TkAUNG000890 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG000890

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 203440-205393 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1426 bp · TkAUNG000890|TK1151|cDNA

GTTTTGTGTATGTGACGAAGGAAGACGAGACTGGGTCAAGTCTGAACCCTAATATCTATTTCAGTTCAAATTCTCACTCGAATATTTCCAGATCTGCTATTTCACGACACAATTCGTTATGTGAGTATCAATTATTCTTTCTGCTTGATTTGATTGATTGGATTTCATTGAGCAAGCTAAGAGTTCAAGTAACATCTTGGCATTTGTGAGTTTTGTTCGAATCTAAAGGCGGCGGGGGACGGAGGAGATGGACTTTAACT...

CDS

下载 CDS FASTA

891 bp · TkAUNG000890|TK1151|CDS

ATGCGGCGGGGGACGGAGGAGATGGACTTTAACTCGGGTGGCGGCGGAGGTGCAGGAAGCGGAGGTAATGACGTGGAGCTGTTGTCCAAGACGTTGCAGGTGGAGCACAAGCTGTTTTACTTTGATCTCAAGGAGAATCCGCGCGGTCGTTACCTGAAGATATCGGAGAAAACGTCGGCGACAAGGTCCACCATAATCGTACCTTTCAACGGAATCTCATGGTTCTTCGACATCTTCAACTACTACGTCACTTCCGATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

296 aa · TkAUNG000890|TK1151|PROTEIN

MRRGTEEMDFNSGGGGGAGSGGNDVELLSKTLQVEHKLFYFDLKENPRGRYLKISEKTSATRSTIIVPFNGISWFFDIFNYYVTSDDQDISSKELQLDSKVFYFDIGENRRGRFLKVSEASVSRNRSTIIVPAGSTRDEGWSAFRNILEEINEASKLFVLPNQQNSDSITPERLVGLSDDVGAGFIAGNSSQPAPPPSTESTFELPPPSSDESGGFGVSKVIRADQKRFFFDLGSNNRGHYLRISEVAGSDRSSIILPLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG000890`
TK1151 ID	TkAUNG000890
OH-1004 ID	LXL04_014481
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.635 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG000890

位置 ChrUn:203440-205393 (+)

描述 Similar to PURA1: Transcription factor Pur-alpha 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g32080`	转录因子，特异性结合存在于启动子 telo 区的富含嘌呤的双链端粒重复序列 5'-AAACCCTAA-3'。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014481 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006270 DNA replication initiation 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0007281 germ cell development 生物过程

GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0040012 regulation of locomotion 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0050673 epithelial cell proliferation 生物过程

GO:0000781 chromosome, telomeric region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G32080

cel:CELE_F45E4.2

dre:393519

hsa:5813

mmu:19290

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.919

排名 1 · TkAUNG000890 · TK1151

细胞质0.231

排名 2 · TkAUNG000890 · TK1151

细胞膜0.031

排名 3 · TkAUNG000890 · TK1151

内质网0.021

排名 4 · TkAUNG000890 · TK1151

溶酶体／液泡0.017

排名 5 · TkAUNG000890 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04845PurA26-153 aa

PF11680DUF327626-61 aa

PF17611DUF550630-56 aa

PF24879DUF773746-71 aa

PF11680DUF327685-120 aa

PF17611DUF550698-120 aa

PF11680DUF3276139-152 aa

PF04845PurA219-272 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG000890	`PF04845`	PurA	26	153	6.5e-36	124.5
TkAUNG000890	`PF11680`	DUF3276	26	61	1.9e-06	28.7
TkAUNG000890	`PF17611`	DUF5506	30	56	0.14	12.8
TkAUNG000890	`PF24879`	DUF7737	46	71	0.13	12.9
TkAUNG000890	`PF11680`	DUF3276	85	120	1.9e-06	28.7
TkAUNG000890	`PF17611`	DUF5506	98	120	0.14	12.8
TkAUNG000890	`PF11680`	DUF3276	139	152	1.9e-06	28.7
TkAUNG000890	`PF04845`	PurA	219	272	6.5e-36	124.5
TkAUNG000890	`PF11680`	DUF3276	219	246	1.9e-06	28.7
TkAUNG000890	`PF17611`	DUF5506	219	244	0.14	12.8
TkAUNG000890	`PF24879`	DUF7737	235	278	0.13	12.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SKZ1`	拟南芥	sp\|Q9SKZ1\|PUR_ARATH Transcription factor Pur-alpha 1	78.300%	Swiss-Prot	高置信

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