TkAUNG001360 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG001360

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 347360-355395 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2648 bp · TkAUNG001360|TK1151|cDNA

TATATGAAAGTCTTCCTTTAAAGATCCAATCATGTTTTGAACATTAAGTAACAAGAAAGACCATTTCAGTTTTGCTTGCGGGAATCTAACAGGGAATCTACCAATATCTTTATAATTCAGCATTAAAGCAACAAGTATCAAGTTCATCGAAAAATCTATAAATAACTTTAAACAAACTCCATAATATCTAAAAAAAATCACAAAACCATCAAGTCCTATATACCTATGTTTTACAGCTTTCAATCCCTATTTATTACCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1869 bp · TkAUNG001360|TK1151|CDS

CAGAAGTATATAAGTTTTGGCGGGAACGCTTGGGAATTTTGGGGCCGTTTCGCGGCAGACCAGACTAACCTTTGCAACTGGACGACAACAACGAGGATGCTGCGTATCAAATCAGAGCCTATTGAAAATTCGCCGGAGATTAAATCAACGGCTATCAAAGTCCCGCCGGATATCAAATCAGAGGCCATTGAATTCCCACCGGATGTTAAATCAGGGAGCATAGAATACACCCAGGAGATCCCTCCGACCAAGCGTCTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

622 aa · TkAUNG001360|TK1151|PROTEIN

QKYISFGGNAWEFWGRFAADQTNLCNWTTTTRMLRIKSEPIENSPEIKSTAIKVPPDIKSEAIEFPPDVKSGSIEYTQEIPPTKRLKTLSPSSPSPSPSPSPSPSPSPSSKGKSKVVKEEDEDDSLWEQQLDTCGVCLLEEGMSRRGFIDSCDHYFCFVCIMEWAKVESRCPICKRRFSTIHRPQDGVFLSERVVNVPVRDQVYCHNGNATLGPSDPYSQVKCTICSLSSDDHLLLLCDLCDSAAHSYCVGLGATVPEGD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG001360`
TK1151 ID	TkAUNG001360
OH-1004 ID	LXL04_008742
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	95.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.624 / OH-1004 93.641 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkAUNG001360`
位置	ChrUn:347360-355395 (+)
描述	Similar to Phrf1: PHD and RING finger domain-containing protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_008742` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0006397 mRNA processing 生物过程 GO:0006914 autophagy 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 GO:0032991 protein-containing complex 细胞组分 GO:0008270 zinc ion binding 分子功能 GO:0019904 protein domain specific binding 分子功能 GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能 GO:0070063 RNA polymerase binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	hsa:57661 mmu:101471 ppa:PAS_chr1-1_0041 spo:2539058 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.961

排名 1 · TkAUNG001360 · TK1151

细胞质0.100

排名 2 · TkAUNG001360 · TK1151

细胞膜0.031

排名 3 · TkAUNG001360 · TK1151

内质网0.015

排名 4 · TkAUNG001360 · TK1151

质体0.011

排名 5 · TkAUNG001360 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639zf-RING_2132-175 aa

PF13920zf-C3HC4_3132-179 aa

PF00097zf-C3HC4134-174 aa

PF13923zf-C3HC4_2134-174 aa

PF14634zf-RING_5134-176 aa

PF16685zf-RING_10134-177 aa

PF14447Prok-RING_4137-179 aa

PF30092SLX5_C140-181 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG001360	`PF13639`	zf-RING_2	132	175	3.6e-07	31.0
TkAUNG001360	`PF13920`	zf-C3HC4_3	132	179	0.0012	19.4
TkAUNG001360	`PF00097`	zf-C3HC4	134	174	0.00012	22.5
TkAUNG001360	`PF13923`	zf-C3HC4_2	134	174	0.00063	20.2
TkAUNG001360	`PF14634`	zf-RING_5	134	176	0.0016	19.1
TkAUNG001360	`PF16685`	zf-RING_10	134	177	0.011	16.5
TkAUNG001360	`PF14447`	Prok-RING_4	137	179	0.012	16.3
TkAUNG001360	`PF30092`	SLX5_C	140	181	0.027	15.3
TkAUNG001360	`PF03854`	zf-P11	146	178	0.0028	18.0
TkAUNG001360	`PF12678`	zf-rbx1	149	175	0.0042	18.0
TkAUNG001360	`PF13445`	zf-RING_UBOX	151	172	5.1	7.9
TkAUNG001360	`PF13445`	zf-RING_UBOX	171	179	5.1	7.9
TkAUNG001360	`PF13920`	zf-C3HC4_3	220	238	0.0012	19.4
TkAUNG001360	`PF14634`	zf-RING_5	220	226	0.0016	19.1
TkAUNG001360	`PF13831`	PHD_2	221	226	1.2	9.4
TkAUNG001360	`PF13639`	zf-RING_2	222	250	3.6e-07	31.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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