQDPDIMAANATSAALMLSDVPWGGPIGMIRIGRIDGHLVVNPTMDELNLSDLNLVYACTKDKTLMLDVQAREISEKDLEAA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG018460`
TK1151 ID	TkAUNG018460
OH-1004 ID	LXL04_023961
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	95.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG018460

位置 ChrUn:4903477-4908635 (+)

描述 Similar to PNP2: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase 2, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g14580`	参与线粒体mRNA、rRNA和tRNA的3'端成熟。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0617700`	参与线粒体mRNA、rRNA和tRNA的3'端成熟。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023961 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000957 mitochondrial RNA catabolic process 生物过程

GO:0000958 mitochondrial mRNA catabolic process 生物过程

GO:0000963 mitochondrial RNA processing 生物过程

GO:0000965 mitochondrial RNA 3'-end processing 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006402 mRNA catabolic process 生物过程

GO:0008033 tRNA processing 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G14580

dosa:Os02g0617700

gwc:GWCH70_1161

min:Minf_2124

tro:trd_0623

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.722

排名 1 · TkAUNG018460 · TK1151

质体0.307

排名 2 · TkAUNG018460 · TK1151

细胞质0.049

排名 3 · TkAUNG018460 · TK1151

细胞核0.045

排名 4 · TkAUNG018460 · TK1151

过氧化物酶体0.012

排名 5 · TkAUNG018460 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01138RNase_PH71-200 aa

PF03725RNase_PH_C203-265 aa

PF01138RNase_PH282-310 aa

PF03726PNPase299-378 aa

PF01138RNase_PH381-514 aa

PF03725RNase_PH_C536-581 aa

PF00013KH_1626-668 aa

PF22891KH_PNO1_2nd632-669 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG018460	`PF01138`	RNase_PH	71	200	1.2e-55	188.2
TkAUNG018460	`PF03725`	RNase_PH_C	203	265	1.2e-14	54.7
TkAUNG018460	`PF01138`	RNase_PH	282	310	1.2e-55	188.2
TkAUNG018460	`PF03726`	PNPase	299	378	7.5e-14	52.7
TkAUNG018460	`PF01138`	RNase_PH	381	514	1.2e-55	188.2
TkAUNG018460	`PF03725`	RNase_PH_C	536	581	1.2e-14	54.7
TkAUNG018460	`PF00013`	KH_1	626	668	0.0085	16.5
TkAUNG018460	`PF22891`	KH_PNO1_2nd	632	669	0.022	15.3
TkAUNG018460	`PF29086`	OB_PDCD11	682	729	0.0009	19.8
TkAUNG018460	`PF00575`	S1	685	755	5.8e-15	56.2
TkAUNG018460	`PF23459`	S1_RRP5	687	735	0.61	11.4
TkAUNG018460	`PF00013`	KH_1	694	709	0.0085	16.5
TkAUNG018460	`PF01056`	Myc_N	851	900	0.04	14.4
TkAUNG018460	`PF03726`	PNPase	873	889	7.5e-14	52.7
TkAUNG018460	`PF29086`	OB_PDCD11	887	922	0.0009	19.8
TkAUNG018460	`PF00575`	S1	894	923	5.8e-15	56.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9S7G6`	拟南芥	sp\|Q9S7G6\|PNP2_ARATH Polyribonucleotide nucleotidyltransferase 2, mitochondrial	62.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q6KAI0`	水稻	sp\|Q6KAI0\|PNP2_ORYSJ Polyribonucleotide nucleotidyltransferase 2, mitochondrial	63.900%	Swiss-Prot	高置信

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