TkAUNG002070 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG002070

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 630328-632685 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1248 bp · TkAUNG002070|TK1151|cDNA

AAAAAATCAAAATGAATGGTGGATAGTGGTGGATGAGCTTCAAACTCAACGAGTGTTCCCATAATTCCTGACTTGATTTCAACATCTCATTCCTCCTCTTTTTCAACCCCATCTTCTCCTCTTCCCTCCTACCACCTCCACCACCACCTCATCCATCGCACATCACAACCACCTTCCAATTCTCCGGCCAACAATGGCAGCCTTCACAAACCTCATCATCAAACCTCAAAATCTTTGCTCCACAACTAAGCTCAACACAC...

CDS

下载 CDS FASTA

606 bp · TkAUNG002070|TK1151|CDS

ATGGCAGCCTTCACAAACCTCATCATCAAACCTCAAAATCTTTGCTCCACAACTAAGCTCAACACACCTTTCTCTTGGGGTTACAACCCTAAACTCCAATCATTCTTCCCCACCAAACCCAAGATTTCCCTACCACCACTTTTCATCGCAAAAGCCGCCGCCACCACCTCCAACGTGAAAAACGGAAGCGTGGGTGGTGGAGCTGCCAAGGCCAAGGAGGAGGACAAAGTGCAGCACATCCACACAGTGGAAGAGTTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

201 aa · TkAUNG002070|TK1151|PROTEIN

MAAFTNLIIKPQNLCSTTKLNTPFSWGYNPKLQSFFPTKPKISLPPLFIAKAAATTSNVKNGSVGGGAAKAKEEDKVQHIHTVEEFEAALREAKQKLVVVEYAASHSKQSSKMYPFMVNLSKTCNDVVFLLVMGDESEETRELLPEGEDRQGALILASTRTWRRSMMKKGLGRICWRVMFCTTVIITPAWCNSITGKMLRS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG002070`
TK1151 ID	TkAUNG002070
OH-1004 ID	LXL04_035673
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 71.144 / OH-1004 47.195 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG002070

位置 ChrUn:630328-632685 (+)

描述 Similar to CDSP32: Thioredoxin-like protein CDSP32, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g76080`	可能的硫醇二硫化物氧化还原酶参与抗氧化应激。	Plant thioredoxin CDSP32 regenerates 1-cys methionine sulfoxide reductase B activity through the direct reduction of sulfenic acid.2010 · DOI: 10.1074/jbc.m110.108373

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0476900`	硫醇-二硫氧化还原酶，可能参与各种氧化还原反应。	Rice NTRC is a high-efficiency redox system for chloroplast protection against oxidative damage.2006 · DOI: 10.1105/tpc.106.041541

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035673 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002213 defense response to insect 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0010188 response to microbial phytotoxin 生物过程

GO:0010286 heat acclimation 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045454 cell redox homeostasis 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G45145

ath:AT1G59730

ath:AT1G76080

dosa:Os07g0190800

dosa:Os07g0476900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.940

排名 1 · TkAUNG002070 · TK1151

线粒体0.059

排名 2 · TkAUNG002070 · TK1151

细胞核0.037

排名 3 · TkAUNG002070 · TK1151

细胞质0.022

排名 4 · TkAUNG002070 · TK1151

细胞膜0.015

排名 5 · TkAUNG002070 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00544Pectate_lyase_452-106 aa

PF00085Thioredoxin80-139 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG002070	`PF00544`	Pectate_lyase_4	52	106	0.087	12.5
TkAUNG002070	`PF00085`	Thioredoxin	80	139	0.013	16.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SGS4`	拟南芥	sp\|Q9SGS4\|CDSP_ARATH Thioredoxin-like protein CDSP32, chloroplastic	44.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q84NN4`	水稻	sp\|Q84NN4\|CDSP_ORYSJ Thioredoxin-like protein CDSP32, chloroplastic	62.900%	Swiss-Prot	低置信

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