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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkAUNG001500
当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 403303-409588 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

4586 bp · TkAUNG001500|TK1151|cDNA

CATATGAAATTTATTTCTTAAAGGAGGTATTATGAAACATTAGAAGAGGGAGGAGTATTTAAACTTGTCCCTTAATAGCCAGCCGCCCAACAGAGGTAAACGAAAACCAATTCGCACACAAAAACTCAAAAAGTCACGCTGCGAACAGCCGTCGGTCGTCCACAGAGCGCTGCCTCCGGATGGAATTCCCTTCGTTCAACCACCACCACCACCACCATCATCAGAACAGGTACGTTCCCCCTCCTCCTCCAACGAATTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

4131 bp · TkAUNG001500|TK1151|CDS

ATGGAATTCCCTTCGTTCAACCACCACCACCACCACCATCATCAGAACAGGTACGTTCCCCCTCCTCCTCCAACGAATTTTTCAGATGAGCGCCCCAATCTTTACCCTCACCACCAGCATCTTCTCCCATCACTTCATCTTCCCCCTCCTCCGCCGCTTGCATACCCTTCCCTCCCTCCTCCACCACCACCGCCGCTTCCTGTTCCACCTCCGCCACCATCTTACAACCCCCACCAATCTAACTTCACCTTTCTCGACGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1376 aa · TkAUNG001500|TK1151|PROTEIN

MEFPSFNHHHHHHHQNRYVPPPPPTNFSDERPNLYPHHQHLLPSLHLPPPPPLAYPSLPPPPPPPLPVPPPPPSYNPHQSNFTFLDAQSPSFFNNGRSSPPQPRLSNQSQRFVYRTDSWSDSHRVPTELSHRNPILPDDHHRRLYSPDSRSENHYKPHVSERGIPSSRYRDEAVVNGYASRDASNIVSQEQQVFRGSSSTDDHHARNIDRYASAQATGSSSRNLEEFVEKYEPRYITNSESERVWDHHGEDPRWSHQVKG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkAUNG001500
TK1151 IDTkAUNG001500
OH-1004 IDLXL04_007709
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)96.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 95.423
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkAUNG001500
位置ChrUn:403303-409588 (+)
描述Similar to At1g21570: Zinc finger CCCH domain-containing protein 7
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g21570 体外具有 RNA 结合和核糖核酸酶活性。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007709 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0006401 RNA catabolic process 生物过程
GO:0010793 regulation of mRNA export from nucleus 生物过程
GO:0031124 mRNA 3'-end processing 生物过程
GO:0033621 nuclear mRNA surveillance of meiosis-specific transcripts 生物过程
GO:0051028 mRNA transport 生物过程
GO:0051168 nuclear export 生物过程
GO:0071030 nuclear mRNA surveillance of spliceosomal pre-mRNA splicing 生物过程
GO:0000785 chromatin 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005847 mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
dme:Dmel_CG6694
hsa:23144
mmu:223642
spo:2540291
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.957
排名 1 · TkAUNG001500 · TK1151
细胞质0.084
排名 2 · TkAUNG001500 · TK1151
细胞膜0.035
排名 3 · TkAUNG001500 · TK1151
内质网0.020
排名 4 · TkAUNG001500 · TK1151
质体0.014
排名 5 · TkAUNG001500 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28918ZC3H3_M269-306 aa
PF28644C3H7_N286-320 aa
PF28644C3H7_N782-815 aa
PF28918ZC3H3_M914-926 aa
PF28644C3H7_N1057-1151 aa
PF28918ZC3H3_M1064-1144 aa
PF16131Torus1132-1172 aa
PF15663zf-CCCH_31146-1199 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkAUNG001500PF28918ZC3H3_M2693062.3e-0525.3
TkAUNG001500PF28644C3H7_N2863201.4e-48164.3
TkAUNG001500PF28644C3H7_N7828151.4e-48164.3
TkAUNG001500PF28918ZC3H3_M9149262.3e-0525.3
TkAUNG001500PF28644C3H7_N105711511.4e-48164.3
TkAUNG001500PF28918ZC3H3_M106411442.3e-0525.3
TkAUNG001500PF16131Torus113211720.7511.1
TkAUNG001500PF15663zf-CCCH_3114611990.09113.7
TkAUNG001500PF25542zf-CCCH_12114711730.01216.0
TkAUNG001500PF00642zf-CCCH114711721.110.0
TkAUNG001500PF25585zf-CCCH_DUS3L114711746.07.6
TkAUNG001500PF25584zf-CCCH_RBM22115111780.04914.4
TkAUNG001500PF18345zf_CCCH_4115111718.37.4
TkAUNG001500PF22628zf-CCCH_10115811760.6710.2
TkAUNG001500PF00642zf-CCCH117511931.110.0
TkAUNG001500PF22628zf-CCCH_10117611960.6710.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q3ED78拟南芥sp|Q3ED78|C3H7_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 761.500%Swiss-Prot高置信

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