TkAUNG001780 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG001780

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 517552-519101 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1255 bp · TkAUNG001780|TK1151|cDNA

AACGGCGAAGCTAACGACAGGGTATTAGTAAAAGGGAGCAGGCAAATACGATTAGAGAATCTTTCTCCCTTCCACCTGCACAAACCCCCTTCTCCCTTCTCTCTTCGCGTATCGCTTTCACCATCGACGCCAGGCATGGCTATGCCTGAGCACCACCAATTCAACAACTACCTTCAACAACAACATCAGCAACCGCAGCAATCGAAGCCTTTCAGAGATATATTCAACAACATGGAAGGTCAGATTTCACCGCCGATCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1152 bp · TkAUNG001780|TK1151|CDS

AACGGCGAAGCTAACGACAGGGTATTAGTAAAAGGGAGCAGGCAAATACGATTAGAGAATCTTTCTCCCTTCCACCTGCACAAACCCCCTTCTCCCTTCTCTCTTCGCGTATCGCTTTCACCATCGACGCCAGGCATGGCTATGCCTGAGCACCACCAATTCAACAACTACCTTCAACAACAACATCAGCAACCGCAGCAATCGAAGCCTTTCAGAGATATATTCAACAACATGGAAGGTCAGATTTCACCGCCGATCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

383 aa · TkAUNG001780|TK1151|PROTEIN

NGEANDRVLVKGSRQIRLENLSPFHLHKPPSPFSLRVSLSPSTPGMAMPEHHQFNNYLQQQHQQPQQSKPFRDIFNNMEGQISPPINYINADQAHHPPYIPQFHVVGFAPGTDVSDGGFDLQRNYDLEWRKKRPNEQEFLENNNTNSQISSIDFLQPRSVSTGLGLSLDNGRLASSGESSFIAGLMGDEIELELRRQDAEIDRFMKIQADRLRQSVLEKVHTNHLRIISHVEDKFIKKLHEKDSEIETINRKNLELESQV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG001780`
TK1151 ID	TkAUNG001780
OH-1004 ID	LXL04_009538
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	36.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 63.185 / OH-1004 73.574 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG001780

位置 ChrUn:517552-519101 (+)

描述 Similar to BOI: E3 ubiquitin-protein ligase BOI

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g12920`	可能的 E3 泛素蛋白连接酶。	DELLA proteins and their interacting RING Finger proteins repress gibberellin responses by binding to the promoters of a subset of gibberellin-responsive genes in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.112.108951
`At5g45100`	E3 泛素蛋白连接酶参与非生物应激反应的调节。	DELLA proteins and their interacting RING Finger proteins repress gibberellin responses by binding to the promoters of a subset of gibberellin-responsive genes in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.112.108951
`At4g19700`	E3 泛素蛋白连接酶，参与通过促进 MYB108/BOI 的降解来调控病原体和非生物胁迫响应。	暂无已核实直接文献
`At1g79110`	可能的 E3 泛素蛋白连接酶。	DELLA proteins and their interacting RING Finger proteins repress gibberellin responses by binding to the promoters of a subset of gibberellin-responsive genes in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.112.108951

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009538 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007032 endosome organization 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0032479 regulation of type I interferon production 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0043067 regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0043069 negative regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0050687 negative regulation of defense response to virus 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G79110

ath:AT3G12920

ath:AT4G19700

ath:AT5G45100

mmu:213211

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.922

排名 1 · TkAUNG001780 · TK1151

细胞质0.151

排名 2 · TkAUNG001780 · TK1151

细胞膜0.031

排名 3 · TkAUNG001780 · TK1151

内质网0.018

排名 4 · TkAUNG001780 · TK1151

质体0.015

排名 5 · TkAUNG001780 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30907IPGA1_CC191-206 aa

PF26916DUF8275192-294 aa

PF24980LSU193-205 aa

PF30907IPGA1_CC211-278 aa

PF24980LSU245-275 aa

PF13920zf-C3HC4_3335-372 aa

PF14447Prok-RING_4337-372 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG001780	`PF30907`	IPGA1_CC	191	206	1.4	10.0
TkAUNG001780	`PF26916`	DUF8275	192	294	0.016	15.5
TkAUNG001780	`PF24980`	LSU	193	205	3.0	8.6
TkAUNG001780	`PF30907`	IPGA1_CC	211	278	1.4	10.0
TkAUNG001780	`PF24980`	LSU	245	275	3.0	8.6
TkAUNG001780	`PF13920`	zf-C3HC4_3	335	372	2.2e-08	34.5
TkAUNG001780	`PF14447`	Prok-RING_4	337	372	0.014	16.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LDD1`	拟南芥	sp\|Q9LDD1\|BRG3_ARATH Probable BOI-related E3 ubiquitin-protein ligase 3	32.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FHE4`	拟南芥	sp\|Q9FHE4\|BRG1_ARATH BOI-related E3 ubiquitin-protein ligase 1	34.200%	Swiss-Prot	低置信
`O81851`	拟南芥	sp\|O81851\|BOI_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase BOI	34.600%	Swiss-Prot	低置信
`F4IDI6`	拟南芥	sp\|F4IDI6\|BRG2_ARATH Probable BOI-related E3 ubiquitin-protein ligase 2	29.400%	Swiss-Prot	低置信

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