TkAUNG001060 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG001060

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 270135-272309 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1128 bp · TkAUNG001060|TK1151|cDNA

ATGTCAAGTCCCGTAAAGCAAAAAGAATATAGACGCCCTGATGGGCGTAAGAGGATAATACCAGAAGCAGTTGGAGTAACTGCCCATCAGGAAAGAACCTCAATTGGTGCTCAGTCTGAAGGCCCCAAGTTACCAGTGAAATCCTTAGATCATAATAAGGATGCTAATGGTGCTATACATACTGATAATGGTACAAGAGAGGGATCTATAAGGAAAGTTGCAAGTGCGAGTGCTGATTTGAAAGAGCGTTCCGGTGTCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1128 bp · TkAUNG001060|TK1151|CDS

ATGTCAAGTCCCGTAAAGCAAAAAGAATATAGACGCCCTGATGGGCGTAAGAGGATAATACCAGAAGCAGTTGGAGTAACTGCCCATCAGGAAAGAACCTCAATTGGTGCTCAGTCTGAAGGCCCCAAGTTACCAGTGAAATCCTTAGATCATAATAAGGATGCTAATGGTGCTATACATACTGATAATGGTACAAGAGAGGGATCTATAAGGAAAGTTGCAAGTGCGAGTGCTGATTTGAAAGAGCGTTCCGGTGTCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

375 aa · TkAUNG001060|TK1151|PROTEIN

MSSPVKQKEYRRPDGRKRIIPEAVGVTAHQERTSIGAQSEGPKLPVKSLDHNKDANGAIHTDNGTREGSIRKVASASADLKERSGVTARASISESLVIEKVSSRGSKETSNNVEQIGFLASGSILSIQMFDKKQGEDAIPVCLDARPKEHAVNDIVGAGNTYMINETEVSCTRGSQILWSDRISGKVTVLSGNSNFWAVGCEDGSLQIYTRCGRRALPTMMMGSAAVFIDCDEFWKLLLVTRKGSLYVWDLFNKKCLLED...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG001060`
TK1151 ID	TkAUNG001060
OH-1004 ID	LXL04_004676
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	65.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.467 / OH-1004 34.714 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG001060

位置 ChrUn:270135-272309 (-)

描述 Similar to Os09g0567700: Protein HIRA

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g44530`	组蛋白伴侣参与在整个叶片发育过程中维持诺克斯基因沉默。	Maize rough sheath2 and its Arabidopsis orthologue ASYMMETRIC LEAVES1 interact with HIRA, a predicted histone chaperone, to maintain knox gene silencing and determinacy during organogenesis.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.035477 The HIRA complex that deposits the histone H3.3 is conserved in Arabidopsis and facilitates transcriptional dynamics.2014 · DOI: 10.1242/bio.20148680 The histone chaperone complex HIR maintains nucleosome occupancy and counterbalances impaired histone deposition in CAF-1 complex mutants.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12758

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0567700`	参与在整个叶片发育过程中维持 knox 基因沉默的组蛋白伴侣。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004676 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006334 nucleosome assembly 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0034728 nucleosome organization 生物过程

GO:0045814 negative regulation of gene expression, epigenetic 生物过程

GO:0000417 HIR complex 细胞组分

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0030875 rDNA protrusion 细胞组分

GO:0031491 nucleosome binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G44530

cnb:CNBH2820

dosa:Os09g0567700

yli:2911845

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.869

排名 1 · TkAUNG001060 · TK1151

细胞质0.139

排名 2 · TkAUNG001060 · TK1151

细胞膜0.059

排名 3 · TkAUNG001060 · TK1151

内质网0.039

排名 4 · TkAUNG001060 · TK1151

高尔基体0.029

排名 5 · TkAUNG001060 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23726Beta-prop_RSE1_2nd94-211 aa

PF23385Beta-prop_IFT140_2nd176-210 aa

PF07569Hira213-351 aa

PF23385Beta-prop_IFT140_2nd226-309 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG001060	`PF23726`	Beta-prop_RSE1_2nd	94	211	0.11	12.5
TkAUNG001060	`PF23385`	Beta-prop_IFT140_2nd	176	210	0.19	11.5
TkAUNG001060	`PF07569`	Hira	213	351	1.7e-34	120.1
TkAUNG001060	`PF23385`	Beta-prop_IFT140_2nd	226	309	0.19	11.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LXN4`	拟南芥	sp\|Q9LXN4\|HIRA_ARATH Protein HIRA	63.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q652L2`	水稻	sp\|Q652L2\|HIRA_ORYSJ Protein HIRA	58.200%	Swiss-Prot	高置信

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