TkAUNG005830 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG005830

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 1643673-1655198 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4200 bp · TkAUNG005830|TK1151|cDNA

ATGCAGGGGCATCCCGTATTGCTGAATAGAGCACCGACTCTGCATAAATTGGGCATACAGGCATTCCAGCCCATTTTAGTGGAGGGGCGCGCTATTTGTTTACATCCATTAGTTTGTAAGGGATTCAACGCGGATTTTGATGGGGATCAAATGGCTGTTCATGTACCCTTATCTTTGGAAGCTCAAGCGGAGGCCCGTTTACTTATGTTTTCTCATATGAATCTTTTGTCTCCAGCTATTGGAGATCCCATTTCCGTACC...

CDS

下载 CDS FASTA

4200 bp · TkAUNG005830|TK1151|CDS

ATGCAGGGGCATCCCGTATTGCTGAATAGAGCACCGACTCTGCATAAATTGGGCATACAGGCATTCCAGCCCATTTTAGTGGAGGGGCGCGCTATTTGTTTACATCCATTAGTTTGTAAGGGATTCAACGCGGATTTTGATGGGGATCAAATGGCTGTTCATGTACCCTTATCTTTGGAAGCTCAAGCGGAGGCCCGTTTACTTATGTTTTCTCATATGAATCTTTTGTCTCCAGCTATTGGAGATCCCATTTCCGTACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1399 aa · TkAUNG005830|TK1151|PROTEIN

MQGHPVLLNRAPTLHKLGIQAFQPILVEGRAICLHPLVCKGFNADFDGDQMAVHVPLSLEAQAEARLLMFSHMNLLSPAIGDPISVPTQDMLIGLWLVQDAEKQSFILEKHHHYGNVHAVEKLRQSIEIWYATSEYLRQEMNPNFRMTDPLNPVHIMSFSGARGNASQVHQLVGMRGLMSDPQGQMIDLPIQSNLREGLSLTEYIISCYGARKGVVDTAVRTSDAGYLTRRLVEVVQHIVVRRTDCGTVRGISVSPRNGM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG005830`
TK1151 ID	TkAUNG005830
OH-1004 ID	LXL04_007647
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	29.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 20.372 / OH-1004 61.554 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkAUNG005830`
位置	ChrUn:1643673-1655198 (-)
描述	Similar to V-type proton ATPase subunit B 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_007647` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0007035 vacuolar acidification 生物过程 GO:0030835 negative regulation of actin filament depolymerization 生物过程 GO:0046034 ATP metabolic process 生物过程 GO:0051017 actin filament bundle assembly 生物过程 GO:0051693 actin filament capping 生物过程 GO:1902600 proton transmembrane transport 生物过程 GO:0000221 vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain 细胞组分 GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005773 vacuole 细胞组分 GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G20260 ath:AT4G38510 ghi:107890851 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.747

排名 1 · TkAUNG005830 · TK1151

线粒体0.143

排名 2 · TkAUNG005830 · TK1151

细胞质0.086

排名 3 · TkAUNG005830 · TK1151

内质网0.037

排名 4 · TkAUNG005830 · TK1151

细胞核0.035

排名 5 · TkAUNG005830 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00623RNA_pol_Rpb1_22-69 aa

PF04983RNA_pol_Rpb1_374-99 aa

PF05000RNA_pol_Rpb1_4119-183 aa

PF04998RNA_pol_Rpb1_5198-391 aa

PF00318Ribosomal_S2412-612 aa

PF00119ATP-synt_A612-793 aa

PF00137ATP-synt_C805-841 aa

PF00430ATP-synt_B842-928 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG005830	`PF00623`	RNA_pol_Rpb1_2	2	69	1.4e-24	87.9
TkAUNG005830	`PF04983`	RNA_pol_Rpb1_3	74	99	0.0092	16.6
TkAUNG005830	`PF05000`	RNA_pol_Rpb1_4	119	183	3e-13	50.3
TkAUNG005830	`PF04998`	RNA_pol_Rpb1_5	198	391	8.9e-40	137.5
TkAUNG005830	`PF00318`	Ribosomal_S2	412	612	1.8e-70	237.3
TkAUNG005830	`PF00119`	ATP-synt_A	612	793	5e-43	148.2
TkAUNG005830	`PF00137`	ATP-synt_C	805	841	2.8e-08	34.6
TkAUNG005830	`PF00430`	ATP-synt_B	842	928	1.5e-12	48.4
TkAUNG005830	`PF00306`	ATP-synt_ab_C	845	872	6e-44	150.1
TkAUNG005830	`PF24423`	OVT1	853	911	9.7	7.4
TkAUNG005830	`PF02874`	ATP-synt_ab_N	927	985	4.9e-14	53.3
TkAUNG005830	`PF09378`	HAS-barrel	928	963	0.0081	17.0
TkAUNG005830	`PF00006`	ATP-synt_ab	983	1008	2.4e-82	276.4
TkAUNG005830	`PF00006`	ATP-synt_ab	1042	1257	2.4e-82	276.4
TkAUNG005830	`PF00306`	ATP-synt_ab_C	1264	1388	6e-44	150.1
TkAUNG005830	`PF24423`	OVT1	1289	1315	9.7	7.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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