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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkAUNG003990
当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 1231712-1235065 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1265 bp · TkAUNG003990|TK1151|cDNA

TTTATTTACTATATGAACTACTTTACAGATTTATATACTCATCATCGAAAAAGACACCTACAACTCTCCGGTCTCCACCATCGCTCCCTTCCTTTCCCCCCAATTACATTTTTTTAACAGAATTAACCCACTCTCCTCTCTCTAGTTCACGTCGCCATTGATCCCCATTTCTCCCTCAGCGACAAAATGCTACCCTACGCCTCCATACACGACGCCGAGACCGCCATCGGCCGATCACTCACCGCCGCCGAAGCCTTCTG...

CDS

下载 CDS FASTA

885 bp · TkAUNG003990|TK1151|CDS

ATGCTACCCTACGCCTCCATACACGACGCCGAGACCGCCATCGGCCGATCACTCACCGCCGCCGAAGCCTTCTGGTTCAATTACTCCGCCACCAAATCCGATTACTTCCTCTACTGCCACAATATCCTCTTCCTCTTCCTCGTCTTCTCTCTCGTCCCTCTCTTCTACGTCTCCATCGAGCTCGTGTTCTCCAGATACGTTACGCCTTACAAAATTCAACCTAAAGTTAAGAACTCGTTTCTGGATAATCTCAATTGCTA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

294 aa · TkAUNG003990|TK1151|PROTEIN

MLPYASIHDAETAIGRSLTAAEAFWFNYSATKSDYFLYCHNILFLFLVFSLVPLFYVSIELVFSRYVTPYKIQPKVKNSFLDNLNCYFDVMRMFILVVGPLQLVSYPSIKMIGIRTSLPLPSLMEITSQLFVYFLVEDFTNYWIHRFLHGKWGYEKIHKVHHEYTAPIGYAAPYAHWAEVLILGIPSFLGPAMVPGHMITFWLWIALRQIEAIETHSGYDFPWTLTKFIPFYGGADYHDYHHYVGGQSQSNFASVFTYCD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkAUNG003990
TK1151 IDTkAUNG003990
OH-1004 IDLXL04_005817
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkAUNG003990
位置ChrUn:1231712-1235065 (+)
描述Similar to SMO1-2: Methylsterol monooxygenase 1-2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g22756 非血红素铁氧化酶，参与甾醇生物合成，通过催化去除C-4位的第一个甲基基团（通过相似性推测）。
Arabidopsis ACYL-COA-BINDING PROTEIN1 interacts with STEROL C4-METHYL OXIDASE1-2 to modulate gene expression of homeodomain-leucine zipper IV transcription factors.2018 · DOI: 10.1111/nph.14965
The SMO1 Family of Sterol 4α-Methyl Oxidases Is Essential for Auxin- and Cytokinin-Regulated Embryogenesis.2019 · DOI: 10.1104/pp.19.00144
At4g12110 非血红素铁氧化酶，通过催化去除 C-4 位的第一个甲基参与类固醇生物合成。
Acyl-CoA-Binding Protein ACBP1 Modulates Sterol Synthesis during Embryogenesis.2017 · DOI: 10.1104/pp.17.00412
The SMO1 Family of Sterol 4α-Methyl Oxidases Is Essential for Auxin- and Cytokinin-Regulated Embryogenesis.2019 · DOI: 10.1104/pp.19.00144
At4g22755 非血红素铁氧化酶，参与甾醇生物合成，通过催化去除C-4位的第一个甲基基团（通过相似性推测）。 暂无已核实直接文献
At1g07420 非血红素铁氧化酶，参与类固醇生物合成，通过催化去除C-4位置的第二个甲基。
Functional identification of sterol-4alpha-methyl oxidase cDNAs from Arabidopsis thaliana by complementation of a yeast erg25 mutant lacking sterol-4alpha-methyl oxidation.2001 · DOI: 10.1016/s0014-5793(01)03002-2
Sterol Methyl Oxidases Affect Embryo Development via Auxin-Associated Mechanisms.2016 · DOI: 10.1104/pp.15.01814

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os10g0545200 醛脱羰酶参与醛向烷烃的转化。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005817 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0016126 sterol biosynthetic process 生物过程
GO:0055089 fatty acid homeostasis 生物过程
GO:0055092 sterol homeostasis 生物过程
GO:0080064 4,4-dimethyl-9beta,19-cyclopropylsterol oxidation 生物过程
GO:0080065 4-alpha-methyl-delta7-sterol oxidation 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分
GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分
GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0000254 C-4 methylsterol oxidase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G07420
ath:AT4G12110
ath:AT4G22755
ath:AT4G22756
dosa:Os10g0545200
osa:4349278
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.886
排名 1 · TkAUNG003990 · TK1151
细胞质0.060
排名 2 · TkAUNG003990 · TK1151
细胞核0.055
排名 3 · TkAUNG003990 · TK1151
线粒体0.049
排名 4 · TkAUNG003990 · TK1151
细胞膜0.046
排名 5 · TkAUNG003990 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04116FA_hydroxylase33-58 aa
PF04116FA_hydroxylase131-265 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkAUNG003990PF04116FA_hydroxylase33587e-2898.4
TkAUNG003990PF04116FA_hydroxylase1312657e-2898.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q1EC69拟南芥sp|Q1EC69|SMO12_ARATH Methylsterol monooxygenase 1-276.700%Swiss-Prot高置信
Q8L7W5拟南芥sp|Q8L7W5|SMO11_ARATH Methylsterol monooxygenase 1-173.400%Swiss-Prot高置信
F4JLZ6拟南芥sp|F4JLZ6|SMO13_ARATH Methylsterol monooxygenase 1-369.900%Swiss-Prot高置信
Q8VWZ8拟南芥sp|Q8VWZ8|SMO22_ARATH Methylsterol monooxygenase 2-247.100%Swiss-Prot中等置信
Q9AV39水稻sp|Q9AV39|GLO1A_ORYSJ Very-long-chain aldehyde decarbonylase GL1-1070.700%Swiss-Prot高置信

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